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生物信息學100個基礎問題 —— 第10題 讀懂FastQC報告之adapter與kmer

04-09

Hello大家好！

我們又見面了！今天是我們的FastQC中最後1次提問啦！今天，我們要聊得是adapter與kmer的問題。

我們在生物信息學100個基礎問題 —— 第5題 測序建庫的adapter 的時候討論過adapter的問題，我們知道adapter的最主要的作用是為了能夠與flowcell連接，方便進行橋式PCR。那麼我們的fastq文件中到底含不含adapter呢？FastQC報告就能告訴我們。

同時呢，我們今天還會討論kmer的問題，相關的報告FastQC也會輸出出來。

Part I adapter部分

圖 1-1 1個正常的adapter報告

圖 1-2 1個RNA-Seq的adapter報告

Part II kmer部分

圖 2-1 正常的RNA-Seq建庫kmer統計

圖 2-2 加入random barcode的RNA-Seq建庫kmer統計

圖 2-3 kmer的統計顯著性分析

關於adapter的問題：

  1. Illumina的通用adapter序列是什麼？圖1-1與圖1-2中的各種不同顏色的圖例是什麼意思？
  2. 圖1-1與圖1-2中的橫坐標與縱坐標分別是什麼意思？
  3. 圖1-1與圖1-2中最顯著的差異是什麼？如果兩者都是RNA-Seq的數據，哪個可以繼續下游分析，哪個不能夠進行下游分析？為什麼？

關於kmer的問題：

  1. kmer就是一定長度的序列，比如AATTCCGG就可以叫做8-mer。那麼圖2-1餘圖2-2中的橫坐標什麼意思？縱坐標什麼意思？
  2. 圖2-1與圖2-2中哪個kmer問題比較嚴重？為什麼？
  3. 圖2-2中是在reads的5』端加入了約10bp左右的隨機序列，結合 生物信息學100個基礎問題 —— 第9題 讀懂FastQC報告中的duplicate問題 這樣做的目的是什麼？

思考題：

圖2-3是FastQC生成的kmer是否顯著的統計報告。其中的每一列是什麼意思？這個統計顯著性檢驗計算的p-value是使用什麼方法計算的？

參考資料：

FastQC文檔-Adapter Content

FastQC文檔-Kmer Content

Wiki二項分布-Binomial distribution


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