日語的5個不規則動詞有什麼深刻含義嗎？
する，來る，ある，死ぬ，外加一個連用形音變特殊的行く。
是有什麼深刻含義，還是僅僅幾個高頻動詞的偶然現象？
する來自古典日語中的サ行變格活用動詞す的連體形。兩者的主要不同體現在活用上，現代日語中連用形、連體形不變，已然形消失，出現了假定形すれ。由於否定助動詞ず在現代日語中依然存在，未然形保留了せ，同時為了接續否定助動詞ない，新增未然形し，表示推量時用し＋よう的形式。古典語法的命令形せよ保留下來，新增現代口語命令形しろ。現代語法中，在すべきだ的用法上還有一點古典語法的殘留。
ある，源自ラ行變格動詞あり。在古典日語中表示人的存在、生存、居住、繁榮等多種含義，而在現代日語中主要表示非生物的存在與發生。あり還接續在斷定助動詞なり的連用形に＋接續助詞て之後，表示斷定，如「みなし子にてありしを」（平家物語）。現代日語中，終止形演變為ある，已然形消失，出現假定形，原未然形あら＋ば的假定表現演變為あれ＋ば。
題主問的是兩個問題，首先是する，來る，ある，死ぬ的變形問題
然後是行く的音便問題。深刻含義不知道，應該說是沒有，但是也不是偶然現象，其背後有發展的過程。行く好說，這裡是音便的問題。所謂音便，就是便於發音(講話漏風)。本來的行く有「yuku」「iku」兩種的(而且前者運用比較多)，按照音便規則變成「yuite」「iite」。前者是實際存在的，後者因為不利於發音所以變成了促音便。
前四個動詞分別曾經是：サ変、カ変、ラ変、な変動詞，到了近代才由橋本文法重新整理，其中一些成了四段，但是活用依舊是存在一些沿用的。
明顯的是ある（あり）する（す）這倆。
例子：
異議あり 這裡的あり是終止形，古語殘留す→せざるをえない 這裡的se是古語中サ変未然形感ずる→感ぜられる 這是因為原型是「kanzu」，依舊サ変未然形(值得注意的是古日語的六個基本型和現代日語不同，古日語是「未用終體已命」，現代日語是「未用終體假用」，直接對比活用表的話需要注意一下這裡的錯位。)
提到方言那個答主很有意思，我原來覺得過去推量助動詞けむ會不會是現在九州地區的方言里けん的來源？不過沒有詳細研究，只是亂猜。
道理是這麼個道理，不過還是覺得……so?
於是我又查了一下，覺得這個答案不錯，解釋了這些詞為什麼變成了現在的樣子。
なぜ五段活用以外の動詞が存在するのか。懂日語的自己看吧，我大概總結一下。一、子音動詞與母音動詞
這是和我們學習的學校文法不同的一種語法中的分類(該語法中不是分五段一段而是母音子音)，但是有語言學意義和對外語言教學意義。
特點在於，該語法認為動詞詞尾為「u」只能是「ru」，因此読む yomu→詞幹「yom」+詞尾「u」→詞幹為子音「m」結尾→子音動詞食べる taberu→詞幹「tabe」+詞尾「ru」→詞幹為母音「e」結尾→母音動詞二、不同的變形
為了便於發音，子音動詞不能直接詞幹加東西，所以變形；同理反推，母音動詞則可以直接加。這兩種動詞就對應了學校文法的「五段」「一段」動詞。
三、特例與規則化
最初的語言沒這些規則，只是習慣化，所以存在很多特例。sakanara 變就是例子。
但是在語言發展的過程中人們會傾向於「規則化」語言，以便於對形式類推。這就是為什麼na變和ra變都在歷史演變中整合進了五段（二戰前的四段）動詞中。
其實，我們自己也在親身經歷這種語言的演變，最常說的「ら抜き言葉」其實就是一種規則化，方便動詞的可能性變形。
題主想想，過幾十年當主流一段詞「ら抜き言葉」普及以後，或許就會有人問「為什麼有一些一段動詞的可能型和五段動詞的不一樣呢？」，或許就能夠明白現在的問題了。（強行深刻含義）謝邀
但古典語法由於我從未系統接觸過，幾乎為零，手邊關於古典語法的資料也很少。所以僅藉此機會調查一下。在此謹把調查過程中發現的一些比較有意思的材料，提供給題主參考。目前找到的資料可能主要都是關於活用的歷史變化，與單詞由來無太大關係。導致結論無法給出，抱歉。
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下面這些可以一看，挺有意思的。
「動詞活用の歴史的変化」http://skinsui.cocolog-nifty.com/linguistics/files/sasayama-katuyo2012.pdfインターネット古文講座
http://people.ucalgary.ca/~xyang/kobun/2-3-4.htm動詞の四段活用が五段活用に変化した過程
「活用」大西拓一郎
http://www2.ninjal.ac.jp/takoni/DGG/10_katsuyoo_A.pdf
「中央語における動詞活用の歴史」
http://hougen.sakura.ne.jp/shuppan/2014/04_020.pdf
謝邀
這個問題很多人恐怕都沒有明白題主到底在問什麼鬼。這裡關注一個名詞：變格活用変格活用（へんかくかつよう）
日本語の動詞の活用のうち、語數が少なく、規則的な変化をしないものをまとめたもの。口語にはカ行変格活用、サ行変格活用がある。
