circRNA研究報道匯總2018年1月（下）
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本月下旬circRNA相關研究文獻數量井噴，共計24篇之多，且研究亮點不少，如中大附一的張弩教授團隊首次發現人環形RNA可利用重疊密碼子翻譯功能蛋白；德國科學家發現血小板來源的circRNAs可選擇性分選進入胞外囊泡，暗示circRNAs是很好的診斷maker；還有首次報道circRNA可調控胰島β細胞的活性影響胰島功能，circRNAs有望成為糖尿病治療靶點。可以說1月是circRNA研究成果豐收的一個月，2018年circRNA研究開了個好彩，下面我們一起來瀏覽下相關研究文獻。
1、人circSHPRH可發揮類似病毒RNA利用重疊密碼子翻譯功能蛋白抑制膠質瘤
論文題目：A novel protein encoded by the circular form of the SHPRH gene suppresses glioma tumorigenesis
雜誌：oncogene影響因子7.52分
通訊作者單位：中山大學附屬醫院
該研究成果由中山大學附屬第一醫院張弩副教授主導完成，也是張教授繼JNCI雜誌發布 circ-FBXW7環形RNA翻譯蛋白後又一力作。本研究首次證明人類轉錄本中存在重疊密碼子編碼蛋白產物，即SHPRH基因的circRNA circ-SHPRH編碼多肽，該多肽是在跨過介面位點後終止翻譯的產物，意義重大，同時也為circRNA研究打開了一扇新大門，龐大的人類基因組上是否還有其他基因存在類似高效經濟的調控方式，值得進一步深入研究。具體文章解讀我們在前兩期已經詳細介紹過，詳見往期文章：What?人類內源circRNA也能通過重疊密碼子編碼蛋白！。
圖註：circ-SHPRH分子結構示意圖
2、整合人轉錄組測序數據分析探索轉錄本反式拼接和可變反向拼接現象
論文題目：Integrative transcriptome sequencing reveals extensive alternative trans-splicing and cis-backsplicing in human cells
雜誌：Nucleic Acids Research影響因子10.16分
通訊作者單位：台灣中央研究院基因組研究中心
研究中經常會碰到可變轉錄本的情況，即轉錄本序列順序不同於基因組序列，一個基因對應多種轉錄本，甚至一個轉錄本來自不同基因區域序列，如果不留意該問題將會為後續研究帶來困難，也不利於認識真正的分子事件，比如tsRNA也存在與circRNA一樣的junctio point，所以在檢測circRNA時要排除tsRNA的影響，才能得到真實可靠的結果。具體文章解讀見往期文章：Nucleic Acids Research: 反向拼接產物也可能是分子間拼接的產物！
3、綜述：CircRNA在腫瘤免疫和免疫治療中的研究進展
論文題目：The Potential Role of circRNA in Tumor Immunity Regulation and Immunotherapy
雜誌：FRONT IMMUNOL影響因子6.43分
通訊作者單位：中南大學
腫瘤免疫治療是當前研究熱門，以有許多研究表明lncRNA、miRNA在抗腫瘤免疫反應中起到重要作用，但circRNA在抗腫瘤免疫反應中的研究還不多，該綜述回顧了lncRNA、miRNA和circRNA等非編碼RNA分子在抗腫瘤免疫反應中的研究進展，並提示circRNA在抗腫瘤免疫治療中將起到重要作用，腫瘤免疫治療領域將是circRNA研究的下一個重要方向。
圖註：a：circRNA可通過吸附miRNA分子上調抗腫瘤免疫相關基因的表達，如PD-L1和STAT3等；B：circRNA可結合MDM2和P53蛋白，調控蛋白穩定性和抗腫瘤；c：circRNA分子可通過外泌體轉運進入免疫細胞影響腫瘤發生；d：在外泌體中circRNA可穩定miRNA分子，協助miRNA進入免疫細胞調控腫瘤免疫應答。
表註：目前研究抗腫瘤免疫反應相關的ncRNA分子統計表。
4、血小板來源的胞外囊泡可選擇性包裝進circRNAs
論文題目：Selective release of circRNAs in platelet-derived extracellular vesicles
雜誌：J Extracell Vesicles
通訊作者單位：德國吉森大學
研究者通過密度梯度離心法獲取血小板來源的外泌體和胞外囊泡，進一步進行RNA-seq測序發現，circRNAs都可包裝入外泌體和胞外囊泡中，並可選擇性釋放出來，表明存在特殊的分選機制，血小板在止血，傷口癒合和癌症轉移等方面都起重要作用，提示circRNA在這些過程中可能起重要功能，是非常有潛力的診斷標誌物，極具研究價值。
圖註：circRNAs在人血小板中高丰度表達
圖註：circRNA被選擇性包裝進入血小板起源的胞外囊泡中
5、CircRNA在糖尿病β細胞活性調控中的功能研究
論文題目：Circular RNAs as novel regulators of β-cell functions in normal and disease conditions
