生信自學之linux操作基礎

Linux系統是生物信息分析中必不可少的工具,它的作用就像windows系統對於我們的日常工作那樣:不需要深入到成為系統專家,但是基本操作必不可少。所以對於生物信息學的新手來說,沒必要把《鳥叔的linux私房菜》完全學完,那些用不著的部分完全可以跳過。

一、用哪種linux系統?

有伺服器的就不用糾結了,服務商安的啥就用啥吧。沒有就安個CentOS。

沒有伺服器的小白,在筆記本上安個Bio-linux就很不錯。用虛擬機可以,安裝雙系統也可以。建議都試試,學習本身就是不斷折騰的過程,不折騰就沒收穫。安裝Bio-linux的過程可以參考我的博客:Bio-linux系統的安裝_青山屋主_新浪博客,Bio-linux與win7的雙系統安裝_青山屋主_新浪博客,安裝Bio-Linux8_青山屋主_新浪博客

Bio-linux系統的優點是已經安裝好了生物信息分析常用的軟體和包,可以跳過繁瑣的軟體安裝過程從而專註於軟體的使用和數據分析本身,適合於快速掌握「戰略」能力。

初學者也可以選擇CentOS系統,將其安裝在台式或者筆記本上。CentOS的優點在於它本身就是許多伺服器的系統,因此學習CentOS的過程也是學習伺服器系統配置的一個過程,能咋航我更多具體的「戰術」的東西。但是缺點就是費時間,大量軟體的從頭安裝以及相應配置的修改都不是初學者能順利解決的。還有個缺點就是CentOS安裝在筆記本上的話會需要很多額外的配置,比如顯卡、網卡驅動、輸入法、賬戶設置等等,對初學者很不友好。但是喜歡折騰的同學可以嘗試一下:CentOS7 安裝時遇到的問題,CentOS7安裝時的新問題_青山屋主_新浪博客

二、linux系統的基本用法

安裝完成後,就到了實際使用的階段了。如果你是小白,那你肯定對linux一無所知。怎麼辦?《鳥叔的linux私房菜》太過冗長,看完一遍要好久。所以我推薦小白們直接看Bio-linux自帶的使用簡介《Introduction to Bio-linux》。薄薄的一本小冊子,大概一天就能完全讀完。

學完這本小冊子就夠了嗎?

基本夠了,生物信息里用到的linux操作你已經基本掌握了,下一步你的重點就該轉移到具體的數據分析流程上了。如果還不放心,那就再推薦你學這兩門課:

genek.tv/dirlist/index/

genek.tv/dirlist/index/

由知友@張旭東 建立,目前免費中。

給大家一張我自己總結的生信常用linux命令總結圖:

最後再說一句,新東西學了就得用起來,不然就是白學,不到一星期你就忘光了,所以趕緊操練起來吧!
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