【軟體教程】如何優雅使用ChemDraw,附軟體資源
ChemDraw作為使用最為廣泛的化學結構繪製工具,為科學家提供了一套完整易用的繪圖解決方案,成為化學和生物學家的必備使用工具。本文將對ChemDraw的使用方法做一個簡要的介紹,並為大家展示若干複雜分子的繪製實例。
一、版面介紹
默認狀態下,Chemdraw的用戶界面如下圖所示:
其中,主工具欄(Main Toolbar)包含了最常用的化學鍵、選擇等繪圖工具,主工具欄上的一些圖標右下角有一個小黑三角,按住這些圖標即可看到其中包含的次級工具欄;
生物繪圖工具欄(BioDraw Toolbar)包含了添加生物和生物化學元素的繪圖工具;
菜單欄(Menu Bar)包含了「文件」、「編輯」、「查看」等各項常用菜單,這些菜單的具體內容這裡這裡暫不做詳細介紹;
狀態欄(Status Bar)展示當前的狀態,如將滑鼠置於工具欄某一繪圖工具上,則狀態欄中將會顯示該繪圖工具的功能說明;
SciFinder工具(SciFinder Tool)可以將繪製好的分子直接放到SciFinder中進行檢索;
放大率控制(Magnification Controls)和文本格式工具(Text Formatting Tools)分別用來調整放大率和文本的字體、字型大小;
文檔視窗(Document Window),即中間的空白區域,就是我們將要在上面繪製各種分子的地方。
二、樣式調整
向一些期刊投稿時,文章通常被規定了一定的格式,其中包括了特定的比例、字體、頁面大小,等等。而ChemDraw則具有一個基於許多著名科學出版物的文檔設置庫,如果你計劃提交文件到一個特定的雜誌,只需要打開樣式表,選擇相應的期刊,即可調整為該期刊所規定的樣式。
例如,要選擇樣式「ACS Document 1996」進行繪製,其操作為:File → Open Style Sheets → ACS Document 1996;
若要調整已繪製好的文檔的樣式,則其操作為:File → Apply Document Settings from → ACS Document 1996;
若要調整已繪製好的某個分子的樣式,則其操作為:選定要調整的分子→Object → Apply Object Settings from → ACS Document 1996。
當然,除了這些期刊規定的樣式外,你也可以按如下步驟創建你自己的樣式表:
1.創建一個新文檔;
2.在File → Document Settings中進行頁面大小,字體,顏色,鍵的長度、粗細、角度等各項設置,例如,在下圖所示的對話框中可以調整頁面大小;
3.點擊「Save As」,在對話框中選擇ChemDraw Style Sheet文件格式,命名並保存。
三、快捷鍵
在ChemDraw中,使用快捷鍵可以方便快捷的添加各種原子、鍵型、官能團等,亦可便捷的使用其他各項功能,熟練運用這些快捷鍵,能讓我們的繪圖過程更加高效。
1.將滑鼠置於原子上,使用快捷鍵,可以直接添加原子或官能團:
2.將滑鼠置於化學鍵上,使用快捷鍵,可以直接修改鍵型:
3.其他快捷功能:
四、繪圖實例
在介紹了ChemDraw的基本使用方法後,下面將展示兩個繪圖實例,通過實例,大家將能夠更好的理解ChemDraw的各種工具及快捷鍵的使用。
實例一:具有多中心連接位點的金屬有機化合物,如二茂鐵:
1.先用模板畫出一個茂環;
2.選中這個茂環,然後點擊Structure → Add Multi - Center Attachment,這時茂環中心出現一個星(*);
3.從星(*)引出一個單鍵,把單鍵的另一端定義為Fe,再從Fe引出另一個單鍵;
4.用同樣的方法畫出另一個茂環並為其添加中心;
5.按住Shift鍵,分別單擊從Fe引出的單鍵的末端和茂環的中心,然後使用Join功能(Ctrl+J),連接選定的兩個位點,二茂鐵分子就完成了。
實例二:具有複雜結構的有機化合物,以海葵毒素為例:
1.先直接畫出左上角的片段,其中的五、六、七元環都可以直接用工具欄中的模板繪製;
2.使用工具欄中的「Snaking Chain」工具畫出一段碳鏈,該工具可以保持120°的鍵角畫出任意形狀的碳鏈;
3.為這段碳鏈加上官能團的修飾,使用快捷鍵能使添加官能團更加方便,如將滑鼠置於待添加處按O即可添加氧或羥基;
4.使用「Acyclic Chain」工具畫出下一段碳鏈,與「Snaking Chain」不同的是,該工具只能畫出波浪形的碳鏈;
5.修飾碳鏈;
6.重複以上過程,完成分子的基本結構;
7.添加楔形鍵,其中,添加實楔形鍵的快捷鍵為w,添加虛楔形鍵的快捷鍵為h。
至此,海葵毒素的分子結構已全部繪製完成。
通過這兩個繪圖實例的展示,我們可以直觀的看到靈活運用ChemDraw的各種繪圖工具及快捷鍵為繪圖過程帶來的便利。
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