circRNA研究報道匯總20171116上

雙十一購物狂歡節剛剛結束了，一年一度的購物狂歡節一定給大家留下了很多難以忘懷的記憶。馬上也到了我們半個月一次的circRNA研究報道匯總了，在十一月上半月里，circRNA研究論文數量穩中有增，延續了一直以來的高熱度態勢。下面就一起瀏覽一下這半個月里都有哪些相關的報道吧：

circDLGAP4調控血腦屏障完整性

論文題目：Circular RNA DLGAP4 ameliorates ischemic stroke outcomes by targeting miR-143 to regulate endothelial-mesenchymal transition associated with blood-brain barrier integrity

通訊作者及單位：東南大學醫學院姚紅紅教授

本文主要介紹發現circDLGAP4通過競爭性結合miR-143，抑制HECT結構域相關的E3泛素連接酶（HECTD1）的功能。急性缺血性腦中風患者及小鼠中風模型中均發現血漿中circDLGAP4顯著下降。短暫性大腦中動脈閉塞中風小鼠模型中過表達circDLGAP4可顯著減少其神經損傷和梗塞面積以及血腦屏障的損傷。內皮-間質轉化（EMT）有助於血腦屏障損傷，過表達circDLGAP4可明顯調控緊密連接蛋白（TJP）的表達，進而調控EMT [1]。

圖1 circDLGAP4競爭性結合miR-143調控HECTD1 （來自[1]）

真核生物circRNA功能綜述

論文題目：Molecular roles and function of circular RNAs in eukaryotic cells

雜誌：Cellular and Molecular Life Sciences（2016年影響因子5.788）

通訊作者及單位：慕尼黑大學醫學院Lesca M. Holdt

本文作者針對circRNA的最新研究進展，系統匯總了circRNA在真核生物中的主要功能研究進展。文章首先匯總了circRNA的研究歷史，主要分類，形成條件等方面的主要進展，還針對circRNA的降解途徑進行了匯總和分析。最後對circRNA的主要功能，作為疾病診斷標誌物的研究進展等方面進行了詳細的匯總和整理[2]。

圖2 circRNA主要功能 （來自[2]）

circRNA作為腫瘤診斷標誌物的研究綜述

論文題目：Circular RNAs: emerging cancer biomarkers and targets

雜誌：Journal of Experimental & Clinical Cancer Research（2016年影響因子5.189）

通訊作者及單位：江蘇大學醫學院張徐和許文榮

本文主要針對circRNA基本研究背景，作為腫瘤標誌物的研究進展進行了系統匯總和分析[3]。

圖3 circRNA在腫瘤中的功能 （來自[3]）

反覆植入失敗患者circRNA表達特徵分析

反覆植入失敗患者circRNA表達特徵分析

論文題目：Altered Circular RNA Expression in Patients with Repeated Implantation Failure

雜誌：Cellular Physiology and Biochemistry（2016年影響因子5.1034）

通訊作者及單位：蘭州大學附屬第一醫院張學紅

作者利用晶元分析了6例反覆植入失敗患者及對照組的子宮活檢組織的circRNA表達譜，共篩選到856種差異表達的circRNAs，後續也進行了QPCR的驗證和生物信息學的相關分析[4]。

圖4 反覆植入失敗患者circRNA差異表達分析 （來自[4]）

基於數字PCR進行circRNA的絕對定量分析

論文題目：Plasma circular RNA profiling of patients with gastric cancer and their droplet digital RT-PCR detection

雜誌：Journal of Molecular Medicine（2016年影響因子4.6859）

通訊作者及單位：寧波大學醫學院郭俊明

微滴式數字PCR（ddPCR）是最近興起的可絕對定量的PCR技術，本文作者首次將微滴式數字PCR應用於circRNA的絕對定量。作者利用ddPCR分析了胃癌患者血液中circRNA的變化情況，通過與疾病特徵的相關性分析，最終表明Hsa_circ_0001017和 hsa_circ_0061276可以作為胃癌有效的診斷標誌物[5]。

圖5 ddPCR檢測circRNA （來自[5]）

胃癌circRNA 綜合分析

論文題目：The comprehensive expression analysis of circular RNAs in gastric cancer and its association with field cancerization

雜誌：Scientific Reports（2016年影響因子4.2589）

通訊作者及單位：巴西帕拉州貝倫聯邦大學?ndrea Ribeiro-dos-Santos

作者分析了正常胃組織，胃癌組織及癌旁組織中circRNA的表達情況，發現癌旁組織中circRNA表達丰度很高，與正常胃組織有很大區別，說明癌旁組織並不是特別理想的對照。作者認為circRNA可能作為基因組動態表達的一個表徵[6]。

