諸多文獻管理軟體的優劣比較如何？你有哪些使用心得？

01-13

EndNote

Mendeley

NoteExpress

Papers

ReadCube

http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

感覺endnote並不太好用，大家對這幾款軟體有什麼使用心得嗎？

以下是我在另一個相關問題的回答，供參考：怎樣高效的管理自己閱讀過的文獻資料？ - 物理學

由於工作需要，我們每天都需要檢索、管理、閱讀大量的文獻（以下的討論就不局限於醫學類文獻了，我覺得不管什麼學科，管理文獻的基本思路是一致，但是仍以醫學類文獻舉例）。在開始介紹主體內容之前，先明確一下用戶基本的文獻管理「現狀」或者說需求：

我覺得對於許多人來說，產生文獻管理需求的時候都是手裡已經有大量的文獻儲備了（多數以PDF格式居多）。在收集、積累文獻一開始，沒有意識到管理文獻的需求，也就說沒有頂層設計，文獻存儲不科學、雜亂無章，檢索困難，利用困難。
許多現有的文獻管理工具（軟體）都有外部文獻（或者文摘）導入模塊，但是大多數只能做到導入和分類存儲，不能很好的提取文獻（特別是PDF文獻）元數據。也就是說，文獻即使導入了，在軟體內也很難實現高效的檢索。這是目前此類軟體共有的軟肋（這個問題牽涉的技術很多：有的軟體廠商選擇直接與學術出版商合作，拉取出版商的資料庫後台補全文獻的元數據；也有的廠商試圖通過文摘資料庫，例如生物醫學領域的Pubmed、Biosis、Web of Science、Embase等等，補全文獻信息（最常見！）；也有的技術實力比較強的，直接識別、抽取文獻全文中的數據，也就是標題、作者、單位、關鍵詞、基金、參考文獻等等信息）
文獻管理的目的是為了高效的利用。我見過一些小夥伴即使沒有使用文獻管理軟體，文獻的本地存儲也做得「井井有條」——為啥子要打引號呢？因為我覺得他們實際是在追求形式上的滿足感：文件夾套文件夾，一層又一層，數量夠多時，花在思考「該把這篇文獻扔在哪呢？」比閱讀文獻的時間還長。而且，對於涉及話題較多，維度多，信息量大的文獻咋辦？你很難把它限定在某一個子類下邊——一維的、線性的文件夾式存儲會直接限制一篇文獻能給你帶來的價值，因為你在分類的時候就已經下意識的把它切割、打磨，以便塞到你的分類體系中了。如何儘可能完全地榨取一篇文獻的價值才是文獻管理的最終目的。

（我發現這麼寫下去沒完沒了了~以後再補充吧。下邊直奔主題，只談談我使用過的文獻管理軟體，當然也是偏醫學類的）

Readcube。力薦！界面優美、功能較全，最重要的是，基礎版本是免費的。他們的開發活動很活躍，基本每隔幾個月看一下他們的最新版本都會有驚喜。感興趣的話，下載下來自己研究一下，你會發現他們背後真的花了很多心思。他們不僅在文獻管理上做的很不錯，也在和出版商的合作上有許多創新（主要在文獻支付方式、交互閱讀方面）【2015-11-23更新：我在另一個問題下對Readcube的使用問題做了一些描述：如何建立管理文獻的總體框架和思路？ - 知乎用戶的回答】
Mendeley。之前和readcube一樣，是個初創項目，2013年抱到了Elsevier的大腿（當時被罵成open access運動的叛徒），基本的功能是都有的，可以嘗試，但是我覺得沒什麼亮點。
Endnote、Reference Manager、Refworks。Endnote大家都知道的，功能最全，最老牌，背靠湯森路透這棵大樹，乘涼很容易啊。這三者都是收費的，而且價格「都對得起出身」~
Zotero。我沒有嘗試過，只是簡略的看過，貌似主要是瀏覽器插件式的管理方式，對於在線發現、收集文獻應該很方便。但是沒有stand-alone的本地軟體，總給人一種「東西不在手裡」的感覺~哈

以上的軟體貌似都有一個問題：對中文文獻支持很差（除了土豪Endnote做的稍微好一點兒）。當然，如果你基本不讀中文文獻，無妨。

國內的醫學文獻王、Notefirst、Noteexpress等等。推薦第一個！基本版免費，各種功能幾乎可以用應有盡有來形容，開發也很活躍（其產品經理是個大美女，哈哈~）。雖然叫醫學文獻王，但是用這個軟體管理其他學科的文獻也是可行的。另外，國產的還有CNKI的E-learning，也可以嘗試嘗試，這個軟體似乎在知識管理方面著力較多。

