illumina 在 2018 年 1 月 8 日發布的 iSeq 100 系統平台潛力如何？

01-20

該款全新的新一代測序（NGS）系統可以較低的成本提供極為準確的數據，使幾乎任何實驗室都可用上Illumina的技術。新產品結合了公司成熟的邊合成邊測序（SBS）技術以及互補金屬氧化物半導體（ CMOS）檢測技術，代表了與以往完全不同的架構，在產出高精度數據的同時成本大大下降。iSeq 100是第一款採用此架構的系統，在美國標價19900美元。
iSeq 100佔地僅1平方英尺，集成了比Illumina以往任何一款測序儀都緊湊的NGS檢測能力。iSeq 100標誌著NGS作為廣大客戶、市場和應用領域進行研究發現和常規基因組檢測的技術標準向前邁進了一大步。

（引自：不到2萬美金！Illumina發布iSeq 100測序系統）

優點：1、Flowcell結構做出重大更新，有望徹底彌補Solexa延續至今的短板，消除擴增子測序的數據浪費，在這個機器上測試成熟後用到大機器上更能基本根治barcode串擾問題；2、單色設計極大地簡化了光學系統，體積和價格降低以後每個有需要的實驗室都可以買一台；3、通量正好適合目標區捕獲和小基因組重測序等低通量應用，跟底層技術契合得很好。

缺點：1、明年才能買買買，不開心；2、通量小導致應用範圍窄，如果這個市場的尾巴沒有ILMN（和我）預計的那麼長的話賣不出去多少。

實話實說，看到這台機器的時候心裡是很憋屈的，很憋屈很憋屈，到現在都沒緩過勁來。真的太窩囊了……

唉，不說了，我是用戶，不是開發者，我認倒霉。

1、一年時間太長，pacbio也會更新。

2、Illumina是靠賣試劑賺錢的，現在更加明顯。

3、技術沒有明顯升級，短板依舊。

4、隨便說說。。。

謝邀。

iSeq-100在今年發布算是並不意外。因為之前大家都猜測，秉承著Illumina一年大一年小的思路，是該再出一款Miseq的繼任者了。而且去年的JPM也對螢火蟲計劃做了大篇幅的宣傳，而到了下半年又緘口不談，應該就是為了憋著在JPM18上發布了。

我覺得大家的關心主要集中在兩點：

1是單通道測序靠譜么？雖然NextSeq和Novaseq的雙通道都在商業上取得了成功，但人們對雙通道的質疑卻是一直都在。變成單通道後，不僅仍存在著polyG reads的隱患，另外2 pic per cycle是否真的像宣傳的這麼美好也很難講。

2是螢火蟲的實現需要大量微流控技術參與。但Illumina自家的微流控建庫平台NeoPrep已經停產，之前也被爆出cross-contamination的問題，感覺需要重點關注。

另外最有意思的，無非是Ampliseq for Illumina的發布了。17年Q3，Illumina宣布與Pillar Biosciences達成戰略合作，會推出基於SLIMamp專利技術的Dx應用。本來以為是Illumina終於要發力擴增子測序領域，Life Tech要迎來重大挑戰。結果沒想到兩家宣布合作了，一拍即合。真是太有意思了。

大概看了一下iSeq 100 One-Channel SBS Chemistry 的原理總結了幾個關鍵點：

Flowcell 和之前的有很大不同，是直接和CMOS在一起的，每個nanowell 對應CMOS 的一個像素。也就是說每個Flowcell 自帶一個CMOS( 即Patterned flow cell with CMOS sensor)，用完即拋，因此Flowcell 成本應該比之前的要高。測序通量應該會受到CMOS解析度和面積的限制，增加通量必然要求COMS解析度提升或面積增加。
由於Flowcell的改變，機器完全不需要帶光路以及相機和掃描的動部件。因此整機價格下降很大一部分應該是拍照、光路部分精簡帶來的。
Cluster Generation 使用的還是ExAmp，應該還是會有Index Hopping 的問題，除非使用Dual matched Index，但是能夠排除optical duplicates的問題。
One-Channel SBS Chemistry 使用一種種顏色，拍兩張照片，確定四種鹼基，這種模式應該是因為CMOS與Flowcell 連接在一起(fabricated)不能換濾光片的限制。首先熒光染料與A，T相連，拍一張照片，然後切掉A上的熒光燃料，給C連上熒光染料，再拍一張照片。兩張照片都發光的是T，只在第一張發光的是A，只在第二張發光的是C ，都不發光的是G。
與其他測序儀器相比iSeq減少了掃描和光路切換的時間，但是多了一步A，C 核苷酸熒光的化學切換的時間。
讀長最長仍舊是150，對PacBio 不夠成競爭，Life 交出了AmpliSeq投誠，估計Ion Torrent危險了。

因此我認為iSeq 應該是機器便宜耗材貴，通量增加比較難。新的One-Channel SBS Chemistry 可靠性有待驗證。

CMOS感測器真的是比CCD便宜好多呀

這個機器本來是和Ion Torrent競爭的。很多人買Ion Torrent就是因為能用他們的大殺器Ampliseq Panel。既然Thermo Fisher 把Ampliseq 授權給illumina了很可能會有一些小實驗室因為Ampliseq 買iseq 或者其他桌面平台，就像買Mac版的windows/office 一樣。很多做Gene expression 的人也可能會，比送到外面測序省錢。也會有一些之前用microarray的潛在用戶。

瀉藥，

體積小，價格便宜是優點。

速度不去itorent,數據量不如miseq.如果能整合這兩個機器的優點，也算是閃光點。

一天測序脫離不了專門建庫的實驗，一天就不可能廣泛的使用。

當測序儀做到pcr儀那樣使用就是個重要轉折點。

以上胡言亂語，不要當真。

華大，

明年才銷售，現在就先說出來，跳票不跳票先不說。一年以後的事，誰說的清。

如果picbio一年後價格跳水。影響巨大。

不過這款儀器以後是趨勢。大家能玩就好。挺贊

人類基因相關的複雜疾病，因為保證準確性下的測序成本極大降低，將進入一個快速的攻克周期，我們期望人類或者生物界加速進入可以把控命運的新紀元。