《你的名字》說的是一段什麼故事？

糸守鎮是一個保留著古老神社風俗的小鎮，位於一個因千年前彗星墜落而形成的湖泊旁。女主人公三葉和妹妹四葉與奶奶生活在宮水神社，遵循著古老的神社活動——由少女製作口嚼酒（即將米飯經過少女口嚼後吐出經長時間釀造而成的酒）用於供奉當地神明。但三葉心繫大城市，希望趕緊高中畢業去往東京讀大學。或許是日有所思夜有所夢，她夢到自己真的變成了一個在東京生活的高中生——但是是男生。這一點也沒有阻礙三葉享受夢中的東京時光。可時間久了發現，原來自己並不是在做夢，而是真的和東京男高中生瀧互換了身體。

互換並沒有規律，於是兩人便在日記中定下規矩和行程表，希望身體互換一事不要敗露。而兩人也在互換的過程中漸漸產生了感情。當偽瀧向一起打工的美女前輩——奧寺美紀定好第二天的約會之時，第二天並沒有繼續互換身體的他們並不知道從這以後「互換」居然消失了。幾個月後，瀧打算通過手機聯繫三葉，但發現號碼並不能打通，於是他根據記憶找到了糸守鎮。然而這座小鎮在三年前因被彗星分裂的隕石砸中而導致幾乎全鎮的人都遇難。這時瀧才發現，和自己互換身體的三葉，是在三年前。

於是，瀧為了拯救三年前還沒遇難的三葉和小鎮，找到了糸守鎮山中神社最原始的供奉場所，喝下了經三葉之口而釀造的口嚼酒，成果成功發生了互換。偽三葉堅定的向友人名取早耶香、敕使河原克彥解釋彗星分裂會導致小鎮滅亡一事，兩人雖然半信半疑但也儘力相助。他們計劃炸掉發電站，再通過截取鎮上的廣播引導民眾轉移到不會被彗星砸中的校園裡。可這還需要鎮長——即三葉的父親出面相助。偽三葉找到父親解釋因果，但被父親看穿她根本不是自己的女兒。偽三葉無奈只能返回山中神社，希望趁黃昏之時（靈氣最強的時候）能和三年後的偽瀧互換回來。

在山上他們相遇並且互換成功了。為了避免事後兩人忘掉彼此的名字，兩人想將對方的名字寫在手上。可當換到三葉給瀧寫上自己名字之時，黃昏之時已過，時間線又重新復原，瀧的手上之留下一道痕迹。一邊，瀧反覆地念著三葉的名字生怕忘記；另一邊，捏著寫著字的手的三葉趕忙下山，嘴裡也不停念著瀧的名字。但記憶漸漸模糊還是導致兩人都忘記了對方的姓名。當三葉攤開手時，上面寫的是「喜歡你」，三葉知道有一個人喜歡著自己，但現在自己應該去拯救陷入危機的小鎮。

原來在山頂，瀧想將一直藏在心裡的那句「我喜歡你」告訴三葉。其實三葉一直喜歡著瀧，在幫瀧「追求」前輩的時候，約會當天在上學前的她莫名留下淚水。接著她想去東京找瀧，說出這份喜歡。在趕到東京後，她撥動瀧的電話，卻打不通。她在他會出現的路上、地鐵上尋找，在地鐵上看到一個和瀧長得一樣的男生——那就是瀧，不過是三年前的瀧。三葉發現了這一點，她並沒有開口說出那句喜歡，而是將一直貼身綁著頭髮的紅絲帶遞給了瀧，三葉也在這之後剪去了自己的一頭長髮。三年後的瀧才意識到，原來當初這條「不知道是誰」給的絲帶，原來是三葉的。而這條絲帶，成了鏈接兩人的紐帶，在黃昏之時互換身體的時候，瀧也將這條保存了三年的絲帶物歸原主。

時間回到三葉奔向小鎮，頭上綁著紅絲帶的三葉去尋求父親幫助發布消息拯救小鎮，而分裂的彗星也越來靠近小鎮......

在瀧去過糸守鎮山頂神社後五年，瀧成了一個剛大學畢業的准社會人，為拿到公司內定奔波於各個公司的面試。他忘記了自己為什麼一直這麼關注五年前彗星分裂的隕石砸在糸守鎮上這件事，而事發當晚正好是鎮上的緊急演習。在路上，他看到一個女生的身影，但只注意到頭髮綁著紅色的絲帶便匆匆走過。在地鐵上，他竟在對面地鐵上看到了那個女生並且四目相視。

下了地鐵後，他狂奔向那一站，在斜坡上，女生也正站在另一端。我們是不是在哪裡見過，他們都這樣想。在相遇的瞬間，兩人忍不住發問「君の名は」......