如果人類發展出兩套獨立的科技樹會怎樣？
一套可以是我們現在的物理體系，另一套則是完全不同的物質作用規律（類似於魔法文明），彼此之間除了必要的數學理論基礎外找不到任何相關性。
------------當然，科技發展到現在，不少最初似乎毫無關聯的領域最後建立聯繫或合併，比如電磁統一、弱電統一等，個人認為這種和諧的自洽其實還是蠻幸運的。我們考慮如下情況：科技樹從某個節點開始分叉，人們始終沒能找到兩棵樹枝之間有任何聯繫，而它們在接下來的幾百年里都發展出璀璨龐雜的理論體系，但無論這兩個領域怎麼發展，人們還是找不到它們之間可以建立任何聯繫。
首先，我們要搞清楚，題主所指的科技樹是什麼？
科學是通過提出假說、實驗檢驗來歸納事物之間的隱含規律的。從這個角度來說，如果魔法師們發現通過繪畫特定圖案/文字可以發動特定現象，那也是一種科學。可能發動這些魔法陣還有需要特定的前提條件，如現有魔法值（Magic Point）超過某個水平一樣。但這本質上和我們所處的這個世界中，由於支撐力不夠，抬不起大象，是一個道理的。
如果只要滿足了相應條件，每個人都通過特定媒介來發動魔法，那就是一種科學。所以，題主這裡應該並非在指某些答案所指，通過弄虛作假、混淆認知來騙取錢財的巫術，而是在某些虛構的世界中，真真正正存在的另外一種科學形態。所以，題主的問題應該是指：
假設存在這麼一個世界，在這個世界裡面，我們可以用魔法陣來憑空製造礦泉水，但我們也有通過打火石來點火的打火機。那麼，這個世界的科學發展最終變成怎樣？是兩種科學形態共存，還是說某一種最後被淘汰，還是說兩種科學形態最終融為一體？我認為，一方面取決於兩者最本質的基礎理論是否能達成統一，另一方面取決於兩種形態的科學應用是否可相互替代。
- 真理不唯一，效果不可替代
假如說，真理不唯一，即在最本質的基礎理論上，物理和魔法這兩種科學形態是完全不同的（姑且讓我們這麼形容兩種不同的科技樹，畢竟這樣大家也更好理解）。物理有其自身的法則，魔法也有其自身的法則。
這與題主所提及的假設有點差異，但考慮到數學是一門形式科學，而不是自然科學和社會科學，我們可以認為這還是一致的。那麼，兩者最終必然不能融為一體，因為在最本質的基礎理論上就決定了兩者不是一個東西。
而且，兩者在效果上是不可替代的。假設我們就這麼設定：肉體和靈魂是兩元但缺一不可的，而且，魔法和物理分別用於應對這兩種本原。那最終的發展結果應該是兩者共存。比如說，我可以用魔法去操縱人的精神和認知，但無法用物理去操縱人的精神和認知。又假設物理傷害沒法消滅靈魂，必須要魔法去影響靈魂，那如果帶敵意的靈魂能對我的靈魂造成傷害，而肉體和靈魂又缺一不可，那為了生存，魔法的確是必須的。這裡沒有進一步嚴格推導，因為我給出的世界觀並不完整。可以想像，在這樣的前提下，物理與魔法兩者共存是最合理的結果。
- 真理唯一，效果可替代
如果發現兩者其實是一個東西，它們只是硬幣的兩面，而且還相互可替代，那誰用來方便就用誰好了。這時候的關鍵在於效益成本比。
如果每個人生下來都是大魔導師，而機器用起來需要很複雜的知識，那可以想像，由於學習成本和效果的差異，最終會是一個魔導社會。不排除有一些怪人去研究機器，但在大家都能用隕石魔法的時代，為什麼我們要特意花時間研究一台高達去推石子？相對應地，如果大家都是大科學家，那就是科學社會。但如果兩者的效益成本比都一樣，共存也是一種可能性。不過，我不排除存在路徑依賴的情況。- 真理不唯一，效果可替代
- 真理唯一，效果不可替代
這兩個我放在一起討論了。
一般來說，絕大部分人不在乎某些東西背後的實現原理是什麼。我在敲鍵盤的時候並不在意輸入法是怎麼轉換我的輸入，也不在意這個鍵盤是怎麼將我敲鍵盤的動作傳遞給應用程序的。那麼，如果有兩種理論，能以一樣的成本實現同樣的效果，那選擇哪個對這類人而言重要麼？至少我認為並不重要，而現實中有很多事物，其實現的途徑並不唯一，雖然成本可能有差異。如果是完全可替代，我還是那句話，不排除存在路徑依賴的情況。而如果效果是不可替代的，但實現原理是一樣的，那最終結果應該是共存的。還是以肉體和靈魂與物理和魔法為例，假如物理和魔法本質上是一個東西，只是叫法不一樣，但其還是分不同效果的，那我們依舊會選擇同時保留物理和魔法。至於為什麼叫法不一樣，可能是認知水平還沒到那個層次，沒認識到量子力學和相對論其實是一個東西（我瞎說的）；也可能是習慣問題，一時改不過來。就是有人用槍打，有人胳膊紋身，拿著弓箭，沃卡酷酷瓦克酷卡威酷，然後兩條龍飛出來了