如果你真的想花時間仔細對比一下各個軟體之間的區別的話，Wikipedia的這篇文章是很好的開始：Comparison of reference management software

總之，大的原則是：如果你意識到以後要在「閱讀文獻的道路上一去不復返」，莫不如一開始就對自己需要涉獵的文獻進行頂層設計，不要等硬碟里亂成一鍋粥了再開始：

檢索（訂閱）、收集、整理、閱讀、標註、再利用等等——這個應該是管理使用文獻的完整流程，從這幾個角度去考慮如何設計自己的文獻體系。

檢索階段，要做到熟悉自己領域常用資料庫的檢索技巧、數據結構。說的這麼複雜，實際就是對資料庫文獻的元數據、組織形式做到心裡有數（例如，文摘資料庫一般都會提供標題、作者、期刊、摘要等信息）。實際文獻管理軟體在管理格式化的文摘（Abstract）方面是強項。直接向軟體導入檢索結果列表是最為高效的方式！真的需要看全文的話，再去獲取全文。
收集。承接第一條，從大型文摘資料庫獲取文獻是管理起來最為順手的方式：不管是通過RSS訂閱還是主動檢索，都可以嘗試——這個也可以算是主動、格式化地探究你感興趣的話題的方式了。
整理。對於收集到的文摘（文獻），勤於整理，絕不積壓：有價值的保留，無價值的直接捨棄，對保留的文獻建立主題屬性、文章屬性等等的標籤雲（Readcube支持此功能）。當然，如果你做到了收集的文摘基本都是來源於資料庫的，那麼這步就可以省略了：再傻的軟體也支持對格式明晰的文摘進行檢索，隨用隨查就行。
閱讀、標註、再利用就不多說了。（Readcube甚至可以對你在PDF內創建的批註進行檢索）

收集文獻不要貪大求全，染上囤積癖。對於自己的領域，要清楚核心期刊、核心作者（thought leader)、核心機構，有針對性、有選擇性的去收集高質量的文獻（這個話題會牽涉文獻計量學或科學計量學的內容，有興趣的可以了解一些基本概念，對於收集文獻、儲備領域知識、辨別前沿進展的效率是有提升的）

自己在用 Zotero，因為是瀏覽器插件所以跨平台沒問題，有 Firefox 插件版和 Standalone 的客戶端版（配合 Chrome 瀏覽器插件使用），收集文獻的流程基本流程就是在 paper 的網頁上點抓取，Zotero 會自動下載全文（如果有許可權）、生成條目、按照預先設定的規則重命名存在硬碟里或者用網盤同步。文獻庫可以導出成各種格式，也可以直接與 Word 結合使用。另外還支持用 html 寫簡單的筆記。如果用的話再推薦 Zotfile 這個 Zotero 的插件，有很多增強功能，比如抓取 PDF 文件的目錄附在條目下。

