文獻中那些很棒的圖 （生物的物理的化學的） 都是用什麼軟體畫的？
如題目所示啊。舉個栗子
再舉個栗子
最後一個栗子 帶小老鼠的
需要reference嗎？1. ACS Appl. Mater. Interfaces 2013, 5, 10760?10766 2. A. H. Faraji, P. Wipf / Bioorg. Med. Chem. 17 (2009) 2950–2962
3. RCAS/TVA model
我是來獻醜的，捂臉。
下面的一些圖，都是來自最近發表的文章：
Two strategies to engineer flexible loops for improved enzyme thermostability
坦白說，裡面的圖並不那麼好看，離專業還差的遠。但秉持著分享快樂的態度，就強答了。
Pymol篇
這個圖顯示的是蛋白質的一個片段，關鍵部分利用球形顯示。是用Pymol做的，然後利用PPT進行的標註。
這個圖也是用Pymol做的，顯示的是幾個loop在整個蛋白質中的位置信息。
上面兩張圖都是顯示的蛋白質結構局部信息，下面來一張整體信息的。
這個圖中包括了10個蛋白質的結構圖，顏色表示的是蛋白質的靈活度，紅色表示這個區域很靈活，藍色表示這個區域不靈活。請忽略模糊的文字吧。這裡面每一個小圖都是用Pymol製作的，而後利用PPT做了一個結合。
有關Pymol作圖，感興趣的童鞋，可以點擊這裡：
如何用Pymol做出那些美呆的結構圖（基礎篇） | BioEngX
如何用Pymol做出那些美呆的結構圖（晉級篇） | BioEngX
Excel篇
這是一個熱圖（heatmap），每個小方格對應一個數值，數值的大小用顏色顯示，是用Excel做的。有關如何利用Excel做熱圖，可以點擊這裡
你離學霸又近了一步——如何用excel畫基因晶元數據熱力圖？ | BioEngX
VMD篇
答主是研究蛋白的，所以用了一些製作蛋白質結構圖的軟體。下面這張使用VMD製作的，
這張圖看起來亂糟糟的，似乎沒有什麼美感。但其實包含的是動態的信息，儘管圖是靜止的。這個圖顯示的是蛋白質的一個loop，在不同的時間，所處的位置。紅色顯示的開始時間，藍色顯示的是結束時間，整段時長10 ns。上面的是野生型，下面的是一個突變體。有沒有看出來，下面的蛋白片段明顯要比上圖中蛋白質的片段更靈活，更愛動。
2017年4月28日更新
評論中有小夥伴提到了BioEngX網站中的這篇文章，認為這才是本問題的正解。
手把手教你用PPT繪製科研中各種圖形(3)——分子細胞模型 | BioEngX
聽從 @不立而惑 的建議，把這篇文章粘過來，希望有用。
這裡必須要聲明的是，本次更新的內容儘管都可以在BioEngX網站中查看到，但原創作者大神是科研狗。科研狗是BioEngX的合作夥伴，授權在BioEngX網站發表其所有原創文章，點擊這裡訪問科研狗，科研狗_科研好助手。
手把手教你用PPT繪製科研中各種圖形——分子細胞模型
我們一步一步用PPT繪製分子細胞圖形：
1、繪製細胞
細胞非常好繪製，畫兩個園，填充漸變色，注意代表細胞核的顏色要深一些，然後疊加在一塊就可以了。
2、繪製TCR受體
首先繪製一個矩形，然後填充漸變顏色，執行「格式-編輯形狀-轉變為任意多邊形」，繼續執行「格式-編輯形狀-編輯頂點」
然後，複製拼湊成如下圖片：
3、繪製MHC Class II
同樣繪製一個矩形，然後編輯頂點，最後調整成下面面樣式。最後拼湊圖形。
組合成下面圖片：
4、繪製中間的APC細胞
很簡單，繪製兩個圓形，然後用編輯頂點功能調整形狀，這個形狀隨意調，然後組成在一起就是APC細胞了。如下圖
拼在一起：
5、我們把左邊的對稱複製到右邊，做成了下面的圖
6、繪製Tissue cell
一個圓角矩形+橢圓組成了組織細胞：
7、繪製Tissue 損傷細胞
給原來的細胞加上一個顏色的漸變，變為線性漸變調成角度。然後隨意繪製一些多邊形，設置顏色和線條。這些多邊形為細胞碎片，然後在複製一套這些碎片，設置線條和填充色為白色，覆蓋在細胞上面，造成細胞空缺的假象。
8、繪製病毒
