初中級

生物學方面

n

• 系統生物學方面，對於物種演化等有深入的理解；
• 對於組學，比如基因組、蛋白組、代謝組、表達譜等等的理解；
• 對於線性代數、生物統計等的深入學習；
• 對於蛋白質的二級、三級結構，核酸的結構、物理化學性質進行深入的學習；
• 專業英文的學習，多看外文資料。

生物信息學

n

• 學習一些演算法，Blast、Cluster等比對如何實現的；
• Blast的本地化，可以進行庫對庫的比對，並可以對結果進行處理；
• 了解常用的軟體，並能根據操作手冊進行安裝使用，並能說明你為什麼要用這個軟體；
• 了解NCBI上的各個資料庫，會使用BLAST的高級功能，會使用seqin提交數據；
• 會使用bioperl，進行數據格式的轉變等；

高級

• 開發的平台，使用的用戶節節攀升，但是系統的性能沒有降；
• 發明的演算法以你的名字命名，得到了廣泛的應用；
• 因為你開發的工具，使得分析效率得到顯著的成功；
• 你可以影響到學科的發展方向。

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其實做生物信息的人並不是都在自己寫軟體，只有少部分研究模型演算法的人才需要自己寫軟體。大部分只是用現有的軟體（比如上頭列的這些）利用好手頭的數據，解決想要解決的生物學問題，編好故事，發文章。常用的腳本語言如perl，python只是為了方便處理數據，將各個軟體各種分析的結果串起來。或者進行一些簡單的數據整合、批量化計算，這頂多算個腳本，還不是自己寫的軟體。除了研究模型演算法的人，生物信息還是注重對於生物學問題的理解，理解清楚了數據不是問題，軟體也不是問題。

學n習使用新軟體時，先粗略地把Manual、Readme、軟體涉及的文章（包括附件里的內容，往往會提供可用的細節）都過一遍，然後使用樣例數據跑跑看。n遇到問題不要慌張，善用搜索工具進行檢索（英文），你能遇到的大部分別人都遇到過，看看別人的求助貼和討論內容一般都能解決問題。

搜索解決不了問題還可以考慮給作者寫郵件，注意清晰描述遇到的情況（描述問題本身就是理清思路的過程），寫郵件或者發帖問問題盡量具體、明確一點，同時注意提問的條理和內容的可讀性。

作者：王理中 鏈接：生物信息學一些基本的常用軟體有哪些？ - 知乎
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