信息檢索及文獻管理與分析

02-09

本文來源於南昌大學-春華秋實課題組內部的一次分享學習。由於當時時間有限，部分內容沒能和大家分享，因此現將所有的內容整理成文分享給大家，希望能夠幫助大家學習使用Endnote和Histcite，幫助大家更好的檢索、管理和分析信息。

本文所分享的內容基本可以在互聯網上檢索到。大部分內容是我初進實驗室，苦於文獻檢索、閱讀和管理時在網上查閱到的相關教程和課程的總結，另一些是自己在日常學習中使用這些工具所獲得的心得和技巧。所以，如果大家在日常使用這些工具的過程中，遇到不甚明了的地方，不妨Google一下或是與人討論，這當是解決問題的不二法門。

由於分享過程中有許多演示，用文字無法詳細描繪，因此在本講義中有諸多省略之處。若有疑問，推薦大家收看 @羅昭鋒-中科大apt 老師的公開課，或是關注他的博客，羅老師講的很出色，正是在他的幫助下我開始了Endnote的學習。同樣希望他的課程對大家有所幫助。另外科研動力網也有很多經典的教程，能幫大家解決大部分的使用問題。希望這些資源能幫到大家。

1.信息檢索收集

1.1 搜索引擎的使用技巧

1.1.1 認識常用搜索引擎及資料庫

常用搜索引擎：百度搜狗 360 Bing Google Yahoo! ……

學術搜索引擎：Google 學術百度學術必應學術 ……

學術資料庫：南昌大學圖書館 Springer Wiley NCBI ACS ……

專利及標準：國家知識產權局 SOOPAT Google專利食品安全國家標準數據檢索平台食品夥伴網 ……

由於版權和GFW的原因部分資源無法訪問，必要時可使用以下服務替代：

版權原因： Sci-Hub Geenmedical
GFW原因：Google 鏡像集合 SemanticScholar
搜索引擎聚合工具：虫部落學術搜索

1.1.2 搜索引擎使用技巧

搜索引擎特色功能

快照功能

網頁快照是搜索引擎的一項特色功能。搜索引擎在收錄網頁時，對網頁進行備份，存在自己的伺服器緩存里，由於網頁快照是存儲在搜索引擎伺服器中，所以查看網頁快照的速度往往比直接訪問網頁要快。網頁快照中，搜索的關鍵詞用亮色顯示，用戶可以點擊呈現亮色的關鍵詞直接找到關鍵詞出現位置，便於快速找到所需信息，提高搜索效率。當搜索的網頁被刪除或鏈接失效時，可以使用網頁快照來查看這個網頁，起到「救急作用」。搜索引擎一般都設有網頁快照功能。

搜索引擎命令

所有命令均能配合使用，但以上命令並不一定適用於所有搜索引擎，某些搜索引擎也有自己特定的命令，請靈活使用。 多種命令的配合使用，能更高效的檢索信息。例如： 我需要檢索黃小林師兄發表在BB上的關於免疫層析的綜述，可按以下格式檢索："lateral flow" author:(huang or lai or xiong) source:("Biosensors and Bioelectronics" or "BIOSENS BIOELECTRON"）,能精確的定位到相關文獻。

1.2 學術搜索引擎的簡單認識：功能及用法

獲取全文/文獻描述信息（不適合大量文章的導出）
查詢作者/研究者/雜誌的相關信息
查詢文獻相關信息：引用量、被引文章列表
構建自己的文獻庫
訂閱相關領域文章更新

……

1.3 常用資料庫的使用

1.3.1 中文資料庫：知網萬方維普超星

文獻（期刊、碩博士論文、年鑒、標準等）檢索及導出
數據/引文分析
訂閱相關更新
列印期刊封面目錄頁
專業辭彙翻譯 CNKI翻譯助手

1.3.2 外文資料庫：WOS Springer Wiley NCBI ACS

文獻檢索及導出
查找全文
數據/引文分析
相關領域進展追蹤

1.4 其它獲取文獻信息的方式

微信公眾號: 知識分子；生物谷；納米人；高分子科學前沿；小桔燈網，IVD諮詢等。
維基百科，百度百科，百度文庫等。
RSS訂閱。
人。

2. 文獻管理及分析

2.1 Endnote的使用

EndNote是一種文獻目錄管理軟體包，由Thomson Reuters研製開發，2017年7月發布的最新版本是X8.0.2（第18版）。它可以用來創建個人參考文獻庫，管理目錄及引用，並且可以加入文本、圖像、表格和方程式等內容及鏈接，可以進行當地及遠程檢索。撰寫文章時，可以方便地插入所引用文獻並按照格式進行編排。

