關於染色體構象捕獲技術原理？

01-30

對於3C 技術中無法理解為什麼用到PCR，這裡PCR擴增的是什麼？如何理解PCR在這裡的運用？

實際操作中，交聯和連接效率都很低，投入上千萬的細胞也只能抓到一點點DNA，不足以直接分析，材料成本也不允許，要靠PCR擴增一下信號。

另外在一些應用中會涉及到環狀DNA，需要PCR轉成線性的方便測序。

但是PCR也會放大信號噪音，所以PCR的循環數是要優化一下的

很多測序技術都要依賴於PCR來放大信號，不然起始DNA含量太低搞不了。說簡單點，比如要把1，20，300這樣的信號，放大成100，2000，30000這樣的信號，要不然那個1很可能就會在測序的時候被漏掉。但不至於要投入千萬細胞那麼多，我們用的Hi-C只要1M細胞就夠，而3C遲早會進入單細胞水平。

而且3C是1-to-1嘛～所以至少得用PCR，根據已知的bait sequence設計引物，把未知的要capture的給P出來測序。要不然還都是混在一起的，就變Hi-C了。（然而Hi-C包括其他C也得PCR，不然起始材料不夠）

第三就是 @Serena Yu 說的，構型問題。crosslink、ligate和reverse crosslink後的DNA是環狀的，不能直接測序（除非用其他線性化方法比如超聲）。

PCR擴增的是抓下來的有相互作用的序列，有公共接頭的話可以作為建庫的一步。這一步擴增是個倍增放大器，要把信號放大到測序可以測出來的地步。同時，放大的保真性要求很高，普通Taq酶是不推薦的。不過，本身PCR就可以玩出花來，你也可以針對感興趣的方向玩一玩技術。

祝開心。

我認真讀了幾次問題的描述，還是看不懂你想問什麼。3C不用PCR檢測用什麼？兩個ligate到一起的target sequence自己發光嗎？那你可以用FISH或者嘗試用兩種依賴不同PAM的cas9熒游標記兩處DNA序列實時定位interaction變化（我就是說說，這想法坑我了幾個月:p)