生物信息學領域有哪些牛刊？

01-17

有沒有專門生物信息學領域的雜誌？
還是一般該類文章都發表在生物類刊物上呀？

謝邀。第一次知乎回答。

現在這個各科學領域大發展的時代，專門雜誌是一定有的。

Bioinformatics是作為生物信息學最重要的專門期刊了。2012年度IF=5.468
另外還有Briefings in Bioinformatics，這個雜誌每年的發稿量少，最近幾年IF波動很大，第一年24+，後來到9+，2012年度IF=5.202。
稍次一點的雜誌，如BMC Bioinformatics，也是生物信息學的專刊。2012年度IF=3.447
對於計算向的生物信息學，PLOS Computational Biology是一個很好的期刊。2012年度IF=5.215
除此之外，Nature Method，也會有生物信息學相關的方法發表。2012年度IF=19.276

正如@宋詩婭所說，生物信息學相關的文章不一定要發到專門的生物信息學雜誌，因為生物信息學作為一個工具，已經融入到很多生物問題的研究中，而不僅僅是一門孤立的學科了。

除了@宋詩婭列出的，PLOS Biology也是很好的雜誌，2012年度IF=11.452。PLOS One也會經常有生物信息學文章，但被批灌水太多，算不得牛刊，2012年度IF=4.092。

以上，歡迎補充。

有啊，Bioinformatics，很多方法類文章都發在上面，但是影響因子一般。

如果有實驗和數據分析，大多投到生物相關的雜誌，比如genome research, nature genetics, nature等，在method裡面涉及一些生信的方法，連帶把algorithm放出來，供大家使用。所以，不一定非要發到bioinformatics。

因為如果僅僅是一個演算法，比如如何優化read alignment，並不是解決一個生物問題，所以一般發到方法類的journal，只有結合生物實驗分析數據，得到新的結論，有一個完整的story，才會發到更comprehensive的journal裡面。

因為我是計算機系的，只談生物信息的演算法方向。

雜誌裡面Bioinformatics被Google Scholar Metrics 認為是該領域第一：https://scholar.google.com/citations?view_op=top_venueshl=envq=eng_bioinformatics

生物信息學兩大頂會：

1. ISMB
2. RECOMB

還有幾個還不錯的會議，比如

WABI...

ISMB會轉投Bioinformatics雜誌， RECOMB會轉發Journal of Computational Biology

所以雖然Journal of Computational Biology影響因子只有 1.56 ，但仍然很厲害

WABI會發表在Lecture Notes in Bioinformatics，部分文章轉發Algorithms in Bioinformatics

接下來是我要說的重點，做bioinfo的一定要讀下面幾個雜誌：

1. Nature Method 2. Nature Genetics 3. Nature Review Genetics 4. Nature Biotech

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confirm前面已經有人說的雜誌：

1. Bioinformatics

2. Nature Method

3. Genome Research (Method)

4. Genome Biology (Method)

5. Nucleic Acid Research

2-4 這些雜誌出的關於生物信息的都是好文章，這些都算題主說的牛刊

剩下還有一些雜誌

Plos Computational Biology 但是最近被搞network的灌水灌得慘不忍睹，一眼看去全是network的文章了，這麼搞得話，會成為下一個Plos One

BMC Bioinformatics

Algorithms for Molecular Biology

...

利益相關，計算機系博士，發過 Bioinformatics 和 RECOMB

稍補充下@StoneHawk 說的，除了bioinformatics等最中規中矩的生信刊物(一般純演算法會投這種)，視子領域不同（偏statistical genetics/genomics/epigenetics），生信領域研究者的常發的還有

BMC genomics IF ~ 5

NAR(Nucleic acids research) IF ~ 8

Genome Research IF ~10

Nature Genetics IF ~30

Genome biology IF ~10

另外有時也會投 BMC system biology. 一般業內頂級會議（RECOMB,GIW等）最終都會發在bioinformatics/BMC genomics/BMC bioinformatics/NAR之類的期刊上

計算機做生物信息學的博士來說，發bioinformatics 已經非常優秀了，當然不排除有些大牛可以衝擊nature methods等期刊。國內的土鱉博士發三篇BMC bioinformatics足夠畢業了。TCBB也非常不錯，好文章不少，但是有些文章感覺有些是憑關係上去的。 ISMB，RECOMB兩個頂級會議大牛們可以衝擊一下也不錯。

