為什麼有些漢字的簡體與繁體在日本都有使用，如葉(かな）う、葉（は）？

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其它比如像雲々(うんぬん）、雲（くも）等等

因為這些本來就是兩個字，只是中國簡化字合併了。

雲是「古人云：blahblah」表示「說」的雲，訓いう

雲是雲彩的雲，訓くも，

中國簡化字把「雲」併入「雲」。

葉是葉子的葉，訓は

葉是「協」的異體字，在現代日語作相當、實現的意義，訓かなう，跟葉子毫無關係。

葉和葉原本就是讀音和含義都不相同的兩個漢字；雲和雲原本是讀音相同但含義不同的兩個漢字，在繁體字環境里，「葉(xie2)音」不能寫成「葉音」，「樹葉(ye4)」不能寫成「樹葉」；「人云亦云」不能寫成「人雲亦雲」，這兩組分別在中國的簡化字中給做了合併只保留其中一個而日本沒有。

將若干讀音一樣或近似、但含義各不相同的漢字合併入其中一個筆畫較少的字型中，是漢字簡化的一個常見方式。

題主的文字學知識儲備略少啊…

「雲」字本身是天上的雲的象形字，後來用來表示「說話」的意思，比如「古人云」而另造「雲」字表示自然現象，「雲」就只有說話的意思了。

簡化漢字時，將「雲」「雲」合併作一個字。

「葉」和「葉」也是類似情況。

「葉」本音xie，「協」之異體字，和樹葉無關。

「葉」讀作ye，表示樹葉。

簡化字時「葉」「葉」兩個無關的字合併作「葉」，成為了一個多音字。

機和機。

如 @亜恵恵阿由提到的一樣，有部分「簡體字「同時使用是因為中國漢字簡化時將意義類似的字合併為一字的原因。不過，除此以外，還有另一種情況：日本簡化漢字時使用的「新字體」選取的簡化與中文簡化取的同樣的簡化方法，（從時間順序考慮，應該說是簡體字取的是和新字體相同的形式），例如：

「學」「國」「台」「區」

在日語中，雖然上述字是常用的形式，但是有時也會有使用舊字體的情況存在，所以也可以算作一個例子。

以上這些字，在繁體中文中是不使用，或者作為異體字而存在的，卻與簡體字的形式類似。

這些漢字的書寫是與中文漢字簡化相對獨立進行的，當然恰好形式相同也是不奇怪的。

葉在古時候一直用的，本意是和睦、和諧的意思。如「不葉」就是有矛盾，不和諧。

這個你應該問簡化字的人，本來「葉」是「協」的意思，只不過簡體字變一個了