生信分析人員如何系統入門perl

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資源
- 兩個半小時入門指導：Perl 中文：兩個半小時的 Perl 之旅 - 開源中國社區
- 21天學完：http://ft-sipil.unila.ac.id/dbooks/(ebook%20pdf)%20Teach%20Yourself%20Perl%20in%2021%20Days.pdf
- 還有大小駱駝書，建議都看完，以囫圇吞棗的方式閱讀，只看基礎知識來入門，難點全部跳過。
- 官網：The Perl Programming Language
- 函數如何用，都可以在perl - perldoc.perl.org 查到
- 論壇：The Monastery Gates
三種變數
- $ 表示單個變數用單雙引號區別，q(),qq()
- @ 表示多個變數組成的數組，qw()
- % 表示關係型變數-hash
- 變數不嚴格區分類型，沒有int/float/double/char這樣的概念
操作
- # Numerical operators: <, >, <=, >=, ==, !=, <=>, +, *
- # String operators: lt, gt, le, ge, eq, ne, cmp, ., x
- 數組操作(pop/push/shift/unshift/splice/map/grep/join/split/sort/reverse)
- hash操作方式(keys,values,each,delete,exists)
- 變數內容交換，字元型轉為數值型，字元串轉為字元數組，字元串變數，heredoc，字元串分割，字元串截取，
- 隨機數生成，取整，各種概率分布數，多維矩陣如何操作，進位轉換
- hash翻轉，數組轉hash
上下文環境
- 這個比較複雜： Context tutorial
- 就是需要理解你寫的程序是如何判斷你的變數的，你以為的不一定是你以為的
正則表達式
- 這也是一個非常重要的一塊內容，基礎用法就是m和s，一個匹配，一個替換，比較有趣的就是$1,$2等等捕獲變數。
- (=~ s{^https?://}{} =~ m{///})
內建變數帳號登錄
控制語句(循環/條件/判斷)
- if ... elsif ... else ...
- unless/while/next/last/for/foreach
讀寫文件，腳本實戰！
- while(<>){
- #do something !
- }
- 這是我最喜歡的一個程序模板，讀取文件，根據需要處理文件，然後輸出。
- 需要實現非常多的功能，然後就可以自己總結腳本技巧，也能完全掌握perl的各種語法。
- 在生物信息學領域，需要實現的功能有！
perl 單行命令
- 我個人特別喜歡這個知識點，我也專門下載過一本書來學習，把這個教程看完就基本上能全明白：Perl One-Liners Explained, Part I: File Spacing
- 學習單行命令的前提是掌握非常多的奇奇怪怪的perl自定義變數，和perl的基礎語法，用熟練了之後就非常方便，很多生物信息學數據處理過程我現在基本不寫腳本，都是直接寫一行命令，完全代替了shell腳本裡面的awk、sed/grep系列命令。
- (-p -a -n -a -l -i -F -M)
預定義函數
- perl 是一個非常精簡的語言，自定義的函數非常少，連min max這樣常見的函數都沒有，如果你需要使用這樣的功能，要麼自己寫一個函數，要麼使用加強版的包，perl的包非常多。
- 下面列出一些，我常用的包
- 程序必備 use/die/warn/print/open/close/<>/
- 數學函數sin/cos/log/abs/rand/srand/sqrt
- 字元串函數 uc/lc/scaler/index/rindex/length/pos/substr/sprintf/chop/chomp/hex/int/oct/ord/chr/unpack/unencode
- defined/undef
系統操作相關
- perl語言是跨平台的，因為它的執行靠的是perl解釋器，而perl的解釋器可以安裝在任何機器上面。所以可以用perl來代替很多系統管理工作。
- 系統命令調用
- 文件句柄操作(STDIN,STDOUT,STDERR,ARGV,DATA,)
- 系統文件管理(mkdir/chdir/opendir/closedir/readdir/telldir/rmdir/)
一些高級技巧
- 自定義函數 sub , 參數傳遞，數組傳遞，返回值
- 模塊操作(模塊安裝，載入，模塊路徑，模塊函數引用)
- 引用（變數的變數）
- 選擇一個好的編輯器-編譯器,editplus,notepad++,jEdit，編程習慣的養成。
- 搞清楚perl版本的問題，還有程序編碼的問題，中文顯示的問題
- 程序調試
perl常見模塊學習
- perl和LWP/HTML做網路爬蟲必備，重點是DOM如何解析
- perl和CGI編程，做網站的神器，重點是html基礎知識
- DBI相關資料庫，用perl來操作mysql等，當然，重點是mysql知識
- XML/pdf/excel/Json 相關的模塊可以用來讀取非文本格式數據，或者輸出格式化報告。
- socket通信相關，高手甚至可以寫出一個QQ的模仿版本
- 最後不得不提的就是Bioperl了，雖然我從來沒有用過，但是它的確對初學者非常有用，大多數人不提倡重複造輪子，但我個人覺得，對初學者來說，重複造輪子是一個非常好的學習方式。大家可以仿造bioperl裡面的各個功能，用自己的腳本來實現！
如果你感覺學的差不多了，就可以下載一些複習資料，查漏補缺:http://michaelgoerz.net/refcards/perl_refcard.pdfhttps://rc.hms.harvard.edu/training/perl/Perl%20Cheat%20Sheet.pdfPerl Reference Card Cheat Sheethttp://www.catonmat.net/download/perl.predefined.variables.pdfhttp://www.erudil.com/preqr.pdfRegular expressions in Perlhttps://support.sas.com/rnd/base/datastep/perl_regexp/regexp-tip-sheet.pdf