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問君科研幾多愁，恰似網購不包郵

02-12

本文首發於「解螺旋」微信公眾號

轉載請註明：解螺旋·臨床醫生科研成長平台

春節一過，國自然基金交稿、文章修回、畢業論文盲審一輪輪的鞭子抽來，過年期間好不容易積攢的愉悅心情便一掃而空。雖說酸菜搞學術純粹是副業，但在企業界混也是朝不保夕，90後小鮮肉紛紛晉陞CEO招搖過市，把號稱80後創業未成的我羞得無地自容。股市沒法玩，保險絲都熔斷多次，多少老鳥折戟，所以技術性投機我沒戲。再看純粹拼人品的路子，彩票中心說「親，你存了500萬在我們這兒，只是忘記了密碼。來嘛，多試幾次~」。嚇死寶寶了，如果賣彩票都需要扮段子手，估計能坑的冤家也實在不多了。

思來想去，酸菜也唯有在解螺旋賣賣藝算靠譜。是的，師姐曾經說過，我就是這樣一個明明可以靠顏卻偏偏要拼才華的男人。

諸位客官，你們賞臉關註解螺旋，一方面是醫學、科研雙修的志向在支撐著你們不斷學習的慾望；另一方面，也是在過去的22個月里，解螺旋的段子手們堅持筆耕，耗費心血的回報。然而，對於大多數醫生朋友而言，你們對於基礎科研的認識依然是模糊的，完成一個量變的質變的過程，絕非閱讀和收藏幾篇文章可以功成。酸菜賣的藝，便是如何貫通科研的方法論，2016年能否成為諸君科研的突破之年？酸菜不才，願盡綿力，授人以漁。

做科研無非就三件事：申基金、做實驗、寫論文。解螺旋2016年將會祭上三道大餐，其一是文獻精讀俱樂部，通過40篇文獻的學習，掌握設計課題的基本思路和套路，無論你是零基礎還是初窺門徑都能有所收穫；其二是線上、線下的培訓課程，尤其是線上形式，方便隨時隨地參與學習；其三是解螺旋會員服務，我們將推出管家式的科研助手服務，成為你做科研的一盞「神燈」。為了把這些事情做到位，酸菜又回到解螺旋擔起了CEO職責，希望整個團隊的努力能夠帶給小夥伴們出彩的2016。

已經大半年不寫稿子，新朋友一定不知道酸菜是解螺旋的台柱子，在此給衣食父母們請安了，以後希望經常能跟大家見面。今天再奉上一道菜，帶來關於生物信息學熱圖（heat map）製作的乾貨。在讀文獻時，親們應該都有過這種感覺：某篇論文內容一般，但其中一張高大上的熱圖令人印象深刻，口水滴答。比如這篇J Diabetes Res發表的《Comparison of ClinicalTrajectories before Initiation of Renal Replacement Therapy between DiabeticNephropathy and Nephrosclerosis on the KDIGO Guidelines Heat Map》，利用生物信息學的手段比較糖尿病腎病患者與腎硬化患者的不同臨床特徵和轉歸，作者將研究結果總結在一張熱圖上，一目了然，使文章增色不少。

如果能在自己的論文中填上這麼一張圖，自然是極好的。來來來，酸菜要開始裝逼了…

數據處理可以用R語言，代碼如下：

source("bioconductor.org/biocLi")

biocLite("BiocUpgrade")

biocLite("preprocessCore")

install.packages("gplots")

library("gplots")

library("preprocessCore")

data <- read.csv("cluster_expression.txt",header = TRUE,sep =" ",fill = TRUE)

row.names(data) <- data$Name

data <- data[,2:length(data[1,])]

data_matrix <- data.matrix(data)

jpeg("heatmap.jpeg",width = 1200, height = 1200,res = 144)

col = colorpanel(80, low ="white" , high = "darkblue")

heatmap.2(data_matrix,Colv = FALSE, Rowv=FALSE ,col = col,margins =c(12,12),dendrogram="none",trace = "none",keysize =(1),density.info = "none") //Colvdev.off()

納尼？看不懂！這麼複雜的code不會寫怎麼辦？

其實R我也不會（上面代碼是路遇高人相贈），這裡酸菜還是推薦一個小工具，直接出圖，不用命令行和編程，不用寫code，適合像我這般的懶人。此工具叫Heml 1.0（免費的，下載地址hemi.biocuckoo.org/inde）。打開後的界面是這樣的。只要在下面輸入相應參數，就會自動生成熱點圖。

這個軟體也搞不明白？那可真是晚期患者了。臨淵慕魚，不如退而結網，不妨報個生物信息學培訓班耍耍吧，IMBA的老師帶給你裝逼起飛的技能。


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