對生物信息學研究的零碎領悟

11年初來讀博，對「科研」的幻想比較大，希望做出一個解決重要生物問題，發表出一篇能靠數據來說清楚生物機制的文章。多次碰壁之後，想法逐漸落地，老老實實的觀察數據中的相關性，總得先能看出點東西才行。

癌症基因組學方面的研究工作，可能還處在積極發展測序技術以及如何看數據的階段。不過，和做濕實驗的同學交流過之後，我覺得癌症基因組學的研究屬於生物學研究的大框，基本滿足先「相關」後「機制」的研究過程。需要通過數據看到一些現象，並且去解釋這些現象的分子調控機制。

不過這條路子，可能只適合在科研圈子裡邊轉轉。我自己做的課題能貼上一些精準醫療的邊，只可惜一直沒能做出來能發揮威力讓我開公司的東西來。

我當然可以把這種困難歸咎於藥物響應這樣的表型真的太難搞，真不如癌症癌旁這樣的表型好弄；另一方面我也只能慨嘆一下底子沒打好，這兩三年做的東西還是太過皮毛。

在癌症基因組學領域打好底子，似乎也得分成內功外功兩個門類。我的內功修鍊簡直渣渣的不值一提，但是好多時候為了擺樣子，在表面工作上確實下了十足的功夫。然而和實驗室同學交流過之後，發現這表面功夫，卻是大家科研逐步走向正規的關鍵。科學網有一位老師已經分享過，我也想分享一下自己的經驗，供大家參考：

1. 記筆記

這個不是說去組會拿個小本子記錄一些別人說的零散的知識，而是自己通過「筆記」這個重要的工具，形成一個完整的項目安排和知識架構。每個科研項目，尤其縱向，實際上都是一座思維上的金字塔，記錄好科研項目，比如下圖像我這種以論文為核心的做法，有兩方面的好處：把自己對課題的理解想清楚；腦容量不夠的各位，記憶力不好的各位，多年後寫博士論文還能回來查一查。

我想這項技能練好了，即便未來不再做科研方面的工作，也是非常有裨益的。

2. 寫報告

如何把做的東西非常好的展示給老闆和同學，不僅在科研領域非常重要，我相信在公司甚至D的代表大會都很關鍵。平時總有些工作不能直接通過口頭彙報，而是需要通過報告的形式展示出來。然而老闆的時間很少，如何將你的工作和亮點儘快的展示出來，簡直就是門藝術。

3.作報告

跟寫報告有點像，但一般來說用PPT展示。科研方面的報告可能還有點特殊性，非常講究思路的連貫性，亮點的突出，以及意義的闡述。另外，報告中的信息要精鍊，「the less, the more」，下面兩幅ppt說的是一件事兒，第一章是15年三月初組會上的報告，第二張是17年二月底預答辯上的報告，想說的事兒一樣，但我自己都知道第二張在表達意圖上更清楚。

4.整理文獻、文檔和文件夾

這部分東西，是表面功夫中的「里子」。別人肯定看不到，但是對自己做科研時候的幫助非常大，對於整理文獻方面，我不好造次，之前自己搞了個收藏夾，是研究者在知乎上的一些分享，收藏夾：論文閱讀，應該有點用處。

文檔，其實很體現經驗，自己被自己挖的坑噁心的次數多了，就老老實實的弄好文件夾，哪部分是代碼，哪部分是數據，哪部分是結果等，以及文獻命名也要很清晰，plos computational biology 09年有一篇文章，專門介紹了一位大神怎麼給自己設定文檔和文件夾。我在這裡給出自己的一個例子，僅供參考。畢竟，這方面的設置都需要符合個人習慣。