做染色質免疫共沉澱ChIP一定要用ChIP級別的抗體嘛？

01-26

想做某轉錄因子的ChIP，可是沒找到這個轉錄因子的ChIP級別抗體，連IP級別都沒有。請問可以用普通抗體做嗎？能做IHC、wb這些實驗的抗體結合力與ChIP級別抗體是不是差很遠？能做ELISA的是不是對抗體要求最低？
其實以前也用過不是chip的抗體做chip 。。也能做出來條帶，就是不知道這樣的結果準不準確。。。

XY。所謂的ChIP級別抗體也還有一定的玄學在裡面，有些達標的買回來，發現怎麼樣就是不能用。有些路子比較野的，但就是好使。所以也別太迷信那個認證。當然了，有認證的話，做起來心裡有譜，退換貨也有底氣。

你可以買回來試試，但要多做測試和對照組。除了常規跑一下WB和IF，看看分子量對不對，有沒有雜帶，亞細胞的定位對不對之外，還應該看看會不會拉下非預期結合位點的DNA。然後上面實驗都要用RNAi做個對照，看看干擾掉目的基因的表達，降低蛋白表達量後，會不會拉下來的東西也變少了。

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不要相信抗體公司說明書的內容。

公司標註抗體可以做ChIP，這隻說明公司用來測試時那支抗體可以做ChIP。

你買的抗體，批號和公司測試的抗體不同，就可能什麼都不能做。

舉個例子，抗體公司里最靠譜的是CST。

我買過8個抗體用來做Western Blot，測試下來，4個條帶大小正確，且雜帶很少。正確率50%。

有家武漢的國內公司，有次來推銷抗體，買了7個做WB，全錯，一生黑。

為什麼抗體不穩定。

對於多抗而言，抗體同一貨號，指它們的抗原完全相同。同一個抗原，免疫了多個兔子（批號），每個兔子的免疫反應不同，不同兔子（批號）產生的抗體也千差萬別。

所以，抗體同一貨號沒用，相同批號的抗體才可能完全相同。

我一般有單抗買單抗，但有些單抗批次不同效果也不同，只能猜是公司抗體純化做得渣，抗體不穩定。

所以，ChIP抗體，別管公司介紹說什麼，也別管文獻里說這個公司這個貨號好不好用，先買回來。

回來做個WB，確定抗體條帶正確，且不能有雜帶。

再做個IP，看這個抗體能不能拉蛋白，拉蛋白的效率如何。如果能做IP，基本能做ChIP。

有些抗體即使說明書沒標註可以做ChIP，拿回來會發現可以做ChIP，只能靠多試。

IP這個領域滿是玄學，廠家說什麼都沒用，還是先查文獻有沒有人用過，然後自己試

這只是一種免責方式

廠家因為各種原因沒有去試驗該抗體能否做chip，這意味著你拿這款抗體去做chip得出的結果，廠家是不承擔任何責任的

——比如你做出來的結果，後來被別人推翻，廠家表示關我鳥事～

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說個真事

CST某款抗體標明只能做IF

結果Roche/ventana拿著這款抗體開發出了一個IHC試劑盒

我是做dry lab的，不過確實遇到過不少抗體的坑。

尤其如果是做ChIP-seq的，要求抗體質量比一般做ChIP的更嚴。

如果要提交數據到SRA，curator可能會要求你不僅提供貨號cat#，還要提供批號lot#。

Antibody Validation Database

The Antibody Search Engine

Validated Antibody Database, antibodies, siRNA/shRNA, ELISA, cDNA clones, proteins/peptides, and biochemicals

HAdb

現在大家都受不了抗體公司的質量了，所以很多在線抗體驗證資料庫可以供大家查詢是否可靠。

PS，如果抗體質量不好，ChIP-seq 數據是可以看出來的，這麼尬做下去，reviewer的意見很難看的。別問我是怎麼知道的…

我用的就是我們做WB的抗體，結果還是很不錯的，所以結論就是

看人品？

有時候ChIP和WB需要用不同的抗體，只是因為ChIP是體內實驗而WB是體外實驗，有些表位在體內封閉在蛋白內部但是一煮就翻出來了，反之亦然，所以並不存在兩種抗體的優劣之分。

我沒聽說過什麼ChIP級別抗體，想來應該指做ChIP成功過的抗體，和純度特異性等無關。一個抗體能不能做ChIP，只能靠試，而且要不同條件多試幾次。

畢業三年沒碰過實驗了，要是有說錯的，大家指教哈。

我是抗體公司的。我和你們說，基本上網站上要是推薦了某個應用。說明這個公司測試了。沒推薦的可能測試了不好用，也可能沒測試。我們公司幾千個抗體，測試過IP的不超過十個吧。

用wb級別的抗體可以做，但是結果真的是不敢保證，這個比較走險。wb做的時候是變性了的蛋白，但是做ChIP是在蛋白質摺疊，高級結構的情況下使用抗體，所以級別較高。