(史上最全)VASP入門資料大集錦
寫在前:這篇文章之後「學術之友」將會暫停更新一段時間,小編需要處理一些學業相關事情,寒假會持續更新。下面給大家介紹一下學術之友目前運營情況:
1)學術之友微信公眾號目前關注人數>2300人;
2)學術之友QQ群(第一性原理計算之家)目前群員人數>1700人;
3)學術之友知乎專欄目前關注人數>570人。
小編的理想是公眾號關注人數>5000人,成立2個2000人QQ群,知乎專欄>1000人,目前還離夢想很遙遠。希望大家繼續支持我們!
寒假系列更新小編已經有一些計劃,屆時板塊會有大的變動,請大家敬請期待!
1、VASP視頻-入門系列
(1) VASP編譯與安裝
時長與購買情況:[43min/59.9元] 【已經購買次數52】
視頻簡介:
VASP5.4.1編譯安裝大大簡化,主要分為三步:
- 安裝intel ifort編譯器
- 安裝impi或者openmpi並行編譯器
- 編譯vasp可執行文件以及編寫腳本
該教程詳細介紹了每個安裝步驟,這也是本人測試安裝方法最簡單,運算速度最快的方法,相信觀看過後能夠編譯成功。 注意的是:前兩步最好需要有root許可權,如果前兩步檢查機器已經完成(超算中心一般這兩步可以跳過),則可以直接跳過進行第三步,第三步可以用普通賬號編譯就可以。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=48
(2) VTST 編譯以及VTST scripts的安裝配置
時長與購買情況:[18min/18元] 【已經購買次數23】
視頻簡介:
對於VASP搜索過渡態需要使用到CINEB,需要在正常能夠編譯成功VASP的基礎上(參見上面),進一步把VTST code代碼編譯進去。 該講內容詳細論述了VASP 5.4.1和5.4以前版本加入編譯VTST code的方法,同時,展示了如何安裝vtst scripts的配置方法,該腳本擁有諸如bandgap.pl讀帶隙,nebmake.pl過渡態插點等工具,是VASP使用者的必備之選。 建議有編譯需求的觀看,若無需編譯安裝,請勿購買,因為可能對您意義不大,加油科研吧。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=85
(3) 建模系列 (兩個視頻)
a. 時長與購買情況: [16min/9.99元] 【已經購買次數20】
b. 時長與購買情況: [71min/49.90元] 【已經購買次數13】
視頻簡介:
a) MS是通常建模工具,可以很迅速建立碳納米管或者以此為模型修改為BN的納米管模型,但是要把任意平面結構捲曲成為管狀的結構仍舊比較困難,為此我們發布此視頻使用學術免費的VNL軟體中的一個插件來捲曲任意平面結構成納米管,希望對各位有所幫助。
b) 該講內容詳細講述了如何去搜索晶體原胞,切面,摻雜,超胞等,最重要的是詳細講述了如何配合MS手動去繪製一個模型,這種方法適合任何你在文獻看到的模型,但是需要熟練整個過程,從低維結構到高維結構,從而達到提升的目的。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=27
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=196
(4) Linux常用命令操作
時長與購買情況: [81min/35.0元] 【已經購買次數9】
視頻簡介:
主要介紹了:
- 如何通過ssh遠程登陸自己的伺服器,
- linux下經常用到的命令詳解,
- 跟VASP相關的操作命令詳解。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=181
(5) VASP主要的輸入和輸出(朝聖)
時長與購買情況: [44min/29.90元] 【已經購買次數61】
視頻簡介:
詳細闡述了VASP的四個輸入文件INCAR,KPOINTS,POSCAR,POTCAR的格式以及寫法。 同時講解了VASP的其他輸入文件的作用。 如果你已經對VASP比較熟知,請不要購買觀看,可能這一講對您的啟發並不會太大。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=49
(6) VASP輸入輸出詳解(obaica)
時長與購買情況: [86min/45.0元] 【已經購買次數19】
視頻簡介:
主要介紹了:
- VASP的計算流程,
- VASP輸入輸出文件含義介紹,
- VASP輸入文件創建,
- INCAR各個參數含義介紹,
- INCAR重要參數詳解。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=182
(7) VASP參數收斂性測試
時長與購買情況:[60min/29.99元] 【已經購買次數58】
視頻簡介:
本將內容主要由一下三個部分構成:
- 如何編寫shell腳本
- 階段能測試
- K點測試
shell腳本有助於我們大規模輸入重複的命令,簡化操作。 而對計算參數的收斂性測試有助於我們利用最少的時間獲得最佳的計算精度,在計算機計算能力與計算精度之前找到一個平衡點。 其中ENCUT值一般取400eV及以上即可;K點網格需要自行測試。 計算過程中我用到的所有文件,稍後我整理到我的討論組中,自行下載即可。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=83
2、VASP視頻-進階系列
(1) VASP入門實例
時長與購買情況:[60min/55.0元] 【已經購買次數20】
視頻簡介:
主要詳細講解了:
- VASP收斂性測試(K點和encut收斂性測試及腳本講解);
- 結構優化(ISIF=2和3兩種不同方法),
- 能帶計算(普通PBE能帶計算和數據處理),
- 態密度計算(普通PBE態密度計算和數據處理)。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=183
(2) 普通能帶計算及能帶圖繪製
時長與購買情況:[32min/16.66元] 【已經購買次數43】
視頻簡介:
首先介紹了如何利用PBE計算能帶,重點介紹了3種方法生成能帶計算的KPOINTS路徑,然後介紹了如何用腳本處理能帶計算得到的本徵值文件,進而用origin作圖。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=95
(3) 彈性模量的計算
時長與購買情況: [7min/10元] 【已經購買次數31】
視頻簡介:
主要講解如何利用VASP程序計算彈性常數及相關的資料,下面幾講會講解如何根據計算得到的彈性張量進一步求解楊氏模量、剪切模量、泊松比等。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=44
(4) 介電常數/波恩有效電荷計算
時長與購買情況: [11min/12.0元] 【已經購買次數22】
視頻簡介:
主要講解了:
- 什麼是介電常數/波恩有效電荷,
- 計算介電常數/波恩有效電荷有什麼作用,
- 進而介紹了如何通過VASP程序來計算介電常數/波恩有效電荷,
- 如何從OUTCAR提取結果。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=84
(5) 光學性質計算
