如果思想不是由分子組成的，那麼由分子組成的大腦是如何產生思想的呢？
因為大腦有突生性。
more is different.一個分子是分子，但是成百上千的分子組成的結構並不是簡簡單單的相加。就像原子可以組成氨基酸分子，氨基酸分子可以組成蛋白質……無數的分子為什麼不能組成有思想的人類呢？
思想是一種抽象的概念，用具象的分子來比較，會產生迷惑。
音樂不是由紙張、油墨組成，但是可以寫樂譜組成音樂，可以被彈奏出來。一個是承載物，一個是信息。信息也可以不寫在紙上呀。看電腦也行。
思想也不一定非要大腦、分子來承載呀，可以用電磁波。
認為「大腦產生思想」的行為，可以在分子層面進行研究，是一種「還原主義」。而像大腦這樣的複雜系統，是具有「湧現性」的，它可以湧現（emergent）出其基本組成所不具備的宏觀性質，這方面典型的就是一些群體智能的例子，比如蟻群。所以「還原論」在這裡並不是很好的研究方法，與之相反的，「整體論」認為一個系統的各部分為一有機整體，不能割裂或分開來理解，應當是更符合這個問題的方法。
大腦所組成的結構形成了思想
意識是什麼？這個問題可以說討論了幾十年了，到現在依然沒有定論。恕答主妄言，意識真的沒有那麼複雜。眾所周知，意識這個東西和大腦是強關聯的。你可以說一個沒有身體的人是人，但不能說一個沒有頭的人是人。（刑天泥奏凱！）意識亦如此。既然是強關聯，那麼我們可以分析其中的關聯點在哪裡，並藉此分析意識是個什麼東西。人的大腦是由無數神經元組成，神經元之間使用神經突出連接，傳遞由電信號處理。那麼，我們需要知道的是，電信號的傳遞路徑是怎麼確定的，其中有什麼規則？我們先說一個簡單的例子吧:一隻蜜蜂朝你飛過來，你躲開。不說蜜蜂怎麼飛，為什麼飛過來。我們只說我們自己。我們使用眼鏡發現蜜蜂在自己前方，經過視神經反饋到大腦中，並持續觀察蜜蜂的飛行路徑。等到大腦意識到蜜蜂朝自己飛過來時，我們大腦發出命令「躲開」，控制身體及腿部的肌肉規避蜜蜂的行進路線，並成功躲開它（假設成功了）。整個過程中，眼鏡是感測器，負責輸入數據。肌肉是反饋器（姑且這麼叫），負責輸出數據，大腦是存儲、分析、控制器，負責預測事件、指示反饋行為，並記錄整個事件。對於大腦而言，首先，它明顯存儲了看到的畫面，並分析畫面中所有物體，得到一個抽象的模型。其次，大腦根據不停傳來的圖片分析得出威脅物將會撞上自己，並提取了以往針對物體飛來的經驗，在最後發出規避指令給肌肉。作為數據而言，其格式、內容不斷轉換，最終從輸入變成輸出。是不是和編程挺像的？ 按照計算機執行程序的流程，鍵盤相當於眼鏡，大腦相當於硬碟、內存、cpu，肌肉相當於顯示器。數據使用主機中的部件，由特定的演算法處理，最後發給顯示器顯示。對比計算機，我們的大腦集成了硬碟內存cpu這些硬體，並運行著特定程序來處理事物。只不過一個是不變的，一個是不斷變化的。當然，這屬於學習範疇。那麼扯這麼多，跟意識有半毛錢關係沒？有！我們總說「意識控制著我們的行為」，如果說行為跟意識沒關係，那麼意識就不再是我們口中的意識了。類比計算機，如果拋棄鍵盤，數據流將不存在，其演算法也沒有意義。如果拋棄主機內各硬體，那麼數據將無法處理。如果拋棄顯示器，那麼處理後的數據也沒有意義。意識控制的行為永遠離不開感測器與反饋器，更離不開處理器、存儲器及演算法。我們換個角度看這個問題。如果把感測器與反饋器換了，那麼我們依然會執行以往的命令。如果把處理器和存儲器換了，我們仍然能夠處理，只不過效率不一致。如果把演算法換了，完了，這次撞上了。那麼我們可不可以說，意識就是演算法？上面說過，沒有數據的演算法毫無意義，演算法永遠和數據綁定在一起。那結果顯而易見了。量化過的意識，是演算法和數據的結合體。
看到了兩個相似的問題，就順便複製過來答案。
能量=意識=物質。
意識單位以粒子和波的方式運作。
粒子主要貫注於物質世界，波主要活動於精神世界。人的思考能力是兩者的結合。世界源自夢境。
夢境與客觀行為共同形成實質經驗。夢境提供了所有意識的內在通訊網。意識進入具有時間空間的物質世界以後，
也就是說，有了先後順序以後，可以說「思想產生了物質」。生命之源/一切萬有 的意圖就是去歡喜地創造（而非出自責任感），
對最微小的可能意識的凸顯給予摯愛的護持和鼓勵。所有能量的目的是價值完成——實現所有潛能。如果融化不是由H2O組成，那麼由H2O組成的冰如何發生融化這過程？媽呀，突然發現偷歡概念的玩法還挺有詩意。如果你不曾出現，我何苦闖進人間？騙無知青年技能+1。多謝題主。********************翻了翻幾個答案，居然扯到了哲學上。如果解決這種問題的方法也能叫哲學，那這大類哲學解決問題的效率也太低了。其實這問題就是一病句導致的（語言對思維的局限）。哪怕用語言局限思維，這問題說破了天也就是試圖用一個式子解決不同維度的概念時產生的bug而已。分子和大腦都是三維概念。也就是說兩者都只有體積， 長寬高，沒了。