站在信息與能量的交叉路口

導讀:物理學說,世界的本質是物質、能量與信息之間的關係,生命也莫不如此。在生命的信息與能量代謝中,磷酸基團這個神奇的分子佔據著中心的位置——它是生命中信息傳遞的信號分子,也是生命的能量貨幣——ATP的執行者,更加重要的是,正是它與核苷的結合,形成高能三磷酸核苷,才使RNA與DNA長鏈的合成成為可能。

正文:

已故的諾貝爾生理醫學獎(1974年)得主克里斯蒂安.德迪夫曾經說過,稀有的磷酸鹽分子在生物學中起到中心作用。這句話著實有些匪夷所思。我們知道,磷元素在人體中所有元素中僅占約 1.4%,排在所有元素中的第五位;在生命活動的具體執行者——蛋白質身上,也幾乎看不到它的身影。為什麼克里斯蒂安.德迪夫認為磷酸鹽分子才是生物學的中心呢?

要講明白這個故事,可能要貫穿整個生命史。要知道,你能看到五彩的世界,聞到肉香花香,是拜它所賜;你能奔跑跳躍,也是拜它所賜。那就讓我們從人類心靈的窗口——眼睛,來慢慢說起吧。

一、五感之靈

第一次見到視錐細胞與視桿細胞的圖片,差點以為見到了外星人:跟常見的圓滾滾的細胞不同,它們極其細長,細胞核突兀的鼓在中間,前端是感光的細胞器。視錐細胞和視桿細胞都屬於感光細胞,光線通過晶狀體彙集到眼球後端的這些感光細胞上,再通過神經傳遞給大腦,我們就看到了圖像。

但是,你知道感光細胞用來捕獲光子的東西是什麼嗎?

沒錯,它們叫做視蛋白。目前認為一共有五類視蛋白與視覺有關,具體對於人類而已,主要是叫做視紫紅質的一種蛋白。這些視蛋白存在於細胞膜上,在捕獲光子前後會發生可逆的反應,從而將視覺信號傳導下去。

視紫紅質屬於一個巨大的蛋白家族——G蛋白偶聯受體家族,這個家族的具體大小尚未知曉,但是依據DNA序列的相似性,人們預測人類基因組中約有800個基因會編碼這個家族的成員,這佔了基因組中編碼序列的4%。

這一家族如此的繁榮昌盛也側面反映出G蛋白偶聯受體的重要作用——它們是真核細胞膜上的感應器。G蛋白偶聯受體目前一共被分為六大類,可以和各種各樣的分子相結合,包括氣味分子、激素、神經遞質,甚至光子,然後通過一系列複雜的信號通路,將這些信息告知我們的身體。

從這個意義上來講,我們能看到美麗的風景、嘗到香甜的巧克力、美味的烤牛排、聞到芬芳的花香,全都要拜各類G蛋白偶聯受體所賜。G蛋白偶聯受體與G蛋白的組合是我們能感知這個世界的分子基礎,它們共同掌管著我們的五感,是我們的五感之靈。

二、0 與 1 的二進位

聰明的你一定能從G蛋白偶聯受體這個名字中察覺到:一定還有一種蛋白叫G蛋白。

是的,G蛋白偶聯受體與G蛋白是相伴相生的一套體系,G蛋白偶聯受體接收到外界信號後,會導致與它相連的G蛋白α結構域中的三磷酸鳥苷(GTP)發生脫磷酸作用變成二磷酸鳥苷(GDP)。這一過程是可逆的,例如視紫紅質在一次傳遞後的「休息期」大概有45分鐘,然後就又加上了彈藥(磷酸基團)。

這就像是一套簡單的0/1信號系統,紅燈停,綠燈行,利用鳥苷連接的磷酸基團的數量來表示不同的狀態,從而影響其下游信號通路(一般是第二信使起作用)的開閉狀態。

實際上,0/1這種信號系統是如此的簡單有效,在細胞內的很多信號傳導過程中都起著重要作用。

在非小細胞肺癌研究中的明星蛋白分子EGFR(表皮生長因子受體),其下游通路也是通過轉移磷酸基團來實現的。顧名思義,表皮生長因子受體(EGFR)這種跨膜蛋白的功能是接受外界表皮生長因子的調控,通過它,細胞可以根據外界信號來決定是否要生長增殖。

但在有些情況下,例如EGFR基因發生了突變,從而使其內部的結構域處於常開狀態,這樣細胞就不受限制的增殖起來,從而導致了癌症的發生。有意思的是,磷酸基團(P)在EGFR上面是通過是否與酪氨酸激酶結構域結合來控制開關的,而在其下游的RAS基因處,卻是通過GDP/GTP的轉換來實現的。但是無論如何,通過一個傳一個的轉移磷酸基團這個高能小分子,一個一個的改變不同大分子的開關狀態(1/0),細胞內部完成了信號的傳遞工作。

三、生命原力

如果說GTP是生命領域的明星的話,那麼它的哥哥——ATP(三磷酸腺苷)可以算得上是巨星了。在生命中,ATP是比GTP更重要、更無處不在的分子,它是生命的基本能量貨幣。在生命中幾乎任何需要能量的場合,都是ATP在進行能量轉移的功能,被生命所攝入的任何形式的能量——脂肪、糖類等等,都要先通過呼吸作用轉換為ATP才能用於後續的代謝之中。

我們常說生命密碼可以用ATCG四個字母表示。實際上,DNA/RNA這四個字母裡面的A與ATP/ADP里的A是同一種東西,G與GTP/GDP里的G也是同一種東西。因此,對於T和C來說,也存在TDP/TTP和CDP/CTP的轉換。但這兩個嘧啶並沒有那兩個嘌呤在生命中的應用那麼廣泛。

嘌呤和嘧啶並不能連接成DNA或者RNA長鏈,它們還需要連上五碳糖形成脫氧核糖核苷(對於RNA來說是核糖核苷),然後五碳糖之間還需要通過磷酸鍵以形成DNA/RNA長鏈——這個過程也需要脫磷酸作用,沒有高能磷酸鍵提供的能量,是沒有辦法形成長鏈的DNA或者RNA的

實際上,ATP分子自己就能進行聚合反應,多個ATP分子發生聚合反應,可以形成ATP-AMP-AMP-AMP...的長鏈,眼尖的你肯定已經察覺到了:這就是真核mRNA頭部的poly-A結構。ATP既可以作為基本能量貨幣,又是生命密碼的關鍵字母,這似乎暗示著生命起源中能量與信息的同源性,在蛋白質出現之前很久,在DNA甚至RNA出現之前很久、ATP/ADP這樣的分子系統就站在了能量與信息起源的共同起點

「 沒有能量供應和有效的利用能量的途徑,原始代謝就不可能進行 」n——克里斯蒂安.德迪夫n

在星球大戰系列電影中,「May the force be with you」(願原力與你同在)的原力,被解釋為「迷地原蟲(midichlorians)」,明眼人一看就知道這是暗指真核生命的能量工廠,即生產ATP的地方——線粒體。然而,並不是所有生命都有線粒體——細菌就沒有。

這樣想來,將ATP稱為生命原力,甚至將這個實際供能,並傳導信號的磷酸基團稱之為生命原力,也許更加合適。


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