病毒很簡單，你可以按照自己的想像來繪製。
9、調整圖片
10、加上文字
到此收工，完美！
另外，我們的網站上還有文章教大家如何使用PPT繪製DNA以及蛋白酶體／管狀結構，點擊瀏覽
手把手教你用PPT繪製科研中各種圖形(2)——蛋白酶體/管狀結構 | BioEngX
手把手教你用PPT繪製科研中各種圖形(1)——DNA雙鏈 | BioEngX
一些部分chemdraw，大部分情況下處理圖像和示意圖一般常用AI，PS，順便PPT輔助。好比你這個酸敏感的載葯膠束？
強烈推薦AI和PS。AI很強大，有些學校可能會開科研製圖的課，講的很細緻，雖然我還停留在PS和PPT輔助的階段。像一些信號通路，傳遞路徑，相互作用的示意圖，用AI繪製就很好。chemdraw里的老鼠，都是在templates里找的：
（聲明：以下所有的圖都是本人已發表或自己做著玩的圖，請註明出處）
分子模型類
首推PyMOL（PyMOL | www.pymol.org）
搜索一下它的使用入門說明也有很多
不少功能都是可以可視化操作的
也可以輸入命令
功能強大
比如說這個圖：
A、B圖是某蛋白127位氨基酸突變前後的桿狀分子模型
C、D圖則是這個蛋白突變前後表面電荷圖
除了序列是我自己導入的，其他全是用PyMOL做的
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除了PyMOL之外
我覺得UCSF Chimera（UCSF Chimera Home Page）
也是一個做出來顏值很高的軟體
甩幾個圖
某蛋白三聚體↑
某蛋白與DNA結合↑
某兩個蛋白的結合模型↑
其它
對的，其它的所有的平面圖我都是用Powerpoint和Photoshop兩大神器一起完成的！
當然
現在正在慢慢學Illustrator
這玩意用來畫機製圖也是個神器
以上全都是用PPT+PS做的
貌似也可以在PPT裡面加一個插件——ScienceSlides（http://www.scienceslides.com/）
裡面有很多比如說磷脂雙分子層、蛋白分子、通道、通路之類的預設模型
功能也是很強大...和傻瓜...
不過我總感覺這裡面的風格不太適合我
所以就沒用了
但是入門還是挺不錯的
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回應一下：評論區有說low的，確實，也真的很抱歉，上面放出來的我也嫌有點不太上檔次，但問題是我總不可能把那些最近做的，但又還沒發表的放出來吧？畢竟這是個開放的網路社區，萬望理解。以後有機會再慢慢更新就是。
（最後再聲明：以上所有的圖都是本人已發表或自己做著玩的圖，請註明出處）
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非圖表的自由繪圖可以用商業的illustrator或者免費開源的inkscape。一些複雜3D造型可能是用3D工具建模渲染的，簡單的3D效果可以用2D矢量工具做出來。另外感覺你給的第一個圖的配色很爛，太艷了。如果是我，我會降低細胞質填充色的飽和度，同時讓填充色和裡面那些小顆粒的亮度有更大的差異。
化學的話，一般chemdraw+PS+PPT可以解決大部分問題。
具體的比如刊物封面設計或者生物學結構畫圖什麼的，簡單的ChemDraw也可以處理一部分，但是功能一般，剩下的就是高票說的使用專業一點的pymol了
至於圖表數據分析之類的，我一般origin或者sigmaplot都很方便專業所限，只能答生物的。不過我必須得吐槽你給的這些例子與其說是【文獻】不如說是【教材】，真正的paper很難見到這種東西。
首先從蛋白開始，一般來說這東西都不是你自己手繪（費力不討好，因為涉及三維結構你畫的東西必然不準，而且一個肽鏈動輒數十上百單位工作量大），而是必須測出結構後機器建模的。有些時候可能需要進行手動標記。大部分場合我們都直接使用資料庫里已存蛋白模型。
資料庫有很多，比較出名且個人感覺蠻好用的是RCSB PDB（PDB stands for Protein Data Bank）：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
