已知一段基因序列，怎麼知道有什麼蛋白質結合到其DNA上？

01-18

除了用ChIP或streptavidin biotin-label DNA pull dowm，還有什麼好方法么？

謝邀。有一種生物檢驗法叫做 ICE (in-vivo complex of enzyme) assay。這種實驗技術用來檢測與DNA共價結合的蛋白質。其原理為用離散劑裂解細胞後再通過氯化銫密度梯度的超速離心將lysate裡面的DNA和蛋白質分離。由於共價結合的蛋白質變性後會跟隨DNA沉降，所以你最終得到的核酸樣品里含有該蛋白質，再通過窄縫式點雜交法（也就是將DNA樣品上載到硝酸纖維素膜上）用其抗體檢測你就能檢測到該共價結合的蛋白質了。至於檢測非共價的蛋白質DNA交聯，普遍都是用ChIP或者是ChIP的衍生方法。

題主是生物背景的吧，建議採用 @孫逸倫的辦法去做。

如果你能做Chip，把該DNA片段固定到片子上做成Array，如果恰巧你還有一個建好的蛋白庫，或者提取的蛋白質庫，OK，你可以做SPRi，測定每個蛋白質分子與DNA片段的結合和解離參數，隨後你可以劃定區間，把認為結合的蛋白都釣出來，拿到一系列可能的Candidates。這部分也可以交給公司去做，挺快的。到時候你就拿到一個列表，讓老闆決定下一步要怎麼做。

見過一篇用cdna庫在酵母中screen的文獻

從生物信息學的角度上，確實是可以預測一下的：

1、掃motif。由於蛋白質結合的DNA序列往往有固定的模式——motif，例如RNA聚合酶的motif是『TATAAT』 box。因此，你可以去看你的這段DNA序列上有哪些蛋白質的motif。目前已經有資料庫去搜集不同蛋白的motif是什麼了，如TRANSFAC和JASPAR資料庫。同時，由於今年來ChIP-seq的數據越來越多，motif也越來越多，所以應該還有更多的motif被鑒定出來。

2、利用已有的ChIP-seq，看一下是否有結合。因為已經做了很多個蛋白的ChIP-seq（即知道了這些蛋白在全基因組上結合的位置），而且很多數據時公開的，如ENCODE計劃的ChIP-seq數據。因此你可以去UCSC上看看，找到你這段DNA序列，然後看看已經發表的ChIP-seq數據，這段有什麼。

希望可以對你有幫助。

還是先做生物信息學的分析吧，一般都會是轉錄起始因子與DNA結合吧，網站上有很多軟體可以根據你的序列預測出能夠與其結合的轉錄起始因子。

Genomatix - NGS Data Analysis Personalized Medicine

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