exoRBase：外泌體長鏈RNA資料庫

10月9日，Nucleic Acids Research雜誌在線發表了復旦大學醫學院上海腫瘤研究所黃勝林教授為通訊作者的文章，公布他們開發的專門收錄外泌體中各種長鏈RNA（mRNA, lncRNA及circRNA）的資料庫：exoRBase [1]。資料庫連接：http://www.exoRBase.org

早期的研究表明外泌體中的mRNA或lncRNA與一些疾病存在較強的相關性，具有較高的疾病診斷價值。如端粒酶TERT的mRNA更容易在腫瘤患者血清外泌體中存在，HOTAIR lncRNA可能在喉鱗狀上皮癌和類風濕性關節炎疾病診斷中有重要價值。miRNA也經常在外泌體中存在，但分子量的局限加上表達特異性不夠，大大限制了miRNA作為診斷分子的價值。黃教授研究中發現外泌體中存在circRNA分子，如果構建一個平台將外泌體中的長鏈的RNA分子匯總在一起，可能對將來開發相關分子診斷標誌物有幫助，因此作者構建一個可以匯總外泌體來源長鏈RNA分子的資料庫。值得一提的是另一個資料庫ExoCarta收錄了外泌體中miRNA、mRNA、蛋白及脂類的信息，該資料庫主要收錄編碼蛋白的mRNA信息。

exoRBase資料庫概要

exoRBase資料庫共收錄了58330種circRNAs，15501種lncRNAs，18333種mRNAs，它們來自92份血清外泌體RNA-seq測序樣本。作者還依據GTEx project獲得組織特異性RNA表達特徵，分析了相關RNA分子的組織來源。

圖1 exoRBase資料庫信息匯總（來自exoRBase資料庫主頁）

資料庫收錄的樣本包括健康對照者32例，冠狀動脈心臟疾病（CHD）6例，結腸癌（CRC）12例，肝細胞癌（HCC）21例，胰腺腺癌（PAAD）14例，乳腺癌2例。每種疾病所對應的各種RNA分子數目如下表：

圖2 exoRBase資料庫樣本信息（來自[1]）

資料庫概覽

資料庫提供了多種檢索途徑，可分別檢索circRNA和線性的lncRNA或mRNA，還可以通過標本類型，基因類型，組織表達特異性信息等檢索選項進行有針對性的檢索。

圖3 exoRBase資料庫概覽 （來自[1]）

資料庫記錄頁面介紹

數據檢索單個基因的界面中可以呈現基因的折線圖，熱圖，基因的概要信息，框圖及詳細描述等等。具體如下圖所示：

圖4 數據信息記錄頁面 （來自[1]）

exoRBase資料庫為外泌體研究提供了非常有價值的信息平台，也提供了數據下載和上傳創口，是非常好的外泌體研究工具。

參考文獻： 1. Shengli Li, Y.L., Bing Chen, Jingjing Zhao, Shulin Yu, Yan Tang, Qiupeng Zheng, Yan Li, Peng Wang, Xianghuo He and Shenglin Huang, exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes. Nucleic Acids Research, 2017.

來源：circRNA微信公眾號|吉賽生物

原文：exoRBase：外泌體長鏈RNA資料庫