有哪些你覺得做得很爛但又不得不用的學術軟體？
在本人心目中:
1. EndNote管理文獻、論文寫作不得不用，但不得不吐槽做得真的很爛。而且X7版本已經好久沒有更新了。2. ChemBioDraw雖然一直保持著一兩年更新一次的速度，但是除了圖標換換看不出來有什麼功能上的改進。到現在都沒有推出適合觸摸屏的版本，在扁平化大勢所趨的今天最新版本的圖標赫然走立體化的路線。。。歡迎補充
ORIGIN中文版？
能說cajview嗎……前幾天 @方亮 同學無意間發現，大部分caj文件只要改擴展名為pdf就可以打開了……我承認cajview的中文ocr很強。
Endnote：內置的PDF閱讀器太渣了Origin：我就不懂為什麼一半的操作類型都不能Ctrl+Z和Ctrl+Y
可以吐槽一下大多數儀器設備的配套軟體嗎？居然不支持Win XP以外的操作系統！為了用個儀器費勁裝個XP，想想就很心累，何況現在很多軟體開始不支持XP了。
大家狂噴的cajviewer有個好功能，把pdf轉成word,哪怕你pdf里是圖片的樣式，不可以直接複製黏貼，都可以轉成文字。。。
關鍵是發現每個軟體好用的地方，為自己所用。。。
————————————————————————————
因為當初幫老闆整理他20年前發表的文獻，只有圖片格式，無法複製黏貼，其他同學只能手打，我用cajviewer文字識別的功能一會就搞定了。。。
不過有兄弟提供了一個更好的軟體最好的OCR識別軟體：ABBYY FineReader中文綠色版
幾乎所有的顯示分子結構的軟體（比如 GaussView）都是渣滓，它們都把結構弄成這幅死相：
大連依利特公司的液相色譜DAD 2000 工作站和柱溫箱，簡直就是傻逼發明的東西
hhhh，cajviewer！界面感覺是上個世紀的。。。。。。功能簡直碉堡。。
題主你說得沒錯，絕對ChemBioDraw（以下簡稱CBD）！！！純吐槽，想到哪裡吐到哪裡。
本人所用版本是14.0，但是我敢打賭我說的這些問題在15或16（如果有的話）都沒有修復！
雖然是叫ChemBioDraw，但是它只適合於畫一些結構簡單的有機小分子，像我們畫金屬有機配合物的話它就會用紅框框來報錯因為它不能正確識別！如下圖
選這些模板的時候，你得左鍵單擊右邊的印章圖標，拖動滑鼠指針到你想要的模板後，才能鬆開左鍵。對，它就是這麼反人類！！！
又比如，當你畫了好多個結構式，你想選中其中某一個，你可以選用Marquee工具或Lasso工具，但是你只能拖動滑鼠把你要選中的分子框起來，並不能夠直接單擊選中！因為CBD並不能夠將圖片設為頁面背景，所以如果你要畫出美美的題圖，你經常需要插入一些圖片，將它置於結構式後面。這時候框選結構式就得格外小心，否則你會拖動你的背景圖，因為CBD並不能鎖定圖片的位置，並且就算你將結構式組合了也無濟於事！
又比如，雖然你可以按住Alt鍵並拖動原子以自由增減鍵長，但是並不能同時保持鍵角不變，這簡直是逼死強迫症！
又比如，沒有參考線功能，更別提智能參考線！對齊倒是有快捷鍵，雖然得四個鍵一起按（如Shift+Ctrl+Alt+B），但分布又得手動點菜單欄了！
又比如，缺少三角形、正方形、五邊形等一系列幾何圖形，只能用環烷烴代替，因此不能加陰影等效果。Templates→shape也有一些幾何圖形，也能改顏色，但是那個高光實在不敢恭維，還不如自己添加tmeplate。CBD也有鋼筆功能，也能畫曲線，但是原諒我找了半天也沒有發現怎麼添加或刪除節點，我想我還不如用PowerPoint吧……
顏色有很大問題！！！同樣是R225，G195，B0，在CDR中是這樣的
插入圖片也很不方便。當你將圖片從文件夾里拖進來，它會自動幫你新建一個cdx文件，所以你還得把圖片剪切到你原來的文件中去！
CBD的視圖縮放居然算一步操作！用Ctrl+中鍵滾動的話還算多步！因此你縮小視圖後發現畫得不滿意要撤銷時你得連續按好幾次Ctrl+Z！簡直神了有木有！！！
當把畫好的東西粘貼到我的文章里去，一般情況下再雙擊這CBD對象會打開CBD軟體，可以直接編輯。但是有時編輯好返回Word，CBD對象會變得跟你編輯的不一樣，會增寬許多，整個界面就都凌亂了！最最噁心的是，改了多版以後，過了許久再來查看，它就變得無法編輯了！於是得從頭畫，因為我沒保留原稿！！！(? _ ?)