最終會並成一套……
瑪雅和阿茲特克都是這樣吧，但是都被西班牙人滅了
兩派會合力發明一種叫「洗點水」的東西。
魔法也要遵守基本法，不符合質能守恆的魔法都是耍流氓。
想到了一部這樣的小說《魔法工業帝國》，符合題主的意思。有興趣的朋友可以去看看。
科技嘛，兩個東西只要不矛盾就可以放到一個樹里，如果矛盾了幾乎總是可以設計一個實驗幹掉其中一個樹……
而且我覺得你很難說沒有聯繫啊，比如說你有物理和魔法兩套體系，它們都能製造火球。那麼它們的聯繫就不只是數學了啊，還有一個魔法-&>火球-&>導致物體溫度升高-&>熱能-&>物理的聯繫……
最終兩組科技都是要給人用的，人必然會成為它們之間的紐帶。
當然你可以搞兩個樹一個叫科技一個叫宗教，那確實現實就是這樣的啊，雖然我不太傾向於把它稱作科技樹。兩套獨立的科技樹只會持續一段時間，最終還是會走向統一。
兩套獨立的科技樹同時存在期間，經濟上更合算的那個科技樹會發展的更興盛。--------------------------------------------------------------------
無法互相驗證的多套科技樹，這在歷史上其實出現過，只是逐漸由一些基礎科學如物理化學連接起來。就比如早期的醫學，生物學，植物學，礦物學。雖然有一定聯繫，但早期處於彼此相對獨立的發展狀況，如同根莖緊密交錯的多課小樹。但隨著物理、化學等基礎科學對世界的認識深入，醫學，生物學，植物學，礦物學越來越多的聯繫起來，成為科學大樹上不同枝杈。----------------------------------------------------------題主所說的物理體系 和魔法體系並存，在穿越小說里經常出現。穿越小說里魔法體系雖然到高深處能夠移山填海，但由於對魔法本質的理解進展甚微，所以無法克服魔法資質這個壁壘，導致魔法始終處於一種貴族階級專享的狀況。
同時，穿越小說里物理體系處於僅能使用車輪、滑輪的初級階段，這樣才能給穿越主角以中學物理化學就能改變社會的金手指，這是因為物理體系可以通過普通人的工作積累來完成移山填海的偉業。--------------------------------------------------------------兩套獨立的科技樹只會持續一段時間，最終還是會走向統一。
兩套獨立的科技樹存在期間，經濟上更合算的那個科技樹會發展的更興盛。比如。。。中醫和西醫？
呃，後來的故事就成了《希靈帝國》？
真理是一不是多
按劇情來說主角一般會雙修 兩個都很牛逼 然後統治兩界 兩套理論就可以合併了
「我需要你們儘快奪下制空權!」地道內，指揮官沖著手中的對講機怒吼到「敵方空對地轟炸型法師團手裡邊氣定大火球都搓了兩輪了，再不拿下制空權一會人家就甩禁咒了。」
「我部正在派遣空對空近身狗斗型法師前往支援，希望你們的地面防空部隊能夠再支撐一段時間。」
「支撐支撐老子支撐不住了，地對空遠程法師編隊都沒藍條了，機械火力很難對敵方空中的法師部隊造成有效傷害啊。」
「請務必撐住，我方機械化部隊離你部僅有四十二公里，隨軍空間法師正在構建傳送迴路，預計五分鐘內可以到達。」
「那就快點，狗鬥法師團也快點來，你知道這個礦對我們有多重要。」
掛掉電話，指揮官看向牆上的地圖。這已經是地方的第四波進攻了，自從帝國拿下了這片魔晶伴生型錫礦以來，關於這個礦區的糾紛就沒有停過。低頭檢查了一下自己的配槍，內視觀測了自己的魔力儲備以後，指揮官開始往地道外走去。
「奶奶的，強襲型地對地法師部隊上機車跟我一起沖一波，後邊的把地雷下好，檢測法陣都開開，別可惜那點魔晶。」
「媽的」指揮官對副官說道「老子打完這場仗就會老家結婚去。」
話音剛落，一發附魔破甲的煉金子彈穿過了指揮官的天靈蓋
沒事立什麼flag
嗯，在智齒寫的《文明》里風星人和雷星人因兩條進化樹而造成的差異被描寫的淋漓盡致