使用Bioconda管理Linux系統中的生物信息軟體

生物信息操作中必不可少的就是Linux系統中各種生物信息學軟體的安裝。不同軟體有不同的安裝方法，對系統環境的依賴不同也不同，對於新手來說，經常是一個軟體的安裝和配置就要折騰很長一段時間時間，大大增加了學習成本。

我自己有兩個方法來盡量減少安裝軟體所消耗的時間：一是直接安裝Bio-linux系統，這個系統已經內置了大部分生物信息分析所需要的軟體，非常適合新手直接學習分析技術，繞過軟體安裝和環境配置的麻煩問題。二是使用Bioconda安裝和管理各種軟體。Bio-linux系統和常用的伺服器系統還是有差別的，如果想在學習生物信息分析的同時掌握一些Linux系統的操作甚至維護的技術，配置一台CentOS系統的計算機就很有必要了。這個時候Bioconda就非常有用了。

本文參考知乎專欄以及基因課相關課程（http://genek.tv/dirlist/index/id/65）對Bioconda的安裝和使用做簡單介紹。

Bioconda介紹

Bioconda是conda上一個分發生物信息的頻道。而conda是最初為管理python包而建立的。以下是相關介紹：

「Conda is a portable package manager primarily for python and precompiled binaries. Miniconda is the base system of conda. It includes a standard python and a few required dependencies such as readline and sqlite. In conda, a channel contains a set of software typically managed by the same group.Bioconda is a channel of conda focusing on bioinformatics software. 」

Bioconda主頁：Using bioconda - Bioconda documentation

anaconda、miniconda和conda的區別：FAQs - Bioconda documentation

簡單說來：「conda is a package manager, Miniconda is the conda installer, and Anaconda is a scientific Python distribution that also includes conda.」

Bioconda的優點是安裝簡單，各個軟體依賴的環境一同打包且相互隔離，非常適合在伺服器中建立自己的生物信息分析環境。

Bioconda的下載與安裝

1.下載和安裝miniconda

bioconda的使用首先需要安裝miniconda[http://conda.pydata.org/miniconda.html]。選擇linux的64位的python2.7版本（共提供win、Mac、linux三種系統，同時支持python3和python2），直接點擊下載。或者複製鏈接後，用wget下載。

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.shn

下載完成後，在終端鍵入bash命令進行安裝：

bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.shn

之後按照提示點擊回車，輸入要安裝的位置，或者輸入yes

本圖片引用自生信技能樹-曾健明@曾健明 的博客用Miniconda，Bioconda來安裝常見的生物信息學軟體 | 生信菜鳥團

輸入yes後，還沒有完成最後安裝，還需要source一下：

source ~/.bashrcn

這時miniconda就安裝好了，輸入「conda」會顯示相應的信息：

輸入「conda list」來查看已經安裝的軟體：

2.添加channels

conda config --add channels conda-forgenconda config --add channels defaultsnconda config --add channels rnconda config --add channels biocondan

查看已經添加的channels：

conda config --get channelsn

3.更新miniconda

conda update condan

4.卸載miniconda

刪除miniconda的整個文件夾：

rm -rf ~/minicondan

從環境變數中去掉miniconda：打開~/.bash_profile文件，刪掉其中miniconda的路徑，關閉並保存

刪除隱藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

利用Bioconda安裝生物信息軟體

要通過conda安裝軟體，首先從這裡（Available packages）查找該軟體是否被conda支持。如果支持，只需輸入以下命令即可安裝：

conda install fastqc（軟體名）n

安裝完成後，可以用「which 軟體名」來查看該軟體安裝的位置：

或者再次查看已安裝軟體列表「conda list」

conda默認安裝軟體的最新版本，如果想安裝指定版本的某個軟體，可以先用「conda search 軟體名」搜索軟體版本

星號標記的表示是已經安裝的版本。要安裝其他版本，輸入：

conda install 軟體名=版本號n

這時conda會先卸載已安裝版本，然後重新安裝指定版本。

利用conda更新和卸載軟體

查看已安裝軟體：

conda listn

更新指定軟體：

conda update 軟體名n

卸載指定軟體：

conda remove 軟體名n

推薦閱讀：