《奈克賽斯奧特曼》經歷了什麼？

姬矢准篇

故事發生於電影《ULTRAMAN》的5年後。THE ONE的碎片散到世界各地，化成不同的異生獸。為了應付異生獸，人類成立了TLT與之對抗。孤門一輝是TLT的新成員，正當孤門前往TLT的基地時，他遇上了異生獸襲擊，幸得奈克賽斯·奧特曼相救，這便是孤門與奈克賽斯的初次邂逅。當孤門正式上陣的時候，再次遇上奈克賽斯，但西條風副隊長卻認為他是異生獸，對他展開了攻擊，且亦得到預知者優的認同，孤門對於此舉大感不解，對工作感到迷失。隨後，異生獸們竟學會了進化，變得相當巨大，奈克賽斯便變成紅色青年形態，並展開亞空間「美塔領域」進行戰鬥，這個空間就連夜襲隊的鉻金切斯特戰機也不能進入。就在世人一無所知的情況下，奈克賽斯把異生獸消滅。在一次戰鬥中，奈克賽斯腿部受傷，變回姬矢准後更受到西條及孤門的追捕，孤門見姬矢傷勢便知道他是奈克賽斯。這時姬矢只好喚出適能者專用的飛行物體逃走，孤門在觸碰飛行物體時感到了姬矢準的過去充滿悲傷。

千樹憐篇

姬矢准消失後，異生獸依然繼續出現，這時一個藍色的奈克賽斯站立於眾人眼前。戰鬥過後，孤門在附近一帶搜查時，發現一個可疑的少年，於是便跟蹤他。從傷勢上，孤門可以肯定這少年便是適能者。孤門道明來意後，與少年千樹憐成為了好友，並承諾會保守秘密。TLT亦對千樹憐起了疑心，派出MP的野野宮瑞生跟蹤憐。不過瑞生不但跟蹤失敗，還與憐成為了朋友，甚至開始愛上了他。在孤門和瑞生追查下，發現憐與一個名為「普羅米修斯之子計劃」有關。在說明者的說明下得知這是一個優質因子嬰兒的培育計劃，憐是從美國逃出來的。在終焉之地之戰後失蹤的溝呂木真也再現於人前，但卻失去了記憶。他更與一個父母被他間接殺害的小女孩為伴。後來溝呂木被TLT捉拿了，在囚室間他恢復了記憶，更得知自己只是黑幕的傀儡，溝呂木決心在死前與那女孩再見面，於是脅持瑞生離開。在同一時間，黑暗梅菲斯托的力量已與MP的三澤廣之結合。孤門和西條在追捕溝呂木真也時，三澤突然變身成黑暗梅菲斯托II攻擊眾人，幸好憐及時變身成奈克賽斯阻止了黑暗梅菲斯托II，不過卻陷入苦戰。恢復人性的溝呂木利用自己的意志和光再次變身成梅菲斯托，溝呂木捨命把黑暗梅菲斯特II固定，奈克賽斯只好無奈把兩人一同消滅，溝呂木最終死在了西條的懷裡。

最終篇

作為「普羅米修斯之子計劃」的失敗作，憐的身體日漸衰弱，但這次的異生獸卻有展開領域的能力，使奈克賽斯不能展開「美塔領域」，迫於無奈在真實世界作戰。梅格福拉什及伽魯貝洛斯都被打敗後，「未知之手」只好利用過去所有異生獸合成強力異生獸依組麥魯，憐亦只好冒死出戰。奈克賽斯一直陷於苦戰，在危急關頭下，幸得預知者鼓勵，令奈克賽斯再次站起來並打敗依組麥魯。事後憐已疲倦得倒下，幸好補完藥物「拉斐爾」及時完成，憐才得以續命。憐之後，下一個適能者竟是西條副隊長，同時石堀隊員亦露出了真面目。原來石堀隊員正是黑暗扎基，而殺死西條的父母、溝呂木變成黑暗梅菲斯托都是他一手安排，目的是令西條心中充滿仇恨。當西條變成奈克賽斯時，立即被忘川侵蝕，黑暗扎基因此得到解放，而且因著西條心中充滿仇恨變得更強。孤門奮不顧身地進入忘川救回西條，而光之紐帶亦於同時降臨到了孤門身上。孤門聯想起姬矢和憐的變身，大喊一聲奈克賽斯便立即變身。不過孤門仍不是扎基的對手，完全被對手牽制著。這時突然姬矢、憐出現於孤門的腦海中，奈克賽斯立即變成了紅色青年形態反擊，之後孤門又變成了藍色青年形態戰鬥，就在那時，人群突然想起當年的新宿事件，他們都紛紛為奈克賽斯打氣。在人們的鼓勵下，孤門終於解放出「第一來訪者」的力量，變成了諾亞奧特曼。諾亞以壓倒性的力量把扎基轟到太空，更以閃電·諾亞把扎基消滅。事後雖然異生獸仍繼續出現，但是TLT已把災害降至最低，並且放棄替目擊者洗腦的做法，每人都懷著希望為明天而戰。NEXUS，那是被繼承著的光的紐帶。