【多圖預警】
本答案主要基於《黑礁》動畫，可能會與《黑礁》漫畫存在出入。尤其是第三季動畫（OVA），簡直是吃屎一般的原創劇情。
一、主要派別
1、黑礁商會
主角組，羅阿那普拉的萬事屋（霧）。工作是用PT-103魚雷艇跑海路運送貨物，偶爾也會犯點法。經常接受各路勢力的委託。老闆達奇曾經救起被張維新擊落到海里的巴拉萊卡，因此和莫斯科旅館的關係較好。巴拉萊卡也曾說過：「我欠黑礁商會，不，我欠達奇很大的一個人情。」指的就是這件事。當然，和三合會的關係也不錯。實際上，除了陳先生對黑礁商會為莫斯科旅館打工而耿耿於懷，基本沒有什麼仇家。
2、莫斯科旅館
來自俄羅斯的黑手黨，羅阿那普拉的兩大巨頭之一。大姐大巴拉萊卡原本是參加過阿富汗戰爭的蘇聯空降兵大尉，並有望參加洛杉磯奧運會射擊比賽，卻在蘇聯解體後被剝奪了軍籍。為戰友謀生計，帶隊加入黑手黨。入駐羅阿那普拉初期和張維新決鬥，被擊落到海中；被開船路過的達奇救起，因此欠達奇一個很大的人情。目前和三合會劃定了勢力範圍、共同維持羅阿那普拉的平衡與秩序。日本關東黑手黨和平會實行排外政策，驅逐了莫斯科旅館在日本的勢力。巴拉萊卡帶隊前往東京擺平狀況，先與鷲峰組聯手削弱香砂會，但在鷲峰組發覺莫斯科旅館的擴張野心時，又轉而消滅鷲峰組，並和香砂會議和。但在被洛克觸發擴張野心後，巴拉萊卡最終撕毀和約，消滅了香砂會。
為了防止美國官方介入羅阿那普拉，因此在獵犬復仇事件中派出軍隊保護灰狐小隊在羅阿那普拉不受羅貝爾塔的傷害。不僅如此，畢竟曾被擊落到海里——為了對張維新復仇，巴拉萊卡應該是支持灰狐小隊抓捕為三合會提供罌粟的修楊將軍的。
3、三合會
來自中國香港的黑社會，羅阿那普拉的兩大巨頭之一。大哥大張維新原本是香港警方派到三合會的卧底，身份暴露後被勸降。曾在莫斯科旅館剛剛進入羅阿那普拉時與巴拉萊卡決鬥，並將她擊落到海里；但在此之後就和莫斯科旅館劃定勢力範圍、保持合作，共同維持著羅阿那普拉的平衡與秩序。似乎和美國中央情報局有所聯繫。由於灰狐小隊的行動目標是為三合會提供罌粟的修楊將軍，因此張維新在獵犬復仇事件中希望灰狐小隊被羅貝爾塔消滅；但是害怕美國插手羅阿那普拉，因此只得寄希望於羅貝爾塔在羅阿那普拉之外消滅灰狐小隊。
4、暴力教會
表面是基督教會，其實是美國中央情報局的派出機構，並且一直未被識破。在羅阿那普拉處於中立地位，也是唯一受到巨頭許可的武器商。年輕修女艾達似乎是從總部被流放到羅阿那普拉的，具體原因不明。為了防止美國官方介入羅阿那普拉的事務，匿名威脅張維新不要對灰狐小隊出手；為了讓派出灰狐小隊的美國國家安全局吃癟，暗中協助羅貝爾塔前往金三角截殺灰狐小隊。
5、黃旗酒館
酒館，二樓是妓院，位於莫斯科旅館的勢力範圍內。老闆巴奧是越戰期間的南越軍逃兵，在收容逃兵的過程中逐漸成為藏污納垢之地。店裡經常爆發槍戰，店面經常被毀，但每次都會在莫斯科旅館的資助下重建。櫃檯是有裝甲的，櫃檯後面堪稱羅阿那普拉最安全的地方……對經常引起店面被毀的黑礁商會和大小女僕有很強的怨念。