雜誌：Molecular Metabolism影響因子6.79分
通訊作者單位：瑞士諾桑大學
該研究主要探索circRNA在胰島中的表達水平及對胰島素分泌、β細胞增殖和凋亡等功能調控作用。高通量測序實驗發現db/db小鼠（Ⅱ型糖尿病模型）中circHIPK3和ciRS-7顯著下調，在正常動物模型小鼠中敲低circHIPK3和ciRS-7後，胰島素分泌減少，β細胞增殖和生存能力下降，轉錄組數據分析發現，circHIPK3可結合miR-124-3p和miR-338-3p調控β細胞關鍵基因如Slc2a2, Akt1, and Mtpn。表明circRNA在胰島素分泌和β細胞活性中起重要作用。
圖註：circHIPK3和ciRS-7在db/db小鼠中表達下調
6、綜述：非編碼RNA在阿茲海默疾病中的研究進展
論文題目：Noncoding RNAs in Alzheimers disease
雜誌：WIRES RNA 影響因子6.02分
通訊作者單位：美國馬里蘭大學
本文對lncRNA、miRNA和circRNA等非編碼RNA在阿茨海默疾病中的研究進行了統計匯總。
圖註：目前報道的lncRNA、miRNA和circRNA在阿茨海默疾病中的作用機制示意圖
7、circzip-2環形RNA在帕金森線蟲模型中的功能研究
論文題目：Functional Characterization of Novel Circular RNA Molecule, circzip-2 and Its Synthesizing Gene zip-2 in C. elegans Model of Parkinsons Disease
雜誌：Molecular Neurobiology影響因子6.19分
通訊作者單位：印度CSIR藥物研究中心
該研究利用帕金森線蟲研究模型，發現zip-2基因來源的circRNA分子circzip-2在線蟲壽命延長中起重要作用，線蟲模型中敲低zip-2基因後α突觸核蛋白聚集顯著減少，線蟲壽命延長，進一步RNA-seq轉錄組分析發現，zip-2可能通過Daf-16通路，circzip-2可通過吸附miR-60在帕金森疾病中發揮作用。
圖註：circzip-2在帕金森線蟲模型中下調
圖註：沉默zip-2基因線蟲模型中NGS和qPCR實驗推斷zip-2作用通路
圖註：circzip-2結合miRNA信息表
8、circ-ZFR通過吸附miR-130a和miR-107抑制胃癌細胞增殖和促進凋亡
論文題目：Circular RNA-ZFR Inhibited Cell Proliferation and Promoted Apoptosis in Gastric Cancer by Sponging miR-130a_miR-107 and Modulating PTEN
雜誌：Cancer Research and Treatment 影響因子3.77分
通訊作者單位：昆明醫科大學附屬第一醫院
該研究在胃癌中發現circ-ZFR通過miR-130a/miR-107?PTEN信號軸抑制胃癌細胞增殖和促進凋亡功能。
圖註：circ-ZFR在胃癌組織中表達下調
圖註：過表達circZFR可抑制胃癌細胞增殖和促進凋亡
圖註：circZFR通過吸附miR-130a和miR-107抑制胃癌細胞增殖能力
9、Hsa_circ_0014717抑制結腸癌增殖能力的研究
論文題目：Hsa_circ_0014717 is downregulated in colorectal cancer and inhibits tumor growth by promoting p16 expression
雜誌：Biomedicine & Pharmacotherapy影響因子2.76分
通訊作者單位：南通大學附屬第三醫院
該研究探討了Hsa_circ_0014717在結腸癌中表達下調並可促進p16表達，抑制結腸癌細胞增殖。
圖註：Hsa_circ_0014717在CRC中表達下調，可作為CRC患者的潛在診斷標誌物
10、hsa_circ_0001649在膽管癌細胞中下調並調控細胞增殖、遷移和侵襲
論文題目：Downregulated circular RNA hsa_circ_0001649 regulates proliferation, migration and invasion in cholangiocarcinoma cells
雜誌：BBRC 影響因子2.47分
通訊作者單位：哈爾濱醫科大學附屬第二醫院
該研究發現hsa_circ_0001649在膽管癌組織和細胞中顯著下調，過表達hsa_circ_0001649可抑制CCA細胞增殖、侵襲和遷移能力下降，體內動物實驗與細胞實驗結果一致。
圖註：動物實驗表明過表達hsa_circ_0001649可抑制腫瘤增殖
下表是其他一些circRNA文獻概要
參考文獻：
1、The Potential Role of circRNA in Tumor Immunity Regulation and Immunotherapy