實驗室的同學基本都是 Endnote（非正版），但是看他們這幾天折騰在 Word 中的插件，實在是讓人崩潰。

另外樓上同學給出的 Wikipedia 鏈接里 Zotero 幾乎所有項都是 Yes，基本功能還免費，實在不能更良心了。

用過Endnote、Zotero、Mendeley、Noteexpress，嘗試過Docear。但是最終還是選擇了Zotero。

Endnote：功能是最強大的，尤其是配合web of science使用，非常的方便。在用Web of science查找文獻時可以提示你哪些文獻已經存儲在你的題錄裡面。可以存儲1000000個題錄，存儲空間無限。並且對於PDF的支持也非常強大，可以自動分析PDF文件，然後更新題錄，有很多雜誌的模板可以參考，最大的優勢是有很全的雜誌題錄樣式，是其他的軟體不能比的。可以和其他人分享題錄。其他的功能自己開發，總的來說對得起這個名聲。但是缺點是不能很好的做筆記，雖然可以添加一個Notes欄位，但是那個欄位並不怎麼方便，因為學校沒買，需要破解，用的很少。不能添加標籤。
Noteexpress：中文做得最好的，想要的功能基本上都有，很齊全，筆記功能，標籤功能，還可以旗幟。有一個國人喜愛的功能就是可以顯示雜誌的影響因子。但是對於PDF的識別能力很不好，總是識別錯，而且更新題錄有時候很麻煩，還要選擇資料庫等等才能更新題錄。出了在做筆記和標籤方面相較於Endnote沒有優勢，對於中文支持很好。不能分享題錄，網路功能很差。
Zotero：我的最愛，可以做筆記，彌補了Endnote的不足，識別PDF能力很好，最方便的是安裝瀏覽器插件以後可以非常方便的將想要的文獻題錄保存下來，比如在web of science上的所有題錄或者是某個雜誌的文獻頁面，更BUG的是竟然還可以自動下載PDF（有許可權的情況下）。可以和別人分享題錄。在我看來是無可挑剔的，對於不能添加旗幟的問題可以自己添加標籤，然後對作為旗幟的標籤標識成不同的顏色。Zotero自己可以通過關鍵詞等等創建標籤，也可以自己添加標籤。跨平台，有獨立版。註冊提供300M空間，不夠可以再買空間，只保存題錄夠用了，但是想同步的話可以遷移數據，指定文件夾，將文件夾拷走哪裡都可以看，將Zotero的數據文件夾直接同步到同步盤裡。不僅如此還可以保存博客、維基百科等等，很強大的只是管理工具。支持很多類型的題錄的導入，可以導入rtf文件裡面的文獻題錄，如果別人只給你了rtf題錄，可以直接用他來導入。社區很活躍，我在社區問了一個問題，在不到十分鐘內就回復我的問題了，真的非常感動，作為免費軟體做成這樣也是拼了。最重要的是免費，如果是研究人員，尊重別人的知識是種美德，尊重版權更是美德，使用正版軟體很重要，只有你尊重了別人的知識別人才能尊重你的知識，學校更應該這樣，杜絕提倡使用盜版軟體。
Mendeley：用的時間不多，但是相對與前面的幾個一點優勢都沒有，所以放起。
Docear：功能很多，學習成本太大，放棄。

不管選擇什麼，適合自己的才是最重要的，同時建議大家尊重版權，像Noteexpress每個高校基本上都買了。首先你想想自己想要什麼樣的功能，再對應著找就好了，不過相信zotero完全能滿足你的要求，作為免費軟體超出了預期，如果是學生建議考慮採用。就寫這麼多，剩下的想到了再補充。

更新：zotero可以用堅果雲同步，同步裡面不要選擇zotero自己的伺服器，選擇webDAV，然後註冊個堅果雲或者其他任何支持webDAV的網盤，一個月1G的上傳流量感覺輕鬆夠用，我一直是這麼同步的，解決了我的文獻同步問題。發一個zotero的教程地址，有很多資源：Zotero（1）：文獻管理軟體Zotero基礎及進階示範

「文獻管理軟體這麼多，我究竟該用哪一個？」

這是每個科研工作者都會碰到的問題。據不完全統計，目前文獻管理類軟體至少有幾十種。其中，主流的有以下幾款：Endnote、Mendeley、Zotero、Papers等。初看來，這幾款軟體的功能都差不多，難分伯仲。在各大學術論壇和網路媒體上有些比較，但是大多不夠系統、或者個人偏好明顯。為了方便各位選擇，小編將從各個方面出發，比較這些軟體。根據這些比較，各位可以根據要求選擇適合的文獻管理軟體。

一、綜合比較：PDF識別和信息提取

目前，文獻多以PDF格式保存和傳播。所以文獻管理軟體對PDF的識別和信息提取能力必須足夠強。目前，Endnote、Mendeley、Zotero、Papers都具有PDF信息提取能力。本期內容，小編以不同出版時間的英文文獻、中文文獻、專利和書籍（都為PDF格式）為例，來考察各大軟體的提取能力。

在對比之前，簡單介紹軟體是如何實現PDF信息提取的。一般分為三步：1. 如果PDF文件帶有元數據信息，軟體就可以直接提取信息；2. 如果PDF文件沒有元數據，軟體可以檢測PDF文件，尋找文獻DOI號、專利號、或者ISBN號，然後通過網路檢索文獻信息；3. 萬一PDF中DOI號都沒有，部分軟體還可以直接從PDF中提取文題、作者、頁碼等信息。注意：很多軟體通過Google Scholar來檢索文獻，而國內有無法連接Google Scholar，從而導致軟體的PDF識別能力大大削弱（以下對比是在沒有翻牆的情況下測試）。

1. 主流英文期刊

因為平時閱讀最多的是英文文獻。本節選擇了不同時期的JACS文獻（2015、2004 、1993 、1983）為例。

a. Endnote：如圖1，僅能自動識別出2015年文獻、而04/93/83年發表文獻均未能識別。

圖 1

b. Mendeley：全部識別，信息全面，包括文題、作者、頁碼、雜誌名等，如圖2所示：

圖 2

c. Zotero ：能識別2015/2004年文獻，無法識別93/83年文獻。注意：導入文獻時，Zotero並不能像Endnote一樣自動識別，需要選中文獻，右擊選擇「重新提取元數據」。提取結果見下圖3：