圖6 正常胃，胃癌及癌旁組織中circRNA差異表達分析（來自[6]）

circRNA在單細胞間表達的異質性

論文題目：Heterogeneous circRNA expression profiles and regulatory functions among HEK293T single cells

雜誌：Scientific Reports（2016年影響因子4.2589）

通訊作者及單位：華中科技大學寧康

作者利用單細胞測序的方法分析了HEK293不同細胞之間circRNA的表達差異情況，結果表明細胞之間circRNA的表達存在一定程度的異質性[7]。

圖7 單細胞間circRNA表達異質性分析 （來自[7]）

細胞外囊泡轉錄組分析

論文題目：A total transcriptome profiling method for plasma-derived extracellular vesicles: applications for liquid biopsies

雜誌：Scientific Reports（2016年影響因子4.2589）

通訊作者及單位：巴西聖保羅A.C.Camargo癌症中心醫學基因組學實驗室Emmanuel Dias-Neto和Diana N. Nunes

細胞外囊泡（EVs）是細胞之間遠端通訊的重要途徑，作者利用RNA-seq分析了臨床來源的血清EVs中不同RNA的表達和分布情況，為基於EVs的液體活檢提供了參考[8]。

圖8 細胞外囊泡中不同類型RNA分布情況 （來自[8]）

結核桿菌感染後單核巨噬細胞中circRNA表達變化分析

論文題目：Identification of differentially expressed circular RNAs in human monocyte derived macrophages response to Mycobacterium tuberculosis infection

雜誌：Scientific Reports（2016年影響因子4.2589）

通訊作者及單位：南昌大學第一附屬醫院羅清和李俊明

作者基於晶元法分析了結核分枝桿菌感染後的單核巨噬細胞中circRNA的變化情況，共分析到32種上調，110種下調的circRNA分子，選擇了有代表性的進行了QPCR驗證和疾病相關性分析，後面作者也預測了miRNA結合情況及通路分析[9]。

圖9 結核桿菌感染後單核巨噬細胞circRNA表達變化分析 （來自[9]）

circPTK2促進膀胱癌細胞增殖和遷移

論文題目：Circular RNA hsa_circ_0003221 (circPTK2) promotes the proliferation and migration of bladder cancer cells

雜誌：Journal of Cellular Biochemistry（2016年影響因子3.085）

通訊作者及單位：福建醫科大學附屬漳州市醫院許振強

作者分析了膀胱癌臨床標本中circPTK2表達差異情況，結果表明circPTK2的表達水平與膀胱癌的多項指標有較強的相關性，包括分化狀態，N2-N3淋巴結轉移和腫瘤分期等。作者也進行了過表達和敲低circPTK2的實驗，結果表明circPTK2能促進膀胱癌細胞的增殖和遷移[10]。

圖10 circPTK2促進膀胱癌細胞增殖和遷移 （來自[10]）

嬰幼兒血管瘤circRNA表達分析

論文題目：Circular RNA profile of infantile hemangioma by microarray analysis

雜誌：PLoS One（2016年影響因子2.8059）

通訊作者及單位：山東大學附屬山東省立醫院霍然

晶元法分析了4例嬰幼兒血管瘤和癌旁皮膚組織中circRNA的表達情況，共發現了234種上調和374種下調的circRNA，作者也進一步分析了這些差異circRNA相關的miRNA和通路[11]。

圖11嬰幼兒血管瘤circRNA表達分析 （來自[11]）

山羊卵泡circRNA分析

論文題目：Circular RNA profiling reveals chi_circ_0008219 function as microRNA sponges in pre-ovulatory ovarian follicles of goats (Capra hircus)

雜誌：Genomics（2016年影響因子2.801）

通訊作者及單位：湖北省農業科學院畜牧獸醫研究所研究員陳明新

作者文中分析了山羊排卵前卵泡中circRNA的表達情況，並進一步分析了它們可能結合的miRNA的情況[12]。

圖12 山羊排卵前卵泡circRNA表達分析 （來自[12]）

套索驅動形成的circRNA（laciRNAs）調控擬南芥發育

論文題目：lariat-derived circular RNA is required for plant development in Arabidopsis

雜誌：SCIENCE CHINA Life Science（2016年影響因子2.7809）

通訊作者及單位：復旦大學生命科學學院鄭丙蓮

文章報道發現了來自At5g37720p基因加工過程中形成套索結構驅動的circRNA（laciRNAs）直接調控擬南芥的發育過程[13]。

圖13 套索驅動形成的circRNA調控擬南芥發育過程 （來自[13]）

circ_0009910促進骨肉瘤形成

論文題目：Hsa_circ_0009910 promotes carcinogenesis by promoting the expression of miR-449a target IL6R in osteosarcoma