創建個人文獻庫
管理個人文獻庫
快速篩選、定位關鍵文獻
快速插入修改參考文獻信息

2.1.1 Endnote的下載及安裝

EndNote X8 雲南大學版分享密碼：h5a8
EndNote Output style 下載

EndNote安裝流程

解壓 EndNoteX8.rar後可得到兩個文件，其中ENX8Inst.msi是主安裝程序，License.dat是激活文件。將兩者放在同一個文件夾下即可正常安裝（為保證功能的完整性，建議安裝所有可選功能）。在安裝的過程中會要求設置EndNote個人文件夾位置，最好個人常用位置或容易找到的地方，方便後續使用。安裝完成後即可正常使用。（建議將該文件夾加入網盤的自動同步列表）。 Output style文件是EndNote輸出文獻格式的描述文件。Output style支持6000餘種雜誌的參考文獻格式，但安裝時並未全部安裝所有雜誌的格式描述文件。如有需要可下載全部或感興趣的雜誌的Output style文件自行安裝。安裝方式：將下載的Output style 文件放入EndNote安裝路徑下的Styles文件夾（示例，C:Program Files (x86)EndNote X8Styles）下即可。

2.1.2 EndNote界面介紹

菜單欄
快捷工具欄
Group欄
主體窗口
預覽窗口

2.1.3 EndNote 的使用

1. 創建個人文獻庫

手動輸入：當需要插入網頁類文獻時建議使用該方法；手動編輯作者信息時，注意每個作者佔用一行；注意修改參考文獻類型。
在線檢索：年代信息使用「-」連接兩個年份。示例，1993-2017
學術搜索引擎、資料庫、網站導入：注意設置或者選擇合適的格式，Ris是通用格式。
文本格式導入：主要針對CNKI的EndNote文獻導出格式。若出現亂碼，請修改txt的編碼格式或打開Txt translate功能。
PDF全文導入：可單文件導入，也可文件夾導入。
其它文獻管理軟體導入：將其他管理軟體管理的文獻導出為Ris格式即可導入。

2. 管理個人文獻庫

文獻信息的修改：手動編輯錯誤的Reference參數。
文獻信息的更新：主要針對文獻信息不全的參考文獻，使用「Find Reference Updates」功能。在手動輸入文獻時，也可使用該功能自動補全信息，節省時間。
文獻去重：去除重複的參考文獻，使用「Find Duplicates」功能，可設置自動去重。
閱讀筆記的記錄：建議記錄在Research Notes欄目下，支持批量注釋，支持搜索。
文獻分組：普通分組和智能分組。
查找全文：可使用「Find Full Text」功能批量下載文獻全文。由於網路、許可權等原因無法下載全文的文獻，可以通過其它方式下載全文後鏈接到EndNote文獻庫中。

3. 快速篩選、定位關鍵文獻

快速瀏覽文獻庫：使用Preview欄快速瀏覽文獻題目和摘要信息，剔除不適合或不相關信息，並對文獻評級。
對文獻按一定條件排序：可按時間、作者、雜誌、評級等因素分類。幫助快速定位文獻。
靈活使用Quick Search 功能：可搜索文獻庫內文獻所有信息，包括以EndNote自帶PDF閱讀器所做的批註信息。
Endnote文獻庫的簡單分析：使用「Subject Bibliography」功能，按一定類別分析文獻庫內所有文獻。如按「author」分析，可快速定位本領域類的專家大牛；按「year」分析，可快速了解本領域的發展狀況；按「Secondory author」分析可快速了解該領域的文章主要發在哪個雜誌。

4. 快速插入修改參考文獻信息

該功能需配合 Word、Powerpoint、或者WPS（存在兼容性問題，不推薦）使用。能快速的幫助我們插入、修改參考文獻，改變參考文獻格式，極大的提高投稿效率。或是用來輸出特定參考文獻信息。