而思想是一個時間上的一維概念，他沒有體積，只存在於時間這一維度（其實是四維，懶得多打字就簡化了）。當你想把三維的東西與新維度上的東西聯繫起來的話就要把新維度的概念用上。大腦產生思維這句話就沒大問題，因為產生是一個包含時間和三維的概念，可以將三維概念升級到四維（產生表示一個過程，過程需要時間）。可一般意義上組成是個純三維概念，一般不用於四維。文藝創作除外，有些文藝青年基本全靠玩這類文字遊戲騙小孩子。題主要是女孩子可要注意了。大老爺們兒的話，可以試試撩個妹什麼的。最後一句話，這問題就好像再問為什麼向西望看不到北極星一樣癥結明顯（南北和東西不是一個維度，聯想二維平面）。注:這裡把第四維度定義成時間僅僅因為解決問題方便，與物理無關。我不是民科。
氫離子和氧離子的屬性，讓他們結合成了H2O。結合後的H2O是氫離子和氧離子的一個運動平衡系統。這個平衡方式，表現出來，給你看到的就是水這種狀態。
蛋白質分子們通過組合構成了神經細胞，神經細胞們的系統運動，表現出來就是思維。
就如同冷和熱，不是分子的，是分子們的運動，表現出來就是熱。分子激烈運動溫度就高，分子不激烈運動就是冷。
思維也是如此，既腦細胞們的集體運動，表現給你就是思維。按中國傳統學說，講究「天人合一」，意識和物質，歸根結底就是同一種東西，為什麼要區分來看？
軟體不是由分子組成的，分子組成的計算機為啥能運行軟體呢？
懶得寫，反正也沒幾個人看見...
這不是哲學問題，是科學問題...
詳見：
屏幕上的字是由像素點組成的，但是字的意義不是。
意識是大腦內的各種細胞所組成的獨特結構和運作產生的而細胞是各種分子構成的。
這樣問你：
我現在用的程序不是由cpu，硬碟等等電腦硬體組成的，那麼由硬體組成的電腦怎麼運行程序的呢？
這麼理解：身心一元化（不是論）就可以了。
思想這個東西嘛，我的態度是介於一元論和二元論之間的。
首先思想這個詞本身是人為定義的，那麼這個定義是什麼呢？思考一件事，就是一種電信號運算的進程。（是個過程，不是狀態）這種進程，使我們能夠產生『判斷』這一行為，但是這不夠，細菌也可以判斷是否應該生成芽孢。但人有何不同呢？
1. 這種判斷力對複雜事件仍然起效2. 分析，與記憶關聯， 同時受已有大腦迴路影響。同時有能力思考這種選擇的原因（有時候是直覺）和預測影響。3. 分析這種分析本身，即能夠分析自己的思考過程，就是意識到自己正在思考。4. 根據經歷的思考和行為導致的結果反饋於記憶和大腦迴路的改變。5.這種過程可以由但不局限於由外界刺激觸發。即可以由上一次思考觸發。以上所有微觀過程都有隨機性。神經元反應速度，分子相互作用（神經遞質，氧氣，ATP，等的擴散以及某些化學反應元過程），突觸生成都有一定隨機性，即同一個人，平行的情況下經歷同樣一個刺激結果可能不同。在一個給定的時間t0下，在一個刺激事件Si下，一次思維M與大腦分子狀態有關，即分子排列和能量狀態A決定了記憶和迴路，A由之前此人經歷的所有思想決定, 即A(∑Mi)。存在映射M(A(∑Mi), Si)。同時有M有概率性, 這個概率分布取決於A，t, 即實際上是 M(A, Si, ψ(A，t))；A(∑Mi)。
之所以說含二元論成分，是因為受那個ψ影響，並且是很多很多次，基本上不可能一樣。這個概率分布的疊加本身，也許是靈魂所在吧。而心，其實是物的。
中二病哇咔咔，輕噴哦(′-ω-`)，，，，，下手一定要輕，不然本萌可是會被嚇哭的哦|?ω?｀)More is different.
分子沒有大腦，只有單純的化學反應。個人夢測。
Anderson PW的More is different。
粒子物理——凝聚態物理——化學——腦科學——心理學——各種社會學
這個理論可以從右往左還原，卻不能簡單的從左往右構建。往上構建的同時需要很多其他的規律。正如標題所說，多了就是不一樣，現實系統從來不是簡單的集合。
你忘了電子了。大腦就是主存而已。思想就是電信號。一旦調電，啥都沒了
信息≠信息的載體。但，信息的表達依賴於信息的載體。
思想就像程序，由「有」與「無」，「是」與「非」等0和1所組成。分子的變化形成了01序列。
人類是可以自我編程的生命形式。
未來機器人一旦可以自我編程，它們就具備了思想。
我們是創造了機器人的上帝，而上帝創造了我們，嗯，就是這樣。如果數據不是由分子組成的，那麼由分子組成的硬碟是如何儲存數據的？以分子組成的CPU又是如何分析數據的？不對，這個不好。應該是：如果電磁波不是由分子組成的，那麼由分子組成的萬物是如何產生電磁波的？對了還有，如果引力場不是由分子組成的，那麼由分子組成的萬物是如何產生引力場的？
類比一下嘛。
假如一塊空白硬碟是由10^25個分子構成。我現在往裡存了1TB的數據。分子數量還是10^25個。既然分子數量沒有增多，硬碟是怎麼憑空存儲數據的呢？大腦表示強烈譴責。
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