知乎Live-R語言入門與R的基礎繪圖系統

首先，非常感謝各位朋友的關注與支持，我們的生物信息學入門Live已經成功舉辦了5場，參與人數突破了1400人，並且獲得了全部的好評！非常感謝大家的支持！

在這5次課程中，我們分別學習了：

1. 生物信息學的基礎入門內容與RNA-Seq的簡單處理；
2. 文章中的單細胞測序技術與相應的RNA-Seq數據分析流程；
3. 人類基因組的相關特徵與ChIP-Seq數據分析流程；
4. 不用編程怎麼做高通量數據處理；
5. Python語言的入門與利用Python做生物信息學分析；

從入門到圖形界面，再從圖形界面到命令行，我們已經學習了很多內容。那麼我們這次Live又要講什麼內容呢？主要是介紹R語言以及相應的基礎繪圖系統。

R語言是幾乎可以稱為做生物信息學的剛需，其特點就是語法簡單，特別容易做統計分析與圖形繪製。在做生物信息學分析的過程中，往往需要大量的統計分析和繪圖的需求。因此R語言也就成了現在生信中最常用的統計分析與繪圖工具。

R開源，工具包豐富，語法簡單，繪圖方便；但R的優點也造就了紛繁眾多的工具包與各種各樣不同的工具包的使用方法，這對於我們入門的同學來說，有點過於overwhelming。通過本次Live，我們希望為大家介紹R的基礎語言結構，並帶領大家學習常用圖的繪製（boxplot，histogram，heatmap，scatter plot等等），同時介紹R的基礎繪圖系統，並利用基礎繪圖系統，繪製publishable標準的分析圖。

多說一句，為什麼要講基礎繪圖系統，就是因為非常重要的工具包都是在基礎繪圖系統上逐步構建出來的，比如常用的ggplot2是基於grid繪圖系統構建的。我們當然可以用1個小時就能把ggplot2的基礎用法學習個大概，然後就能重複出很多漂亮的圖，但是真的讓你去做工作的時候，又會不知道如何下手。其原因主要就是只知其然而不知其所以然，沒有學好基礎，就直接懟複雜的包和繪圖系統，更多的時候是理解不夠深刻，空中樓閣。而從基礎繪圖函數開始學習，能夠為我們理解更複雜的包和繪圖系統提供幫助。

此外，在發表論文的時候，很多時候是不能夠使用R包中封裝好的繪圖函數繪製的，一方面是繪圖風格可能不盡相同，另一方面使用封裝的繪圖函數調整參數會非常繁瑣。所以，在真實繪製可發表的論文圖的時候，往往都是使用基礎繪圖系統中的點，線，面，多邊形進行拼裝，這也是為我們實際工作與科研提供幫助！

本次 Live 主要包括以下內容

? R語言的歷史

? R語言的基礎語法特點

? R語言中的常用數據結構

? R語言的循環語句

? R語言的判斷語句

? R語言的自定義函數

? R語言安裝工具包

? Boxplot與Violin plot

? Scatter plot與Scatter-Line plot

? Histogram與Density plot

? Heatmap繪製的幾種方法

? 應用1. RNA-Seq的質量控制系列圖（應用 boxplot，scatter plot，heatmap，volcano 等）

? 應用2. 繪製GC含量與染色體基因密度的關係

? 應用3. 繪製染色體的ideogram

? 應用4. 染色體數據的可視化（完全利用基礎繪圖函數）

本次知乎Live的連接為（可以點開鏈接進行試聽！）：

https://www.zhihu.com/lives/913412166131023872

本次知乎Live的開始時間為：

2017年11月30日晚9點，我們不見不散！

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