生物領域寫paper的時候是邊寫邊插入reference還是寫完再整理？

01-28

就是好奇大家寫文章都是怎麼插reference的。= =
最近在寫一篇review 大體內容Gene Therapy for retinitis pigmentosa, 算是第一篇準備publish 的文章把。基本寫一小段就馬上把相應的reference Mark上，但是感覺這樣思路容易被打斷，之前是寫完文章最後插入refence 好多參考文獻忘了該放在哪個句子後面。另：大家都用什麼software整理參考文獻，之前用endnote，現在用mendeley,但是mendeley的格式有時候格式不標準。
最近幾天才開始上知乎，第一次發問，多包涵。

生物和醫學：請用Zotero，免費的。Zotero | Home

本科已嘗試過各種主流的各種收費和免費的各類相關軟體。最好看的是Papers，但收費，功能與Zotero很相似。

推薦zotero，最主要是可以非常方便的和導師、師兄師姐們一起分享閱讀的書單，不僅直接可以引用，還帶有pdf。而且是在瀏覽器上使用，簡直太贊了。

邊插入邊寫，最後複製粘貼reference list即可。

如果是計算機、物理、數學，那還是LaTex吧。否則還要用Word模仿那個風格，怪麻煩的。

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題外話，這種問題我本來不想答的，因為真的是稍微谷歌一下就能有很多很好的介紹，但剛好發現zotero非常好用，在此推薦一下，你也少走彎路。但，在UK都以發表為寫作目標了，請務必拿出英國科學家的嚴謹態度來。

以前一直用Mendely, 最近老闆推薦ReadCube,親測十分好用！

我個人覺得特別人性化的幾點：

1.可以在ReadCube中設置Proxy，然後它內置Google Scholar和Pubmed的搜索引擎，所以直接搜索，然後通過你設置的Proxy隨時隨地下載文獻，不用固定在學校網內，或者每一次都要登陸學校圖書館輸入用戶名密碼了。

2.看figure相當方便，不用一直來回翻頁，因為它有個側欄會顯示所有figure,像這樣：

3.側欄還有一個選項叫Refereces和Metrics會顯示本文引用和引用本文的其他文獻，直接點開，如果設置了Proxy，就可以選擇下載了。

4.文獻的supplemental material也可以關聯在同一個條目下，看起來就很方便。

5.所有通過ReadCube直接下載的文獻會保存在一個固定的文件夾里，也可以設置ReadCube 「watch」你已有的文獻下載的文件夾，只要你自己下載文獻到那個文件夾里，ReadCube會自動導入。

6.可以從你的library里插入引用，也可以從PubMed直接導入。其他的基本的注釋，插入bibliography什麼的就不提了，都很好用。

7.據我導師說寫文章時和其他作者進行文獻交換很方便，各人的reference都可以共享。

唯二不太如人意的點是

1.收費。有免費版的，但有些功能，比如和ipad sync，和「watch"這個功能只有收費版才能用，費用是5刀/月，或者 50刀/年，不是太貴，但也比不收費的貴。

2.因為比較新，所以還不是太穩定。

希望有幫助！

我習慣用endnote，邊寫邊引。不然最後上百篇文獻真記不清哪裡引哪篇。

Mendeley + Endnote.

我的所有文獻都在 Mendeley 裡面存著（感謝那個 add to mendeley 的書籤插件）；寫文章的時候先把文獻導出到 Endnote, 然後邊寫邊加，反正 Endnote 裡面一搜作者就能找到對應的文章。

沒人說note express嗎？可以直接插入reference,完全不影響編輯，也不需要考慮順序，而且你修改的時候打亂順序也不用擔心，它會按照文章順序自動調整reference的順序。。當然前提是先要把要插入的文獻的題錄放進noteexpress。如果這樣也覺得會打斷思路，那就在要插入的地方回車，最後再插入時就很好找了。

什麼時候插都行，自己舒服就行……

一般投稿英文的都是邊寫邊插，因為英文寫作肯定不會像中文那麼行雲流水，很多詞啊句子啊要想一會，所以插文獻那點時間還不至於就打亂你的思路。

寫畢業論文的時候我是寫完了一起插文獻，因為中文寫起來就像吃了炫邁，根本停不下來～所以只能寫完再插，否則影響思路。

不過這個無所謂的，怎麼舒服怎麼來……

所有reference扔到literature review里最後寫

先說寫論文軟體推薦:（LaTeX）。

Mac版本里圖標為TeXShop，和Windows版本界面相比幾乎沒什麼區別，具體大家可以親自下載（http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/texwiki/?TeX入手法）試試（界面如下，這是我下載的nature的Template打開的樣子）

生成的PDF如下：

當然這並不一定是最好的軟體。

推薦的原因：一來是免費的軟體，加上作者更新的快，軟體也越來越好用，我用的時間不長，但覺得很好上手，相比如office word這樣的可以對文本直觀編輯（所寫即所見）任意修改排版的軟體，它最大的好處在於不擔心排版被隨意打亂，也就是說通過程序控制來的更加準確，尤其是長篇幅的文章，排版就顯得更加便捷精確。另外據說在日本，從本科生寫畢業論文到教授發表論文統統都用這個軟體。

目前支持的系統除了Windows, Mac, 還有Linux，BSD，Android and iOS, 具體可以參考這個網站http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/texwiki/?TeX入門，不好意思找不到中文的網站，參考wiki吧LaTeX

關於引用文獻。

可以邊寫邊引用，眾多雜誌諸如PRL, Nature, Science，都可以下載到TeX專用的文獻cite代碼，很好用。具體插入方法可以參考網上的教程。

關於文獻的管理。

管理文獻如果配合文本編輯軟體使用的話。可以選擇LaTeX加上自帶的BibLaTeX，當然啦，別的軟體像@趙思家同學說的Zotero也可以配合LaTeX使用。還有一些付費軟體如Endnote管理文獻也很不錯。還有一款軟體非常值得大家試一試，這款名為ReadCube的軟體不僅能夠管理文獻，界面美觀且簡單，還能根據已有文獻內容推送最新的相關文獻，如果連接了學校的網路，也可以自動下載到本地來。當然最最值得推薦的原因還在於它可以導出適合於Tex的文獻索引信息，換句話說，通過它和上面說到的LaTex配合使用，非常的便利。.參考官方主頁ReadCube for Researchers

一張軟體的截圖

以上。

知乎上的第一個回答。希望能幫到大家。

哈哈，我比較奇葩，寫得順手時候，就直接先加個括弧，後面寫上名字（如果記不清楚就大概標記），然後後面再把文獻加上，因為論文讀的比較熟，所以基本不影響。如果寫的不順手，就隨寫隨加。一直用endnote

word 自帶的插入章節附註呢。沒人用么？

嫌思路被打斷，就在寫的時候在那個句子後面打個括弧，寫上要插如什麼樣的文獻（具體可以用自己能看懂的簡短符號），寫完後再用endnote逐個插入。以上。

Mendeley的格式是可以編輯的，下載個雜誌的style就好了。以前用endnote但是感覺好像字體不太好編輯呀

如果是review建議邊寫邊插入，因為引用比較多

比較短的letters或者communication可以最後加也沒關係，自己寫的文章就像自己生的孩子，引用了什麼都記得清楚的