EndNote X8 Word 插件介紹
插入參考文獻：在EndNote界面使用插入快捷鍵插入文獻到Word游標位置；在EndNote界面複製要插入的參考文獻，粘貼到需要插入參考文獻的位置；在EndNote界面拖拽要插入的參考文獻到需要插入參考文獻的位置；在Word界面使用「Insert Citation」功能搜索並插入參考文獻到游標位置……
修改參考文獻: 可使用「Edit& Mange Citations」功能調整調整參考文獻位置，刪除參考文獻，或者編輯參考文獻信息。可通過滑鼠移動參考文獻位置後更新，更改參考文獻位置。
更改參考文獻格式
轉換參考文獻為純文本格式
提取Word中的參考文獻信息到EndNote

5. 自定義參考文獻Ouput Style

自定義參考文獻Output Style以滿足多種需求：微調投稿雜誌參考文獻格式，編輯畢業論文參考參考文獻，或者編輯一個自己的格式加快閱讀文獻速度，或者是為了輸出特定信息，如輸出Research Note 形成閱讀筆記……

當Endnote沒有提供我們需要的參考文獻格式時，我們可以自行編輯。首先找到一個與目標格式相似的參考文獻格式，然後對這個格式進行編輯。

點擊Edit→Output Styles→Edit「」，進入編輯文獻格式編輯頁面，根據需求進行編輯。

About this Style: 關於本格式的基本介紹，按心情填寫即可。
Punctuation：標點格式選擇，保持默認，使用English格式就好。
Anonymous works：不具名的工作，表示如遇到沒有作者的文獻怎麼處理，可根據實際情況填寫，一般不會遇到沒有作者的工作，所以默認也是一個很好的選擇。
Page Numbers: 頁碼格式，根據實際情況選擇。
Journal Nmae: 雜誌名稱格式，根據實際情況填寫，有些雜誌會要求使用簡寫雜誌名，有些是全稱。下方可選是否僅對期刊文章進行簡寫，或者是否去除期號。
Sections：選擇插入參考文獻的位置。第一個選項表示將引用文獻創建於正文末尾（絕大多數的雜誌要求）；第二個選項表示將引用文獻創建於本節末尾（部分畢業論文要求，需配合分節符使用）；第三個選項表示分別在末尾和節尾創建引用列表。
Citations：編輯參考文獻在正文插入處的格式,在此欄目的修改僅對正文中的引用格式有效。

Templates: 正文應用處的形式。主要有兩種：Citation和Citation-author(year)。示例：

輕輕的我走了, 正如我輕輕的來 [2]（上標） 輕輕的我走了, 正如我輕輕的來 (徐志摩，1928)

根據需求對格式進行編輯，包括粗體、斜體、上標、括弧類型等。

Ambiguous Citations：模糊不清的引用，一般不需要更改。
Author Lists：作者列表。這裡主要是設置參考文獻在正文中插入時的格式，分為三個部分。Author Separators，即採用何種符號或者方式分隔多個作者；Abbreviated Author List-First Apperance,第一次引用該文獻時如何列出作者，選一是列出全部作者，選項二是當作者數超過設定數時列出指定的前幾位作者，其它作者以「，et al.」省略（注意中文需要修改為「等」，可選擇是否需要斜體顯示）。
Auther Nama: 作者名稱顯示格式。第一作者和其它作者的名字縮寫形式，包括「名姓」，「姓, 名」，「姓名」等，可選擇縮寫的大小寫等。
Numbering：主要涉及到連續引用文獻的引用格式，是否以1-3等形式顯示。
Sort Order：排序方式，一般選擇「Same as bibliography」，即與參考文獻列表一樣。

Bibliography：參考文獻目錄，即正文末尾的參考文獻格式的編纂，編輯此處僅對參考文獻目錄有效。

Tamplates: 模板，即最終的顯示效果，在此處確定了最終的引文要素和形式。示例：

針對Journal Article 類型的文獻，如果設置成「Author. Journal Year|, Volume|, Pages|.」則最終顯示的效果為：Ning, X.; Selesnick, I. W.; Duval, L. Chemom. Intell. Lab. Syst. 2014, 139, 156– 167 。

Field Substitutions: 如果存在某些文獻參數空缺，如何填寫。一般不會出現信息空缺，可不選擇，如需要，可根據實際情況填寫。
Layout: 參考文獻排版格式。「Start each reference with」即每條參考文獻以哪種形式開頭。一般設置為「Bibliography Number」。「End each reference with」，以哪種形式結尾，一般不用設置。
Sort Order: 排序方式。根據雜誌要求選擇。
Categories: 分類，一般不用設置。
Author Lists: 功能如Citations中的Author Lists功能一樣。我們在寫文章時，經常會遇到參考文獻中英文混排的情況，經常會遇到中文作者後面出現的是et. al格式的省略。出現一下結果可按EndNote中英文混排時et al和等的3種解決方法解決。
Author Name：功能如Citations中的Author Name功能一樣。
Editor Lists: 功能與Author list類似，一般針對BOOK類型的參考文獻。
Editor Name: 功能與Author name類似，一般針對BOOK類型的參考文獻。
Title Capitalization: 文獻標題大小寫設置。

