一條序列測兩遍的方法：O2n-seq

去年有幸看到基因組所王開樂師兄的博士畢業論文，這個工作在最近一期的Nature Communication上面在線發表了，特來介紹一下。

由於illumina測序使用的酶是Bst聚合酶，其測序錯誤率相對比較高，所以二代測序的錯誤率一般在千分之一量級水平。這對於一般的二代測序應用沒有什麼影響，但是如果是對於研究腫瘤組織中頻率很小的稀有突變而言（比如小於0.1%）就是一個大問題，所以一直以來就有好多方法來致力於解決二代測序錯誤率較高的問題。在眾多的方法中，n O2n-seq無疑是很巧妙的一個，因為這個方法機智的實現了單個序列串聯成雙的目標（圖1b），具體看原理：首先就是和正常的二代測序建庫流程一樣的連接Y形adapter，只不過這裡引入了一個尿嘧啶（U）；然後DNA高溫變性後單鏈環化並用特定引物合成第二鏈；隨後用識別尿嘧啶（U）的USERn n酶來製造一個單鏈缺口，之後利用phi29酶來完成雙鏈的置換，產生一個DNA序列的串聯二倍擴增；最後再來一次二代測序文庫構建的流程後上機測序及分析。

圖1來源：[1]

理論上當擁有兩個串聯在一塊相同的序列時，千分之一的測序錯誤率就可以被降低到百萬分之一的水平，最終的測試結果顯示效果也不錯（圖2）。

不用說，O2n-seq的亮點就是尿嘧啶（U）的妙用，默默的收下。

參考文獻：

1. Wang K, Lai S, Yang X, etn al. Ultrasensitive and high-efficiency screen of de novo low-frequency nmutations by o2n-seq[J]. Nature communications, 2017, 8: 15335.

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