看圖／標記軟體有各類PDB viewer，我用過的是Swiss-PDBViewer：Swiss PDB Viewer - Home
差不多類似這樣（沒工夫下新蛋白標記了，就拿課上用過的借用了）：
然後是我很喜歡的另一種圖：生命之樹。
你可能見過這樣的圖片：
這個叫做Phylogenetic Tree，表示了物種間的親緣關係。必須指出的是：親緣關係不是你目測或腦補出來的，這種樹需要分子生物學／遺傳學證據為支撐，利用生物信息學構建。
一個簡單的樹的構建手段是：使用Clustalx 對測序出來的DNA／蛋白序列（FASTA格式）進行比對，然後使用FigTree 構建可能的親緣關係樹。
Clustalx頁面差不多是這樣（隨手拿了段序列）：
然後FigTree差不多是這樣，默認是矩形樹。
然而要說美感那必然是極性樹了：
雖然一般我們看射線樹……我上學期作業交的也是這個：
你當然可以更改顏色，改變字體來把樹弄的漂亮一些——不過真心的學這玩意兒很累人，當你天天擔心deadline的時候就沒心情打扮了（攤手
可以用3dmax畫。怎麼畫就不貼圖了，直接上視頻吧。3DMAX - 材料牛
我們正在做免費的3dmax講座，可以關注一下。
我就是被趕鴨子上架幹這種事的。。。基本都是用3dmax和ps做的。。反正碳納米管那個用3dmax一下就出來了
——————————————20170630——————————————
先馬……
等我文章上網了，就把圖片公開出來
——————————————20170823——————————————
文章圖都是自己畫的，可能不算很棒的圖吧……大家湊活看
第一幅圖第一排是3Ds MAX畫的，第二排是熒光照片，第二幅左邊是3Ds MAX畫的，右邊是PS給SEM（掃描電鏡）上的偽彩，文字都是ppt加的
當然，最後發表的不是我畫的最好的版本，畢竟示意圖之類的要講究一些科學性，不能只是好看，而且不能太喧賓奪主，所以就這樣了……
下面是DOI和網址
DOI: 10.1002/adfm.201701347 Capillary‐Bridge Mediated Assembly of Conjugated Polymer Arrays toward Organic Photodetectors
工科狗答一發
二維的離散點數據，一般都是用origin，當然origin畫圖僅僅是很小的功能，擬合啊數據分析啊都是極好的。
方程或者函數，origin也可以畫，但是非常推薦Mathematica，特別是三維的曲面，畫出來的圖相當漂亮。當然用Matlab慢慢調可能也能出來比較漂亮的圖？
示意圖，PPT和Visio都是利器，三維示意圖的話，一些機械類三維建模軟體可以達到很好的效果，Solidworks，PRO/E之類的，PRO/E的配色挺好，Solidworks一般要自己調色。
我覺得在繪圖方面，沒必要學很多的軟體，找到適合自己的軟體，一門心思把它學到精通，一般就可以解決你99%的問題，「適合自己的才是最好的」。剩下1%再慢慢想辦法吧。一般ppt，chendraw，3dmax，再加ps完全可以搞定。本人幫助師兄搞定過一篇review中的大部分圖片，如果以後有問題大家可以相互交流
以前畫化學分子和靶位用的好像是chemdraw
ps,ai,flash,wps好像都可以
我其實最大的疑問是，學這個是不是必須要有畫畫基礎，還是說軟體本身就帶有很多的模版性質，能讓不懂畫畫的人也能很快上手？
曾用PS替師兄畫圖，答應把我名字加上，至今沒有音信……其實是個畫圖的軟體都能畫，就看你怎麼實現了。
沒畫過，不好說。不過應該illustrator之類可以幫忙的。問問做設計這方面的吧，圖總歸是圖，很多生物的只會做實驗。
平面圖分兩種：1.圖片為主：矢量圖Adobe公司的AI 點陣圖Adobe公司PS 2.文字為主：CRD、Adobe公司的ID3D圖：CAD
教科書都互相抄的
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