6、拉布雷斯家族
南美洲十三大家族之一，位於委內瑞拉，被洛克指出是最沒落的一個家族。女僕長羅貝爾塔原來是哥倫比亞革命武裝力量（FARC）的殺手，綽號「獵犬」。在意識到FARC背叛革命後選擇了叛逃，被拉布雷斯家主迭戈收留。土地含稀有礦產，因此被馬尼薩萊拉-卡特爾盯上了；為了逼迫拉布雷斯家族交出土地，綁架了少爺加西亞·拉布雷斯。但在羅貝爾塔的營救和莫斯科旅館的干涉下化解了危機。迭戈因為支持委內瑞拉第五共和國運動，在一場集會上被美國特種部隊灰狐小隊炸死。羅貝爾塔離家出走、四處追殺灰狐小隊；最終來到羅阿那普拉，並在當地遭遇前去收服「獵犬」的FARC部隊。加西亞則帶著小女僕法比奧拉來到羅阿那普拉尋找羅貝爾塔，並向洛克尋求幫助。羅貝爾塔在羅阿那普拉全殲FARC部隊後，由於莫斯科旅館的干涉而無法在羅阿那普拉殲滅灰狐小隊。她在中央情報局的幫助下前往灰狐小隊的目的地金三角，並在那裡與灰狐小隊爆發戰鬥。
咳……然後蛋疼的事情來了——動畫和漫畫的劇情在這裡大相徑庭！
漫畫中，羅貝爾塔全殲了灰狐小隊，最後和小少爺回到家鄉過上了xing福的日子。動畫中，羅貝爾塔重創了灰狐小隊，但落下終身殘疾……我CNMD原創劇情！小日本鬼子為了不惹到美爹就選擇虐女僕長是嗎？！
二、次要派別
1、雙子
羅馬尼亞雙胞胎，互相稱呼為「姐姐」和「哥哥」，但因為經常會玩換裝Play所以難分彼此。原本住在國營孤兒院，共產黨倒台後被賣給地下色情電影製造業，長期受虐而成為了變態殺人狂。被貝洛基奧僱傭來刺殺巴拉萊卡，卻任性地私自行動、虐殺巴拉萊卡的手下；受到貝洛基奧手下的斥責後，又殺光了貝洛基奧和他的手下。兩人最終都死於莫斯科旅館的復仇追殺。這倆貨基本沒什麼利益追求……只有原始的快感追求而已。哦對了，別問我為什麼男的也有胸、也別問我讓洛克看吐了的裙底風光到底是什麼樣的。
2、香砂會
日本關東黑手黨和平會的分支，受到了下屬組織鷲峰組的挑戰，並被鷲峰組的外援——莫斯科旅館重創。提出只要鷲峰雪緒擔任鷲峰組新一任總代、就和鷲峰組調停衝突，卻又在鷲峰雪緒上任後食言。其實香砂會就是一心想打壓鷲峰組而已。
在鷲峰組被莫斯科旅館突襲後，香砂會企圖與莫斯科旅館議和，但最終被巴拉萊卡撕毀和約、趕盡殺絕。原因是洛克為了讓鷲峰雪緒可以回歸正常生活、懇請巴拉萊卡將鷲峰組一網打盡，激起了巴拉萊卡的擴張野心。
3、鷲峰組
香砂會的下屬組織，上一任總代死後、受到了香砂會的不公正待遇，代理頭目坂東就向同樣遭到和平會打擊的莫斯科旅館求助、企圖利用莫斯科旅館削弱香砂會。但是鷲峰組很快就意識到了巴拉萊卡的擴張野心，並且遭到了莫斯科旅館的圍剿。香砂會最初向坂東提出，讓上一任總代的女兒鷲峰雪緒擔任總代，就通過和平會調停衝突；但在鷲峰雪緒上任後，香砂會就食言了。鷲峰雪緒被查卡等叛徒綁架，又被洛克、萊維、松崎銀次救出。鷲峰雪緒迅速解散了組織，並和松崎銀次潛入地下；綁架洛克，準備向莫斯科旅館發動玉碎，但被萊維攔截。在松崎銀次被萊維擊殺後，鷲峰雪緒自殺。鷲峰雪緒其實是個很聰明的女孩子，可惜哲學書看多了而且犯中二病了。像她那樣將黑社會理想寄托在所謂「義理」上的理想主義者是註定混不下去的。