雜誌：Biochemical and Biophysical Research Communications（2016年影響因子2.468）

通訊作者及單位：青島大學附屬醫院劉勇

circ_0009910在骨肉瘤細胞中高表達，敲低後導致增殖減緩，細胞周期阻滯。預測分析表明circ_0009910可競爭性結合miR-449a。miR-449a可靶向調控IL6R [14]。

圖14 干擾circ_0009910抑制骨肉瘤細胞增殖 （來自[14]）

胸部疾病中circRNA相關研究進展綜述

論文題目： Circular RNAs in thoracic diseases

雜誌：Journal of Thoracic Disease（2016年影響因子2.365）

通訊作者及單位：中國醫科大學附屬盛京醫院葛楠

本文針對胸部疾病中circRNA的研究進展進行綜述分析[15]。

圖15 胸部疾病相關circRNA匯總 （來自[15]）

結腸癌中circRNA 0003906表達特徵及臨床相關性分析

論文題目：The expression profile and clinical significance of circRNA 0003906 in colorectal cancer

雜誌：OncoTargets and Therapy（2016年影響因子2.338）

通訊作者及單位：南昌大學醫學院醫學院附屬第一醫院Hu Jiaping

作者分析了6種結腸癌細胞系及122對結腸癌腫瘤標本中circRNA 0003906的表達情況，並分析了表達狀態與結腸癌臨床特徵的相關性。結果表明結腸癌中circRNA 0003906表達明顯下調[16]。

圖16 circRNA 0003906在結腸癌中ROC曲線分析 （來自[16]）

HBV感染相關HCC中circRNA表達分析

論文題目：Screening of up and downregulation of circRNAs in HBVrelated hepatocellular carcinoma by microarray

雜誌：Oncology Letters（2016年影響因子1.3899）

通訊作者及單位：首都醫科大學附屬北京佑安醫院丁惠國

晶元法分析了HBV感染相關的肝細胞癌中circRNA的差異表達情況[17]。

圖17 HBV感染相關HCC中circRNA表達分析 （來自[17]）

數字PCR用於細胞外遊離circRNA檢測

題目：Application of droplet digital PCR in quantitative detection of the cell-free circulating circRNAs

雜誌：Biotechnology & Biotechnological Equipment（2016年影響因子1.059）

通訊作者及單位：第二軍醫大學附屬長海醫院Jing Qing

本文作者探討了基於微滴式數字PCR檢測細胞外circRNA的技術方法[18]。

圖18 數字PCR用於circRNA檢測 （來自[18]）

circ_0000520可作為胃癌診斷標誌物

論文題目：Hsa_circ_0000520, a potential new circular RNA biomarker, is involved in gastric carcinoma

雜誌：Cancer Biomarkers

通訊作者及單位：南京醫科大學附屬南京第一醫院曹紅勇和曹秀峰

利用QPCR分析了circ_0000520在胃癌和健康對照者之間的表達差異，信息學方法分析了相互作用的miRNA分子[19]。

圖19 胃癌與健康對照者circ_0000520表達差異 （來自[19]）

circRNA MICRA作為心肌梗塞危險預後因子

論文題目：The circular RNA MICRA for risk stratification after myocardial infarction

雜誌：IJC Heart & Vasculature

通訊作者及單位：盧森堡健康研究所心血管研究室Yvan Devaux

很多心肌梗塞患者往往會發展成心力衰竭，找到有效的相關診斷標誌物具有非常重要的意義。本文作者探索並初步證明了circRNA MICRA作為心肌梗塞危險預後因子[20]。

圖20 不同階段circRNA MICRA表達狀態分析 （來自[20]）

其他circRNA相關報道

Cell Research發表了哈佛大學醫學院Pier Paolo Pandolfi為通訊作者的circRNA研究亮點點評，點評了前段時間Sicence雜誌發表的CDR1as基因敲除小鼠模型的文章[21]。

在近期由中國科學院科技戰略諮詢研究院，文獻情報中心與科睿安公司聯合發布的《2017研究前沿》中，circRNA榮登生物科學Top10熱點榜。說明國內外對circRNA的研究正逐步升溫。未來該領域必將受到熱捧。

家蠶中部絲腺和後部絲腺的circRNA測序數據

論文題目：Circular transcriptome sequencing of the middle silk gland and posterior silk gland in the Bombyx mori

雜誌：Data in Brief

通訊作者及單位：西南大學家蠶基因組重點實驗室程廷才

本文為作者測序分析後的數據，為家蠶絲腺組織中circRNA的相關數據[22]。

1. Bai, Y., et al., Circular RNA DLGAP4 ameliorates ischemic stroke outcomes by targeting miR-143 to regulate endothelial-mesenchymal transition associated with blood-brain barrier integrity. J Neurosci, 2017.

