只是一般的使用，Markdown+CSS有哪些不可回避的缺点？

01-16

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已经基本学会了 MarkDown 而不会 LaTeX 故有此问。
对于个人需求，一般不需要非常完美的排版，只需要简洁的呈现内容。有哪些缺点MarkDown不可回避。比如：

图片大小不可控制

无法编辑数学公式

格式的嵌套可能效果很糟糕

首先，Markdown 不是用来排版的，你想的大部分「排版」的工作，实际上需要在转换成比如 HTML 后用 CSS 实现，或者用 Pandoc 转换成 LaTeX 后再进一步调整。
其次，如果你的论文足够简单，没有复杂公式、不需要交叉引用，一条主线走到底，使用 Markdown 来编写也没什么不好，甚至可以说是更好的选择。Simple is beautiful.
最后，大部分需要用到 LaTeX 才能解决的场景都是仅用 Markdown 无法完成的。

目前最蛋疼的莫过于表格。。。

按章节自动对图表连续编号

Chapter 1

- figure 1.1

Section 1.1

- figure 1.2

- figure 1.3

Section 1.2

- figure 1.4

Subsection 1.2.1

- figure 1.5

- figure 1.6

Chapter 2

- figure 2.1

Section 2.1

Subsection 2.1.1

- figure 2.2

- figure 2.3

Subsection 2.1.2

- figure 2.4

Section 2.2

- figure 2.5

现在你想在第2章之前加一章……

markdown 由于尚不成熟，所以没有规范。纯粹的 markdown 和 github 版的又不一样，和其他的实现差别还挺大。虽然 markdown 原生支持 HTML，但依然略显麻烦。

各种增强功能都在做的，国内有 cmd markdown，作为个人笔记包括发布都挺合适。

但是既然题主提到了 CSS，那我就认为题主对于外观还是有要求的。这时候上面说的实现就显得功能齐全但是样式自定义性不足（当然人家作者在不断的更新）。常见的实现则自定义样式可行却功能不足。

LaTeX 就基本上覆盖了上述需求吧，当然其对于互联网肯定不如 markdown 背后的 HTML 友好了。所以选哪种方案取决于你要做什么。