4、哥倫比亞革命武裝力量
簡稱FARC，哥倫比亞反政府游擊隊，「獵犬」羅貝爾塔曾經服役的組織。獵犬復仇事件中，在一名古巴海軍特種部隊顧問的帶領下進入羅阿那普拉、尋獵羅貝爾塔。由羅阿那普拉的哥倫比亞黑社會提供線報。但是最終被羅貝爾塔全滅，混戰中的其他幾股勢力也對其造成了一定損害。順帶一提，古巴顧問大概是《黑礁》里單體戰鬥力最高的人類了，唯一的弱點是性別（霧）。
5、灰狐小隊
由美國國家安全局指揮的特種部隊，領隊加古斯頓少校，3個小分隊共18人，為了抓捕金三角毒梟修楊將軍而途徑羅阿那普拉。加古斯頓少校參與了在委內瑞拉暗殺迭戈·拉布雷斯的行動，因此被羅貝爾塔追殺，但在羅阿那普拉幾股勢力的干涉下逃出羅阿那普拉。
由於國家安全局在派出灰狐小隊時未通知中央情報局、引發了兩家情報機構之間的撕逼，於是艾達有意協助羅貝爾塔前往金三角、截殺灰狐小隊。在金三角與羅貝爾塔發生遭遇戰。漫畫中被全滅。動畫中未被全滅，而且將羅貝爾塔傷至殘疾。腦殘原創劇情一生黑！
6、黎巴嫩真主黨
反美恐怖組織，企圖襲擊美國本土，但是行動計劃意外落入三合會手中。三合會企圖將行動計劃賣給美國中央情報局，於是僱傭黑礁商會運送情報至菲律賓棉蘭老島的接頭地點。真主黨炸了三合會的事務所，然後出兵攔截情報，還綁架了洛克，但最終還是失敗了。
7、旭日重工
洛克在東京時就職的企業，拜託洛克運送一張內含公司醜聞的光碟。莫斯科旅館僱傭黑礁商會從洛克身上搶奪光碟，並以光碟要挾旭日重工，企圖從旭日重工在東南亞的非法貿易中分一杯羹。為了防止醜聞泄露，旭日重工從EO公司聘請了僱傭兵，企圖趕在莫斯科旅館得手之前銷毀光碟。最終莫斯科旅館還是獲得了光碟，旭日重工不得不選擇妥協。
8、舊納粹分子與新納粹分子
阿爾弗萊德，納粹黨遺留分子，前蓋世太保成員。為了獲得隱藏在納粹畫作中的資料信息，同時僱傭黑礁商會和白人主義團結黨去探索沉沒的U型潛艇，並藉此機會測試白人主義團結黨的能力是否值得自己投資。最終，黑礁商會全滅了白人主義團結黨。
白人主義團結黨，新納粹主義武裝組織，受阿爾弗萊德的委託而探索沉沒的U型潛艇。最後被黑礁商會趕盡殺絕。
三、雜魚派別
1、EO僱傭兵
南非EO公司的僱傭兵，由一位大尉領導的小隊受到旭日重工的委託，企圖銷毀洛克攜帶的光碟。駕駛武裝直升機追獵黑礁商會的魚雷艇，裝逼不成反被魚雷擊落。
2、陳先生的華裔黑社會
羅阿那普拉的華人黑幫，莫斯科旅館入駐後生意就被搶了。為了報復和莫斯科旅館合作的黑礁商會，僱傭海盜、誘殺黑礁商會，最終失敗。事情敗漏後被莫斯科旅館趕盡殺絕。
3、魯亞克的海盜
東南亞的海盜，擁有六艘內河巡邏艇。被陳先生僱傭、企圖殲滅黑礁商會，結果被萊維反殺。
4、馬尼薩萊拉-卡特爾
