核酸等溫擴增方法大全
之前在介紹關於C2c2的老故事的時候提到了等溫擴增技術,覺得需要系統的整理整理這方面的知識,所以這次就結合自己有限的見識介紹一下核酸等溫擴增的各種方法。
等溫擴增技術按照擴增目的可以劃分為特異性擴增和非特異性擴增兩類。特異性擴增技術除了我們之前介紹的Recombinase polymerase amplification (RPA,圖1)之外,還有Nucleic acid sequence-based amplification(NASBA,圖2), TMDA(圖3) , Rolling circle amplification(RCA)以及Loop-mediated isothermal amplification(LAMP,圖4).n n其中NASBA和LAMP,尤其是LAMP是可以看一天的。然後就是只有RPA是唯一可以自動完成等溫擴增的,其他的方法都需要藉助DNA退火等必要的初始操作才可以實現等溫擴增。之前C2c2老故事的文獻中比較發現RPA比NASBA擴增效果好。
圖1來源:[1]
圖2來源:[2]圖3來源:[3,4]
圖4來源:[5]非特異性擴增方法就有MDA和LIANTI兩種方法,因為是非特異性,所以主要用來做基因組擴增。MDA也有多個變種,這在單細胞基因組擴增技術大全中已經總結過。
以上就是咱知道的所有等溫擴增的方法,如果各位高手還知道別的新方法煩請留言分享。還是那句話,所有的基本姿勢都有,好的工作需要用好已有的套路。離開了扎紮實實的具體套路的積累和思考,哪裡會有什麼別出新裁的好工作。
參考文獻:
1. Gootenberg J S, Abudayyeh O O, Lee J W, et al. Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2[J]. Science, 2017: eaam9321.
2. Compton J. Nucleic acid sequence-based amplification[J]. Nature, 1991, 350(6313): 91.
3. Lizardi P M. Multiple displacement amplification: U.S. Patent 6,124,120[P]. 2000-9-26.
4. Lizardi P M. Multiple displacement amplification: U.S. Patent 6,280,949[P]. 2001-8-28.
5. Notomi T, Okayama H, nMasubuchi H, et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA[J]. nNucleic acids research, 2000, 28(12): e63-e63.
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