pnss 很雜，不屬於專業期刊。專業的還有 nucleic acid res . if 10 around

再補充一個Plos computational biology。

其實很多生物信息學的東西會發在所研究領域相關的期刊上。比如TCR分析的文章就有在Blood上的，我也正在往Journal of Immunology上面投一個。

現在單純做生信很難發到高分的論文了。

一般還是要搭配實驗，早期很多生信文章都發「核算研究」。

現在基本都發各個雜誌了，好的有Nature Genetics，也有Nature Communication。。。

生物信息學是一個工具型學科，要服務於其他實踐應用才能體現最大的價值。

單純考慮開發新的algorithm或software的話，能發表在Bioinformatics也是很好的了。

另外如果開發的新的algorithm或software，很好地結合應用實踐，發在CNS及其子刊也不奇怪。

期刊的「牛」或者「不牛」，要看在什麼用途，「牛」在不同地方的定位是不一樣的。老師要評職稱，學生要畢業，期刊牛不牛看學校的知道意見就知道了，這是唯一的標準，是金標準。在美帝的學生，以後要申綠卡之類，除了Nature之類，Plos One和Genome Research沒區別，一樣牛。另外，各種小圈子內還有數不盡的潛規則。儘管公認上，Nature比J Computation Biology牛，但是在招faculty的時候，沒人能保證在每一個學校都是1片Nature在手能比2片JCB靠前

所以空洞的問哪些是」牛「刊沒意義

樓主指的應該是純生物信息的方法類文章吧，這類沒有自己生產的bench data的文章通常不太可能發布到最最頂尖的雜誌，比如Nature或者Science的主刊。我的經驗是投文章時可以分為四個梯隊：

第一梯隊：Nature Methods, 只要能發上面基本上就保證了關注度和引用，也會有很多人follow你的方法的；

Genome Research, 很老牌的雜誌了，文章的質量都很高，當然了editor大部分文章都是直接拒的。

Nature Biotechnology,純方法的文章很難發上來的，一般都是很大的組既有方法又有實驗數據。樓主可參見Cufflinks和Tohat那篇文章，很多個co-author，做了非常多的測序實驗來驗證。

Nature Genetics，同樣，很少有純方法的文章，除非你在圈內已有很大影響力，比如CADD那篇文章。上面有一大堆做統計和GWAS的人，感覺不太歡迎machine learning的文章。

第二梯隊：

Genome Biology, 比較新的雜誌，近幾年有一些不錯的文章

Nature Communication, 非常新的雜誌，基本上每期都會有一些生信類的文章。我感覺影響因子在不斷上漲，頂著Nature的頭銜自然不會缺少好文章。我親身的經驗是是審稿周期非常久，不建議需要短時間內發文章畢業的高年級博士。

第三梯隊：

這一類別的雜誌就很多了，Bioinformatics曾經是最好的生信雜誌，近幾年因為文章數量太多灌水嚴重影響因子有所下降。Nucleic Acid Research也是專業的生信雜誌。除了這些，PloS系列的PloS Genetics和Plos Computational Biology也都是接受生信文章的不錯的雜誌。Human Molecular Biology近幾年也開始接受生信文章。

第四梯隊：

如果樓主被之前所有雜誌都拒了，那基本上在國際上能夠得到認可的雜誌也就不多了。PloSOne和BMC系列是樓主的最後選擇了。如果再往下投，估計說出去都沒人聽過了。。。

在生信圈打過幾年醬油，做生信方法或者工具的話，我覺得是這個順序吧：

Nature &>&> Nature Method/Genetics &> Genome Biology ≈ Genome Research &> NAR &> NAR database/webserver issue ≈ Bioinformatics &> BMC

不在排名里的不代表不好（PNAS，Plos XXX，Nature Communication，Nature Protocol，Briefings in Bioinformatics），只是我接觸的比較少。。

發了幾篇bioinformatics，表示找工作被鄙視IF不夠高。

Bioinformatics算是該領域的TOP期刊了，投過一次，審稿周期一個月，三個審稿人，悲劇。

如果不是非Article不可，發發letter，brief communication這樣的，Nature下面的期刊都可以考慮一下啊

生物信息學發表論文不只是在專業的期刊上發表，主要是看自己研究的方向偏向哪裡，例如我做的是優化演算法在生物信息學中的應用，就不怎麼願意在專業的生物信息學上發表，都是在數學、信息學等期刊發表，生物信息學是交叉學科，很容易發文章，但是別想著一定要在
Bioinformatics等上發表，很難得。

感興趣可以上Go pubmed查一查嘛，畢竟生信里不同的方向分支還是挺多，雜誌對此也有不同程度的喜好。

就說比如發文本挖掘多的雜誌有以下：

BIB，周期相對短，去年9.6了，以前一度有過20+。這家雜誌影響因子真的挺上下飄忽的……

NAR，周期相對短，不專生信

Bioinformatics ,這個不用說了

其他諸如BMC Bioinformatics，PLOS Biology，PLOS One等就都點數相對較低了，但是發得也不少

做的好CNS主刊也是可以的，別說PNAS這種檔次了。

今天剛得到的回復，發plos computtational biology的一篇benchamrking的文章被拒了。從發文章到收到回復，一共13天。當初我怎麼沒發現它們不收分析評測其它演算法和工具的文章？

唉，只好再找地方投了。