2、Silencing of hsa_circ_0007534 suppresses proliferation and induces apoptosis in colorectal cancer cells
3、Selective release of circRNAs in platelet-derived extracellular vesicles
4、Noncoding RNAs in Alzheimers disease
5、Hsa_circ_0014717 is downregulated in colorectal cancer and inhibits tumor growth by promoting p16 expression
6、Global accumulation of circRNAs during aging in Caenorhabditis elegans
7、Functional Classification and Experimental Dissection of Long Noncoding RNAs
8、Functional Characterization of Novel Circular RNA Molecule, circzip-2 and Its Synthesizing Gene zip-2 in C. elegans Model of Parkinsons Disease
9、Evaluating the bias of circRNA predictions from total RNA-Seq data
10、Downregulated circular RNA hsa_circ_0001649 regulates proliferation, migration and invasion in cholangiocarcinoma cells
11、Circular RNA-ZFR Inhibited Cell Proliferation and Promoted Apoptosis in Gastric Cancer by Sponging miR-130a_miR-107 and Modulating PTEN
12、Circular RNAs_ biogenesis, expression and their potential roles in reproduction
13、Circular RNAs as novel regulators of β-cell functions in normal and disease conditions
14、Circular RNA_ non-coding RNA with emerging roles in stem cell differentiation
15、Circular RNA_ An emerging non-coding RNA as a regulator and biomarker in cancer
16、Circular RNA VMA21 protects against intervertebral disc degeneration through targeting miR-200c and X linked inhibitor-of-apoptosis protein
17、Circular RNA hsa_circ_0000567 can be used as a promising diagnostic biomarker for human colorectal cancer
18、Circular RNA Expression Profiles Alter Significantly After Traumatic Brain Injury in Rats
19、Circular RNA expression in ovarian endometriosis
20、Circular RNA expression in extracellular vesicles isolated from serum of patients with endometrial cancer
21、Biclustering of transcriptome sequencing data reveals human tissue-specific circular RNAs
22、Analyzing the interactions of mRNAs, miRNAs, lncRNAs and circRNAs to predict competing endogenous RNA networks in glioblastoma
23、A novel circular RNA, hsa_circ_0046701, promotes carcinogenesis by increasing the expression of miR-142-3p target ITGB8 in glioma
文章：circRNA微信公眾號|吉賽生物
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