為什麼聖方濟各會在中世紀晚期被批為異端？
方濟各運動誕生於13世紀政局動蕩的義大利。當時義大利與西歐諸國由於貿易發展與城市興起，舊秩序受到挑戰、瀕於瓦解。佛羅倫薩與威尼斯等城市中，底層民眾生活悲慘而無保障。維特里的雅各布（Jacob of Vitry）曾將13世紀的大城市形容為撕裂吞噬一切的巴比倫怪獸，「對外的形象是戰爭，對內的形象是恐怖」。在混亂中，聖方濟各上前來安撫民眾，教導人們不要絕望、基督是民眾的救主，並要求修士謙卑守貧。可以說，方濟各運動一開始便是帶有左翼色彩的。1210年教皇英諾森三世非正式承認方濟各會的存在。1223年，教皇洪諾留三世（Honorious Ⅲ）批准方濟各會組織，這是義大利貧民運動經過二百年才取得的勝利。底層宗教精神自此滲入舊世界統治體系之中。
然而，歸順羅馬教廷後，方濟各會內部漸漸產生分裂傾向。聖方濟各逝世後，方濟各會分裂為順從教廷的傳統派、追隨聖方濟各原初精神的激進屬靈派與居中的溫和屬靈派，後兩者是反教廷、反官方阿奎那神學的。蘭居道克的奧利維（Peter John Olivi）在著名的異端活動中心白齊埃（Beziers）發展了屬靈派的歷史觀，認為聖靈的「第三王國」是由屬靈派教會帶來的，羅馬教會迫害它，就表明自己是敵基督（antichrist）。奧利維並不認為羅馬教會從最初就是墮落腐壞的（那是清潔派的看法），而認為是貪婪的教皇、封建領主化的主教與愚昧的神甫使教會墮落成新巴比倫。13世紀後期，屬靈派在西西里王國首都拿坡里的諾曼宮廷庇護下尋求新的政治聯盟，並走向民眾起義之路，希求通過社會改革實現聖方濟各的理想，因而屢屢遭到異端審判法庭迫害。維拉諾伐的阿諾德（Arnold of Villanova）寫下著名的《反托馬斯的真理之劍》，寄希望於一位天使教皇出來更新教會與世人，猛烈抨擊神職人員控制的教會是敵基督化身。後世中人曾回到他的思想中去尋求反教權主義的彈藥。
正如希爾在《歐洲思想史》中所說，歐洲精神歷史上從來都存在「上層」與「下層」的鬥爭。上層文化包括正統基督教、有教養的人文主義與理性主義，文化底層則包括人群的深層人格、大眾風尚與信仰等。19世紀到1945年，來自底層的運動才第一次突破上層文化表面。而在古代國王和家族英雄的時代，這種新精神（包括聖方濟、聖女貞德、胡斯派、路德、閔採爾等）只能如火花一樣偶然迸射，終究不能形成席捲西方世界的涌流。
這裡要說明一點是並非是聖方濟會整體被批為異端，而是之中的派別之一守規派（也叫屬靈派，Fraticelli）不服教廷的指示，否認教會擁有財產的權利，約翰二十二世宣布他們為異端而排為異端。
關於這幾個派別和形成原因，以及與教會的衝突點：從根源來說，聖方濟會屬於托缽修會，最早就是堅持不擁有任何產業，靠行乞，並將財產分給窮人而迅速興起於大眾之間，我有一個香港老師朋友本來去美國學完神學就要放棄所有財產去做托缽修女，後來機緣進入了理工大學，前幾天見面又辭職了也許又要去做，其實我一直覺得這樣做不易。因此，在聖方濟會蓬勃發展後，在羅馬教廷的天特會議後被獲准擁有財產，這觸動了教會底線，於是分裂為守規派、住院派和嘉布遣派三支派。
守規派Fraticelli堅持過清貧生活拒絕教廷指示、否認教會擁有財產的權利而遭到迫害，資產階級興起時，聖方濟會是站在教廷方面的，對大眾進行說服，表明資本主義的理想化是不現實的，但是屬靈派卻由於對抗教皇被禁止了傳道權，定為異端。 屬靈派16世紀開始向外傳播。
另外我們可以對比馬丁路德來看
同樣是對教義提出新的詮釋，馬丁路德以很激烈的方式提出宗教改革，在天特會議後被明確定為異端，然他卻是以溫和的態度對教會進行認同接受。在1517年之前只有一種國教──羅馬天主教，不信奉國教者就被帶上一頂持異端邪說的帽子，而聖方濟會如何走入體系中的呢——
羅馬天主教在很長一段時間裡壟斷知識傳輸渠道和教育體系，學校和教廷不可分離，所有高知識水平的人即為教士，社會的頂層力量被完全控制。不過翻譯運動使諸多阿拉伯著作和亞里士多德思想進入西方社會，呼應教會應返回福音時代的清貧生活日漸高漲的聲音而興起，有許多類似聖方濟的小團體開始興起，有些對教廷的對抗很直接，而聖方濟會卻是對教廷溫和接受的，於是教皇開放了對托缽修會的限制，反而將其納入自己的體系，一則監視，二則控制用於對抗這個大環境下的其他力量，三也是支持他們傳道滿足真正的社會訴求。而文藝復興的出現更是終結中世紀和教會統治的開端，而在此期間，聖方濟其實是站在教皇一邊的，所以這時對比百家爭鳴的歷史潮流看來，聖方濟被資本主義視為異端這個說法雖然俏皮但是卻好像更合理些。補充一下關於文藝復興中文藝理論的衝突奧古斯丁的文藝思想的「美的本體論」——上帝是永恆不變的至善至關的最高存在，擁有無限的權能。現實世界的創造和存在並非
出自上帝的需要，但卻有著回歸上帝的傾向和需要。在這種基本關係的支配下，現實世界的美從屬並追隨著天國的至美。人的主體地位既已被上帝取代，人的認知力要全然用於追求上帝，人的審美行為自然也要以上帝為旨歸了。他的審美意識和藝術批評都是為宗教神學服務的，正因如此，他的美的概念常常是和善的概念並提的。奧古斯丁從上帝三位一體論和上帝的自足性出發，思想體系是神學體系，聖方濟會受其影響極大
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