文語にはカ行変格活用、サ行変格活用、ナ行変格活用、ラ行変格活用がある。
來源：変格活用 - ウィクショナリー日本語版
答主問的四個詞，便是古語中的四種變格活用：カ行（來(く)）
サ行（す?おはす）ナ行（死ぬ?去(い)ぬ）ラ行（あり?居(を)り?はべり?いまそかり）
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首先！我非常不喜歡這種狗屁定義！什麼叫【變格】？上方已經給出了明確的定義。但是我依舊不滿意！
變化不規則是相對於誰而言的？怎麼樣算是規則的變化？因此這種說法實際上是站不住腳的。依我看，【上下一段】在古語中也是奇葩，前者就20隻左右，後者就1隻詞例。反倒【上下二段】在古語中詞例眾多，生機勃勃。然而就是這麼小眾的【上下一段】活用方式，到後期竟然一統江湖，以至於現代日語中【上下二段】從此絕種這不免令人嘆息……更令人感到不可思議的是：下一段動詞唯一一個詞【蹴る】竟然最後成了五段動詞，變成了現代日語中的一個奇葩……因為——【五段、一段、傻傻分不清楚表】里就有它！
帰る かえる
入る いる はいる走る はしる 知る しる切る きる散る ちる要る いる減る へる喋る しゃべる焦る あせる限る かぎる蹴る ける滑る すべる握る にぎる練る ねる 可寫作練る?錬る?煉る參る まいる交じる まじる 可寫作混じる?交じる?雑じる嘲る あざける罵る ののしる覆る くつがえる翻る ひるがえる遮る さえぎる蘇る よみがえる 可寫作蘇る?甦る滅入る めいる捻る ひねる 可寫作捻る?拈る?撚る
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以下三種——四段、上下二段，是古語中最廣泛的三種活用，筆者以為，其餘古文活用，均屬於變格活用。然而因為日後，上下一段活用一統江湖，因而傳統語法認為，在古文中上下一段活用也屬於正格活用。我對古文活用的分類標準只有一個——詞例多寡
「神戸」かむべ→こうべ
上下二段
這個其實大多數和現代文中的一段一致，唯一不同的是【終止】、【連體】和【已然】。只要稍微熟悉一下，就會覺得其實還是很帶感的。終止形的消失
這裡需要引入一個重要知識點（考試會考哦！）——終止形消失說起來又是很悲傷的故事了，明明是這麼有用的終止形，最後竟然……
貴族文化沒落，武士興起，這對日語也產生了重大影響。
【連體形】被更多的用於結句，就是重要的特點之一。也許是因為受到了四段動詞，【連體】和【終止】相同的影響吧，也許是因為【係り結び】對體言結句的要求的影響吧，也許是因為日本人獨有的曖昧在作怪吧，也許是因為想表達對當時的政治所不滿，無奈只有刻意省去容易被當局屏蔽的動詞吧，——就結果而言，更多的人在句末，用上了【連體形】。終於有一天，【終止形】發現，自己不再被人喜歡了，
他們開始討厭自己，嫌棄自己——但即便如此，它依舊相信只要努力，可以讓別人再次喜歡上自己，直到——所有的人都忘記了她的存在，就好像從來不曾存在過一般。人們常說，語言中寄宿這靈，我們叫這種靈為【言霊、ことだま】
當【終止形】這個靈不再被人喜歡，被人記起，即便連憎惡的感情也煙消雲散那麼，這個靈——只能消失了吧……而如今，她的存在，她的歷史，我們只能在古文中窺得。人們總是健忘的，大家似乎不曾意識到她的消失，
如往常一樣使用著日語，甚至指著【連體形】說——你不就是【終止形】嗎。【連體形】露出了悲傷的笑容，回想起那個一直在自己身邊微笑的姐姐——【終止形】「拝啓，天堂的姐姐，我會帶著你的份，堅強地活下去」======================贊的人多就更新======================題主你忘了「問う」這個詞了
suru跟kuru可以看做三段動詞。。。yuku是本來的面貌，iku是高頻使用的結果
拋磚引玉，這麼好的問題為何沒有大佬關注？這幾個動詞確實是有故事的。關係到古典文語四格活用。其中ある的否定原本不是ない，而是あらず（所以關西方言里，存在的肯定否定是「ある」、「あらへん」）。來る、死ぬ也是有故事的。する應該也略有故事（せざるを得ない，只有する是變成せ的）。いく和ゆく之間的變化也很有趣。我古典日語知識半桶水，真的不敢再來晃悠了hhhh
する サ變 文語形す來る カ變 文語形來死ぬ ナ變 文語形死ぬ (題主查查這些文語活用規律就明白了)ある 否定形是あらず，同時文語中同時存在「無し」一詞 現代日語ある的否定形為什麼變成了ない，我也不太清楚 等大神指點……行く 四段 這個變形沒什麼特別的，應該是發音問題吧，い音變就是いいて了
……古日語里這幾個玩意確實是奇葩……
可是現代日語里 死ぬ 行く 和 ある都作為五段動詞本本分分的活著，他們怎麼惹你了嚶嚶嚶。不過說起來，其實還有一個現代日語看起來很奇怪的動詞題主沒提，但是這個動詞放在古典日語里又是個本本分分的動詞。那就是 得（う）る，至少這個比起現代日語里的 死ぬ 奇怪多了不是嗎……推薦閱讀：
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