2018開年第1課——轉錄組分析進階課程

Hello大家好！我是孟浩巍，一名生信專業的搬磚工！

從2017年6月起，我們成功舉辦了數次生物信息學基礎入門Live，基本涵蓋了生信入門的框架路線，RNA-Seq分析，ChIP-Seq分析，R語言入門，Python語言入門等內容。總得來說，我們的知乎Live性價比還算可以，也得到了各位老鐵的支持與厚愛，目前為止全部的知乎Live為全好評。

那麼在做了入門課程以後，我一直在思索一個問題：怎麼樣才能進一步提高我們自己的生信知識水平呢？經過和朋友們一段時間的討論與交流，我們覺得接下來的學習路線應該分成3個階段。

• 第1階段，進行進階課程的學習。在入門的時候，有很多細節我們都忽略不講，當時的想法是，入門的時候應該抓主幹而非細節。而現在，有了一定的學習基礎，我們就應該去了解其中的細節內容，去學習之前我們忽略但是又很重要的細節概念。
• 第2階段，進行廣泛的論文閱讀與實踐。 我們在有了技能以後，一定要能夠應用技能，而應用技能最好的標尺就是帶著大家去重複CNS經典論文的主要結論。所以，在完成進階分析2到3次課程以後，我們會著手重複做各個領域有代表性的若干篇生信+測序背景的文獻。
• 第3階段，在自己的學習工作崗位挑大樑！吾生也有涯，而知也無涯，入門的學習不可能無止境的進行下去，有了上面的基礎，我相信各位已經能夠在自己的實驗室handle好生信分析這一項工作，可以去解決真正面臨的問題。也許我們還有很多知識沒有搞定，也許是線性代數，也許是概率論，也許是統計分析，也許是機器學習等等等，但是，不要慌！要去做項目，從實踐里出真知，培養自己的思維，培養自己的能力，我相信我們都會有做成一些事情。

按照我們的設計，本次課程是針對轉錄組分析進行的進階課程。在本次Live中，我們不僅進行了理論講解，還會帶著大家使用R語言把裡面關鍵的步驟一一實現。會涉及到的R包包括：

library(magrittr)nlibrary(DESeq2)nlibrary(edgeR)nlibrary(RUVSeq)nlibrary(clusterProfiler)nlibrary(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)nlibrary(org.Hs.eg.db)n... ... n

不過，有一點需要提醒大家！這是進階課程！！！這是進階課程！！！這是進階課程！！！需要有一定的基礎再來聽，我建議大家在聽之前，一定要具備下面的知識：

1. Illumina測序的基礎原理；n2. RNA-Seq的分析基礎流程（tophat2 + cuffdiff ）；n3. 或多或少對轉錄組分析了解一些策略性的內容；n

如果沒有的話，我強烈推薦老鐵去聽一下我之前的知乎Live：

孟浩巍-知乎Live-如何快速入門生物信息學

? RNA的種類與含量比例n? RNA-Seq建庫的兩種策略n? 分鏈與不分鏈的建庫方法n? Hisat2，STAR，Tophat2的比對策略與選擇n? hg19與hg38參考基因組的差異n? RPKM，FPKM，TPM與RSEMn? 基於FPKM的差異表達分析流程與矯正n? 基於Raw Count的差異表達分析流程與矯正n? 使用R語言搭建基於Raw Count的差異表達分析流程n

2018年1月29日，我們不見不散！

報名地址：孟浩巍-知乎Live-轉錄組分析進階課程

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