骨科外泌體研究套路:破骨細胞對成骨細胞的影響
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今天分享的是Cell Discovery上的骨科文章,講述了破骨細胞外泌體中miRNA對於成骨細胞的影響。首先來看下今天的文章題目:
其中有四個關鍵字:成骨細胞、破骨細胞、外泌體、miRNA,四部分連起來這篇文章也就是研究源自破骨細胞的外泌體中miRNA能夠抑製成骨細胞的活性,來看看具體是怎麼做的。
一、實驗假說
科學研究第一步就是提出假說,然後再開始證明,這也是核心的科學思想。本文的假說如下圖所示:
這裡面有三個核心內容,支撐起這篇文章:
1、從破骨細胞來源外泌體能夠被成骨細胞攝取並影響其成骨功能——闡釋模型
2、進一步研究發現,在破骨細胞外泌體高表達miR-214,能夠負調節ATF4,抑製成骨效應——提出分子
3、破骨細胞外泌體依賴於ephrinA2- EphA2信號途徑影響下游效應——解釋機制
研究的邏輯鏈就是:
二、結果解讀
本文用七張大圖來呈現研究的數據,可以分為四部分:
1、Fig1交代了分子的來源,並進行了對miRNA的篩選,選擇了此次研究的對象miR-214;
2、Fig2-Fig4是通過了離體實驗驗證了外泌體以及ephrinA2- EphA2信號的生物學功能;
3、Fig5-Fig7是在動物模型中對外泌體miR-214做了功能鑒定,尤其是Fig7是對於治療策略進一步深入的研究。
Fig1作者是要鑒定破骨細胞來源外泌體及miRNA,那首先就要做一個破骨細胞的模型。作者選了經典的小鼠RAW264.7做為前體細胞,之後加入RANKL(NF-κB受體活化因子配體)誘導2天,基本骨科做破骨細胞模型的都是這麼做的。
對於外泌體的觀察,作者除了用常見的電鏡技術外,還用了動態光散射技術(DLS)來檢測培養上清中顆粒粒徑分布。兩者都證明了有外泌體的存在。電鏡圖基本也是外泌體文章的標配。
當然,光看形態還不夠,接下來還用Western做了外泌體表達的Marker蛋白鑒定,有一些Marker是非常特異的,只在外泌體中表達。這篇文章選了HSP70、TSG101、CD63(熒游標記),除此以外為了證明是外泌體,還檢測了核蛋白標記,因為外泌體是沒有細胞核的(可以看到Western上的空缺),這裡選擇了TFIIB、LaminA/C。
確定了是外泌體後,作者開始對其中的內容物進行了分析,這裡用了Bioanalyzer進行片段長度的分析,在18-24 nt 處發現了豐堵富集。
接下來開始了文章的重頭戲,通過高通量測序篩選比較RAW264.7和RANKL誘導的RAW264.7的外泌體miRNA,並通過查文獻得知13個差異表達miRNA與骨代謝相關, qPCR驗證得到9個上調的和4個下調的miRNA。
作者選擇了miR-214-3p做研究對象,是一個顯著表達上調的miRNA。之所以選這個miRNA,因為作者在文獻中發現了這個miRNA能靶向ATF4來抑製成骨功能。這是一種略為保守的研究方案,降低了本文的學術創新,如果選一條全新的miRNA並找出靶向基因介導成骨細胞,那這篇文章的影響因子還能再高。
然後作者還非常嚴謹通過RNase降解實驗驗證了miR-214是來自於外泌體而不是凋亡小體和微泡的。這時候作者還不放心,又做了人的細胞模型,CD14+的人外周血單核細胞分選後加入macrophage colony- stimulating factor (M-CSF) 和 RANKL誘導,又做了一遍了形態學和Western檢驗,證實了誘導成功,當然也沒放過miR-214。這就是套路,告訴了我們最完整的外泌體miRNA檢測要做哪些。
Fig2開始做功能,先開始做外泌體被受體細胞攝入的觀察,在細胞模型MC3T3-E1(小鼠胚胎成骨細胞前體細胞)中用DiO(細胞膜綠色熒光探針)標記了外泌體,Hoechst(細胞核染料)標記MC3T3-E1細胞。在共聚焦顯微鏡下就能觀察到破骨細胞來源外泌體被MC3T3-E1細胞攝入情況。同理用FAM標記了miR-214,觀察到了外泌體中miR-214被MC3T3-E1細胞攝入情況。