2. Holdt, L.M., A. Kohlmaier, and D. Teupser, Molecular roles and function of circular RNAs in eukaryotic cells. Cell Mol Life Sci, 2017.

3. Zhang, Y., et al., Circular RNAs: emerging cancer biomarkers and targets. J Exp Clin Cancer Res, 2017. 36(1): p. 152.

4. Liu, L., et al., Altered Circular RNA Expression in Patients with Repeated Implantation Failure. Cell Physiol Biochem, 2017. 44(1): p. 303-313.

5. Li, T., et al., Plasma circular RNA profiling of patients with gastric cancer and their droplet digital RT-PCR detection. J Mol Med (Berl), 2017.

6. Vidal, A.F., et al., The comprehensive expression analysis of circular RNAs in gastric cancer and its association with field cancerization. Sci Rep, 2017. 7(1): p. 14551.

7. Zhong, C., et al., Heterogeneous circRNA expression profiles and regulatory functions among HEK293T single cells. Sci Rep, 2017. 7(1): p. 14393.

8. Amorim, M.G., et al., A total transcriptome profiling method for plasma-derived extracellular vesicles: applications for liquid biopsies. Sci Rep, 2017. 7(1): p. 14395.

9. Huang, Z., et al., Identification of differentially expressed circular RNAs in human monocyte derived macrophages response to Mycobacterium tuberculosis infection. Sci Rep, 2017. 7(1): p. 13673.

10. Xu, Z.Q., et al., Circular RNA hsa_circ_0003221 (circPTK2) promotes the proliferation and migration of bladder cancer cells. J Cell Biochem, 2017.

11. Fu, C., et al., Circular RNA profile of infantile hemangioma by microarray analysis. PLoS One, 2017. 12(11): p. e0187581.

12. Tao, H., et al., Circular RNA profiling reveals chi_circ_0008219 function as microRNA sponges in pre-ovulatory ovarian follicles of goats (Capra hircus). Genomics, 2017.

13. Jinping Cheng, Y.Z., Ziwei Li, Taiyun Wang, Xiaotuo Zhang & Binglian Zheng, lariat-derived circular RNA is required for plant development in Arabidopsis. SCIENCE CHINA Life Science, 2017.

14. Deng, N., et al., Hsa_circ_0009910 promotes carcinogenesis by promoting the expression of miR-449a target IL6R in osteosarcoma. Biochem Biophys Res Commun, 2017.

15. Fan Yang, P.Z., Jintao Guo, Xiang Liu, Sheng Wang, Guoxin Wang, Wen Liu, Shupeng Wang, Nan Ge, Circular RNAs in thoracic diseases. Journal of Thoracic Disease, 2017.

16. Zhuo, F., et al., The expression profile and clinical significance of circRNA0003906 in colorectal cancer. Onco Targets Ther, 2017. 10: p. 5187-5193.

17. SHICHANG CUI, Z.Q., YUHAN CHEN, LEI LI, PENG LI and HUIGUO DING, Screening of up and downregulation of circRNAs in HBV related hepatocellular carcinoma by microarray. Oncology Letters, 2017.

18. Dan-Feng Chen, L.-J.Z., Kezhe Tan & Qing Jing, Application of droplet digital PCR in quantitative detection of the cell-free circulating circRNAs. Biotechnology & Biotechnological Equipment, 2017.

19. Sun, H., et al., Hsa_circ_0000520, a potential new circular RNA biomarker, is involved in gastric carcinoma. Cancer Biomark, 2017.

20. Antonio Salgado-Somoza , L.Z., Melanie Vausort, Yvan Devaux, The circular RNA MICRA for risk stratification after myocardial infarction. IJC Heart & Vasculature, 2017.

21. Bezzi, M., J. Guarnerio, and P.P. Pandolfi, A circular twist on microRNA regulation. Cell Res, 2017.

22. Gan, H., et al., Circular transcriptome sequencing of the middle silk gland and posterior silk gland in the Bombyx mori. Data Brief, 2017. 15: p. 709-711.

文：circRNA微信公眾號|吉賽生物