時長與購買情況: [16min/16.66元] 【已經購買次數32】
視頻簡介:
講解如何利用VASP程序計算光學性質以及對計算結果進行處理得到吸收、反射、折射和能量損失譜。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=46
(6) HSE06計算能帶
時長與購買情況: [16min/20元] 【已經購買次數47】
視頻簡介:
講解HSE06計算的一些參數設置,注意事項,以及如何計算能帶,最後包括能帶的結果處理。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=50
(7) VASP計算小分子吸附在固體表面的理解與計算
時長與購買情況: [73min/49.9元] 【已經購買次數48】
視頻簡介:
本視頻詳細闡述了以下幾個方面:
- 發生吸附的內在原因以及其對催化反應意義。
- 原胞優化常用的兩種方法。
- 利用MS切面以及如何構建根號乘根號的表面以及構建他們的原因。
- 吸附能的計算示例。(以Pt111面吸附CO分子為例)
- 大致講述了吸附過程兩種電荷分析的方法,由於時間關係,並沒有具體展開,以後有機會再講吧。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=91
(8) VASP的過渡態搜索及頻率分析
時長與購買情況: [86min/49.元] 【已經購買次數41】
視頻簡介:
本講內容涵蓋了比較大,包含了計算搜索過渡態的五點重要元素:插點,INCAR設置,頻率計算,消除多餘虛頻,零點能計算。強烈推薦給有用VASP計算化學反應的觀看。時間比較長,內容比較多,建議分次觀看(不然腦子會累)。 本講內容亮點:
- 搜索過渡態適用體系:基元反應 ;
- 使用MS和nebmake.pl對反應進行插點;
- 頻率計算,如何消除多餘虛頻(附帶工具ZPE-corection.x,上傳後加可執行許可權chmod +x ZPE-corection.x,再執行它./ZPE-corection.x即可) ;
- 使用chemdraw進行畫圖 ;
- 如何從頻率計算中得到零點能矯正值。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=175
(9) VASP電荷差分與bader分析
時長與購買情況: [40min/39.9元] 【已經購買次數20】
視頻簡介:
本講內容詳細講述了兩種電荷差分,即小分子吸附在固體表面與材料內部電荷的電荷差分。同時,也講述了如何用bader分析來得出具體電荷轉移量。電子密度圖乍看起來還是比較美觀的,且這兩部分的計算計算量都非常的小,建議各位學習一下。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=185
(10) 電荷局域分析(ELF)
時長與購買情況: [20min/19.90元] 【已經購買次數14】
視頻簡介:
該視頻進一步講述了使用ELFCAR分析成鍵分析。兩個原子之間是否有強烈成鍵,電子是否局域,是否存在自由電子氣,如果需要,可以觀看。
視頻地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=187
3、VASP文字教程系列
1) 大師兄VASP入門系列文章
http://www.bigbrosci.cn/LVASPTHW
2) 丙丙de五線譜系列文章
http://jingyan.baidu.com/user/npublic?un=%E4%B8%99%E4%B8%99de%E4%BA%94%E7%BA%BF%E8%B0%B1
4、VASP相關軟體下載
1) vaspkit
軟體下載地址:
https://sourceforge.net/projects/vaspkit/#opennewwindow
視頻介紹地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=24
2) qvasp
軟體下載地址:
https://sourceforge.net/projects/qvasp/
視頻介紹地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=195
3) VESTA & VENUS
軟體下載地址:
http://jp-minerals.org/vesta/en/
視頻介紹地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=34
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=33
4) P4VASP
軟體下載地址:
http://www.p4vasp.at/#/
視頻介紹地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=41
5) Phonopy
軟體下載地址:
http://phonopy.sourceforge.net/
視頻介紹地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=89
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=90
6) wxDragon
軟體下載地址:
http://www.wxdragon.de/
視頻介紹地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=47
7) lev00
軟體下載地址:
https://github.com/hornos/lev00
視頻介紹地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=25
8) vaspview
軟體下載地址:
http://vaspview.sourceforge.net/
視頻介紹地址:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=28
5、VASP相關程序語言學習
1) fortran視頻教程
https://morvanzhou.github.io/
2) python視頻教程
https://morvanzhou.github.io/
6、VASP學習平台和網站
https://zhuanlan.zhihu.com/p/26851035?refer=gangtangdft
往期相關文章:
1) VASP5.4.1和5.4.4安裝教程集錦
2) LOBSTER最新版2.2.0下載
3) VESTA最新版3.4.1
4) p4vasp 0.3.30最新版
5) XCrySDen在ubuntu上的安裝步驟詳解
6) 通用INCAR參數設置模板
7) 最新VASP入門視頻教程
8) MS、Gaussian和VASP視頻教程
9) DFT+U理論介紹以及INCAR參數設置
10) K點到底是什麼?(深度好文)
11) 全網首發 | VASP輔助使用又一利器——qvasp正式發布
歡迎加入第一性原理計算之家QQ群:364586948
https://zhuanlan.zhihu.com/gangtangdft
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