真不知道這麼爛的一個軟體為啥老闆還要我們用……他說「你把你文章的圖片都換成cdx的吧，這樣我才可以編輯」。估計他用於畫圖的軟體除了Windows畫圖就只有這個了吧……
endnote確實很爛，嘗試了好幾次最後還是放棄了，mendeley是一個非常好的替代品，向樓主誠心推薦～
EndNote 這東西已經不能用爛來形容了，連導入導出 BibTeX 都不支持，完全就是個屁用沒有的狀態，還指望收錢…………
我想說的是 Zotero 這玩意，這東西其實功能還挺多的，但是和大部分開源/自由軟體一樣，UI 爛得一壺（眼睛看向 GIMP），你在刪一個文獻的時候永遠都不知道只是把文獻從目錄里移除了，還是真的把文獻扔到垃圾箱里了。同樣，你按住 alt+cmd（還是 cmd+shift，我忘了）拖拽一個 PDF 到一個文獻上的時候，永遠不知道你是把 PDF 複製進資料庫了，還是把 PDF 的路徑添加到資料庫里了…… // 這應該是個 bug，按住合適的鍵拖拽的時候，滑鼠指針是「快捷方式」的狀態，但是行為仍有可能是複製……
但是這玩意是免費的，而且是開源的，所以我一直用，一邊寫自己的文獻管理工具一邊用，後來沒寫完，畢業了……
由於 GF 的專業關係，我還接觸過一些化學軟體，比如 VMD…… 什麼玩意啊，那界面，簡直都不知道該從哪裡吐槽了…… UI 做正常一點會死么…… 而且這貨居然是用 Tcl寫的？？！！（還有人記得 TCL 電視么…… 唉等等我可能想到了假的 TCL...）……………………………… 學術界怪人真多……
另外這種開源的學術軟體都有一個毛病，就是不做好安裝包。我作為一個資深 Linux 和 Mac 用戶和碼農，裝這些東西基本上沒有能一次安裝成功的，都要各種 hack，手動裝版本正確的依賴什麼的。什麼鬼啊！！這幫作者就不希望自己的用戶多一點么！！這簡直就是欺負其他人不會編程啊，要是領域內會編程的多一點，這些玩意分分鐘被淘汰…… 你看看人家 ROOT！你看看人家 R！
最後既然是關於學術軟體的問題，必須例行黑一波 Matlab。尼瑪那語言什麼垃圾啊，寫出來都有罪惡感…… 你看看人家 Mathematica，那語言多優美……
每個學校的教務系統
國外建築物理用的COMSOL
國內建築結構用的PKPM
revit建模太爛設計好了再來重建一遍吧，rhino各種功能的各級選項為什麼都在上面那一條里，天正日照分析國內不承認ecotect或者vasari，su就靠插件活著了，lumion顏色那麼假還得PS調，PS字體為什麼只能加粗一下，AI似乎就是為了畫那幾條線，ID怎麼感覺沒有PPT方便，3dmax為什麼不想su那麼簡單。
keil 怎麼不向eclipse學學 //實在受不了再來吐槽 能不能加個聯想功能？能不能把界面改好看點？能不能加個跟蹤變數功能？！！！
windows照片查看器算嗎…我是覺得有時不太方便…
說起學術軟體，科研工具。Citavi 第一選擇了，從搜索資源到知識組織然後任務規劃，最後到完成出版物，一步到位，一個軟體多個解決方案，最重要的是有免費版。
和題主觀點一致，EndNote界面真的是反人類，好在相對穩定（Papers交互和外觀都不錯，但超級不穩定）。另外現在有X8了。
用友U8
3dmax一天平均跳一次的無助中·············
按通用軟體的標準，恐怕大多數行業軟體（學術軟體）在易用性上面都要被黑粗翔了，各種反人類的設計和操作，但你必須用啊，沒別的。所以也是沒辦法的事情……
我來說幾個：
Tecplot 360OriginProSurfer……最後表揚一下Mathematica，這簡直是最好用的學術軟體沒有之一。12306網站
推薦閱讀：
※如何有效地在PPT中加入參考文獻？
※文獻管理器有什麼軟體比較好，它們是怎樣使用的？
※mendeley如何遷移數據到新電腦？
※論文的參考文獻常需要寫成指定的格式，例如作者+標題+期刊名稱+發表時間。已知一篇文獻的標題如何快速地生成上述格式，有什麼資料庫提供這樣的服務么？