南美洲黑社會，總部在委內瑞拉，為了強迫拉布雷斯家族交出內含稀有礦產的土地而綁架了小少爺加西亞，結果被女僕長羅貝爾塔殺得慘不忍睹，還被莫斯科旅館趁機收拾了……後來小女僕法貝拉前去羅阿那普拉尋找失蹤的羅貝爾塔，該幫派為了一雪前恥而去尋仇，結果又被殺得慘不忍睹……第三季動畫中，洛克指出羅阿那普拉四個巨頭之一是哥倫比亞黑社會，似乎是指這個組織？大概換了個更靠譜的頭目了吧。
「聯盟」大概是指Cartel，這個詞在拉丁美洲常指有組織犯罪集團。該組織為了拉近和FARC的關係，在獵犬復仇事件中有意殺死羅貝爾塔，並為FARC提供情報。
5、貝洛基奧家族
巴勒莫黑手黨在羅阿那普拉的分支，頭目貝洛基奧為了討好總部而僱傭雙子刺殺巴拉萊卡；但由於雙子擅自行動而敗露，導致莫斯科旅館協同三合會對其發動戰爭。斥責了自作主張的雙子，結果在三合會出手之前就被討厭被人責罵的雙子趕盡殺絕了。第三季動畫中，洛克指出羅阿那普拉四個巨頭之一是義大利黑手黨，似乎是指這個組織？大概換了個更靠譜的頭目了吧。
Cosa Nostra，西西里黑手黨格言「我們的事業」。
6、伯努艾-拉萊德
佛羅里達黑手黨——傑羅拉莫家族的手下，頭目是埃爾維斯，在善後人羅伯斯的幫助下帶著印度技術宅♀珍和德國技術宅♂泰奧到羅阿那普拉製作假鈔。埃爾維斯對二人製作假鈔進度過慢而感到不滿，殺死了資源管理員泰奧，失去資料後無法繼續製作假鈔的珍被迫逃亡。埃爾維斯的手下羅素在黃旗酒館招募了一群殺手，追殺珍。艾達為了獲得珍的假鈔印版，夥同黑礁商會幫助其逃亡。最終，羅素一行人的追殺行動宣告失敗，珍則在貝尼的幫助下成功下載了印製假鈔所必需的資料。惱羞成怒的埃爾維斯企圖對羅阿那普拉發動戰爭，被羅伯斯殺死。羅素在死前意識到了艾達的真實身份是中央情報局的人員。珍和貝尼則開始了異地戀。
7、查卡的日本黑社會
查卡原本是鷲峰組的馬仔，意識到鷲峰組大勢已去，就帶領手下綁架了鷲峰雪緒，企圖投靠香砂會或者莫斯科旅館，順便與萊維對決並征服她。結果全員被萊維和松崎銀次趕盡殺絕，查卡被銀次斬斷雙手後扔進泳池溺死。
8、來路不明的烏合之眾
這幫匪徒似乎是得到了什麼線報，竟然摸到灰狐小隊的秘密駐地去尋仇。然後就悲劇了……接著又偶遇FARC。然後就悲劇了……後來在繞後偷襲FARC時被萊維一行人攻擊。然後就悲劇了……
9、修楊將軍
坤沙旗下的金三角軍閥。美國毒品戰爭的敵人之一，灰狐小隊的行動目標。但被羅貝爾塔搶先一步控制住，作為吸引灰狐小隊進入埋伏圈的誘餌。他為三合會的毒品工廠提供罌粟，因此張維新不希望他完蛋；而巴拉萊卡出於報復心理，很希望他完蛋。至於洛克？因為不爽張維新，所以他也希望修楊將軍完蛋。10、羅阿那普拉警方
萊維在集市上和洛克吵架時開了槍，引發了騷動。由於是在大庭廣眾之下，場面十分難看，所以收了「大信封」而對不法行為睜隻眼閉隻眼的瓦特薩普署長不得不逮捕了兩人。然後為兩人提供了cigarette kiss的場所……（霧）
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