然後在人成骨細胞系hFOB1.19通過PCR對miR-214的作用進行了驗證。在文獻中已經揭示了在miR-214的下游是ATF4,接下來就是一整套實驗,先檢測了hFOB1.19細胞ATF4有沒有受到miR-214抑制,下游成骨細胞的相關標誌物包括Alp、Bglap、Col1a1有沒有受到miR-214的影響。
ALP染色活性鑒定,顏色越深成骨活性越強
整個Fig2就是說明了,破骨細胞外泌體來源的miR-214對成骨細胞的影響。
Fig3阻斷了外泌體,來觀察對於成骨細胞調控的影響是不是會被抑制,用了兩種抑制策略:
1、中性神經鞘磷脂酶(neutral sphingomyelinase) 抑製劑 GW4869
2、外泌體釋放關鍵基因Rab27a的siRNA
這樣用兩種或三種方法來說明同一個問題,能讓文章的邏輯性更強。
作者又做了一套Fig2的檢驗來說明抑制破骨細胞外泌體對成骨細胞活性的影響。
Fig4開始機制研究,由文獻知破骨細胞ephrinA2可作用於成骨細胞EphA2受體抑製成骨。Fig4a-4g沉默了ephrinA2,Fig4i-4n沉默了EphA2來觀察對成骨細胞活性的影響。這些結果表明ephrinA2 / EphA2相互作用是外泌體在破骨細胞和成骨細胞之間的穿梭所必需的。
Fig5開始在體研究,用破骨細胞特異性蛋白Acp5的啟動子構建miR-214 Knock in小鼠(OC-TG214)。作為一個模型的驗證,首先要檢測破骨細胞、成骨細胞、血清中遊離miR-214和循環外泌體中miR-214的表達。
在體實驗與離體實驗不同,可以檢測骨組織和成骨細胞中的Alp、Bglap、Col1a1表達,除此之外,還能進行形態觀察發現OC-TG214鼠腰椎組織中骨小梁數量減少,骨密度降低,這也可以作為潛在的觀測指標。
Fig6中作者換了人的標本,還用了OVX去卵巢小鼠模型。檢測發現骨質疏鬆病人血清外泌體中的miR-214表達顯著高於正常人,在模型中也是一樣的情況。
然後作者叒對那些關鍵蛋白進行了檢測,還是是前面那一套。骨質疏鬆病人和OVX模型小鼠的ephrinA2表達、Alp、Bglap、Col1a1表達。以及沉默EphA2受體後的ATF4、Alp、Bglap、Col1a1表達。
Fig7驗證了一旦阻斷了外泌體是否會對OVX動物模型產生治療和緩解的作用。
Fig7a:3月齡OVX手術後8月開始注射Rab27a的脂質體siRNA,每周2次維持4周,取樣檢測。之後的檢驗方式也和前面一樣,比較新的就是這裡做了顯微Ct嗎,顯示了骨體積分數、骨小梁數量、骨密度上升而結構模型指數降低,說明其對骨質疏鬆是有緩解作用的。
三、套路分析
這篇文章研究了破骨細胞對成骨細胞經由外泌體來交互通訊的機制,其核心就是miR-214。對miRNA的研究就可以分析出如下套路:
片段長短:Bioanalyzer
分子篩選:二代測序+qPCR
外泌體特性:Rnase+Triton
分子來源:miRNA前體檢測
對於破骨細胞研究的學習也可以從幾方面進行:
細胞模型: RANKL誘導RAW264.7細胞(鼠)、外周血單核細胞分選+誘導(人)
觀察指標: TRAP,形態學
動物模型: 轉基因、OVX
相應的成骨細胞研究也能從這些方面學:
細胞模型: MC3T3-E1 (鼠)、hFOB1.19 (人)
觀察指標: Alp、Bglap、Col1a1
動物模型: 轉基因、OVX
在外泌體的特性上的學習包括:
鑒定:動態光散射、電鏡
標記:HSP70、TSG101、CD63
攝取:DiO熒光探針
分布:AB、MV、Exosome
阻斷:GW4869、Rab27a siRNA
上述的套路就已經包含了這篇文章中的所有研究內容。那是不是只有這些值得研究呢?當然不是,比如這篇文章的主角是miRNA,完全可以改成lncRNA、circRNA以及蛋白。我們可以在其中篩選鑒定出新的分子,提出新的機制。
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