Footnotes：一般用不到，不用設置。
Figure &Tables：一般用不到，不用設置。

2.2 Histcite 的使用

Histcite＝History of cite，意味引文歷史，或者叫引文圖譜分析軟體。該軟體系sci的發明人加菲爾德開發，能夠用圖示的方式展示某一領域不同文獻之間的關係。可以快速幫助我們繪製出一個領域的發展歷史，定位出該領域的重要文獻，以及最新的重要文獻。

展示文獻關係
繪製研究方向的發展歷史進程
定位目標領域的重要文獻

2.2.1 Histcite的下載及安裝

Histcite Pro 2.0 官方下載地址及使用方法

感謝王慶（中國科技大學）的工作讓Histcite變的好用，與時俱進！ 只需要下載 HistCite Pro 的壓縮包並解壓（保證路徑中不含中文），就可以直接用，不需要安裝。

2.2.2 Histcite的使用

1. 登陸WOS下載帶引文信息的參考文獻信息： HistCite 只支持 WOS 資料庫，因此在下載參考文獻信息時只能選擇核心合集。

2. 根據目標文獻進行關鍵詞檢索，並將檢索的數據導出為全記錄與引用的參考文獻的文本文件。由於WOS一次最多導出500篇文獻相關信息，因此需要分多次導出，如有大量文獻，可嘗試精鍊檢索結果，或者將結果按照引用量排序後取前2000篇文獻進行分析。

3. 將導出的文獻放在Histcite文件夾下的TXT子文件下，雙擊main.exe打開Histcite。此時軟體會自動打開命令行工具，根據提示輸入「YES」即可載入文獻信息，完成後Histcite自動打開默認瀏覽器，進入Histcite的GUI界面。注意：若打開的瀏覽器頁面顯示空白，則重啟軟體，在命令行處輸入ADV進入軟體。輸入的命令區分大小寫，在軟體使用過程中，不要關閉命令行窗口。

4. 軟體界面介紹

5. 認識重要參數

GCS即Global citation score，表示該文章在全球中被引用次數，也就是你在WOS上看到的引用次數。如果你點擊GCS，軟體會按照GCS進行排序，此時的結果與你在WOS網站按被引頻次排序的結果是一樣的。
LCS即Local citation score的簡寫，表示該文章在本地被引用次數，即某篇文章在當前我們從WOS上下載的文獻信息中被引用的次數，所以LCS一定是小於或等於GCS的。
CR即Cited references，表示該文章引用的參考文獻數量。如果某篇文獻引用了50篇參考文獻，則CR為50。這個數據通常能幫我們初步判斷一下某篇文獻是一般論文還是綜述。
LCR即Local citation score，表示被該文章引用參考文獻在本地資料庫中的篇數。如果某篇文獻的LCR為7，則表示有7篇該文獻的參考文獻也在當前本地資料庫中。

6. 快速定位本領域發展情況、大牛和期刊：按時間、作者和期刊排序。

7. 查找被遺漏的關鍵參考文獻：按Cited References排序，找出其中多次被引用但是沒有被我們檢索到的參考文獻，將其插入到當前資料庫中，並更新。

8. 文獻關係分析：點擊Tools→Graph maker，調整參數，點擊Make Graph作圖。根據圖形分析，可找出該領域的開山之作，重大突破點等關鍵文獻。

9. 導出重要文獻到EndNote：點擊Tools→Mark& Tag，根據需要選擇導出文獻，點擊Mark，確定選擇的文獻。然後點擊File→Export→Rcords，成功導出 .hci 格式的文本文件，直接修改後綴為 txt。然後即可導入到EndNote中。

結語

我所分享的內容當然是不完善的，也是很淺顯的，更有可能存在不少錯誤，但我仍希望我所分享的東西能夠幫助到大家。也希望大家能及時給我反饋，讓我也能繼續提高。

分享總是一件令人愉悅的事情！謝謝大家……