圖 3

d. Papers: Papers能識別2015/2004/1993年文獻，但無法識別83年文獻。如圖4所示;

圖 4

2. 中文文獻

雖說大多中文文獻都很水，但偶爾也還是會看看。特別是博士論文，對於了解一個陌生領域有一定幫助。以上者四款軟體都是國外團隊開發，中文識別能力怎麼樣呢？我們先看看測試結果。如下圖5 - 8。

圖 5

圖 6

圖 7

圖 8

幾乎全軍覆沒，要麼是根本無法識別、要麼是亂碼、最多也就提取個標題。Zotero的中文網頁的提取能力雖然強，但是對中文PDF也是愛莫能助。即使翻牆，這些軟體對中文PDF也毫無辦法。所以對於中文文獻，只能手動碼字了。如果你平時中文文獻看的非常多，請關注我們後期會推出的Noteexpress或者醫學文獻王。

3. 專利的識別能力

除了期刊文獻，科研工作者還會閱讀大量專利文獻。有時專利的及時性要比期刊更好，這是因為在發表文章之前，作者都會先申請專利（專利相關內容請到我們專利專欄查看）。各大文獻管理軟體對專利的鑒別能力如何呢？

a. Endnote：如圖9，毫無鑒別能力，多次reference Update無果。

圖 9

b. Mendeley ：3篇US Patent中識別出一篇。如圖10所示。

圖 10

c. Zotero ：在沒有翻牆的情況下，Zotero對Patent也毫無識別力。如圖11所示：

圖 11

d. Papers：對於專利Papers也是沒什麼識別力。如圖12。

圖 12

4. 書籍識別力

除了期刊文獻和專利，平時閱讀最多的當屬各類專業書籍。現選擇兩本PDF格式英文書籍為例。

a. Endnote: 兩本書籍都未能識別，如圖13所示：

圖 13

b. Mendeley: 成功識別兩者，但其中一本（CRC）信息不全。識別出書名和作者，但是頁碼有誤。如圖14所示：

圖 14

c. Zotero: 識別一本，未能識別出CRC Handbook of Chemistry and Physics。如圖15所示;

圖 15

d. Papers:兩本書籍都沒能識別。如圖16。

圖 16

通過以上四大比較，各大軟體的PDF提取能力一目了然。從類別來分析，他們的期刊文獻的提取能力都很強，但對於專利、書籍的提取能力較弱，對中文期刊則毫無辦法。各軟體的綜合評分如下：Zotero（VPN）~ Mendeley &> Zotero ~ Papers &> Endnote 。

當然選擇一款軟體不僅僅要看其PDF的提取能力，小編將在後期內容陸續從其他方面對各個軟體進行逐一介紹。敬請期待哦。

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二、Papers的使用與特點:

A. papers基本功能介紹

1. 文獻識別與整理：

Paper的一大特色是可以從PDF原文抓取文獻信息，比如你從電腦端拖一個pdf格式文獻放到Papers中，軟體就能夠自動識別文獻信息，如標題、作者、年代。文獻分類簡潔明了。當你把你平時文件夾里的文獻分類拖到Papers里，頓時感覺清爽不少，井井有條，各種信息，一目了然。部分年代比較久遠的文獻，如圖片格式PDF，Papers無法識別。如果無法識別，有兩種解決方式：a. 通過軟體中Match功能（選中文獻，滑鼠右鍵，下拉菜單中有match），搜索該文獻，如果發現對應的文獻，添加即可。b. 可以在右側屬性區域手動編輯。另外：Papers似乎無法識別專利信息（有待加強）。

2. 文獻閱讀與標註：

Papers內部即可打開PDF，Word等格式文件，但主要針對PDF文件。閱讀模式下，Papers就相當於一個文獻閱讀器。Papers的文獻閱讀功能比較強大，基本可以滿足日常需求。最突出的特色是標註和筆記功能很強大。還有一個很好用的功能，看完之後可以根據文獻重要程度進行評級。

3. 文獻檢索功能

Papers內置二十多個常用資料庫，化學相關的Web of Science、Google Scholar等都包括在內。輸入一個詞條，眾多資料庫同時搜索（老師再也不用擔心找不到文獻啦！）。如果是你有下載許可權，就可以直接下載PDF文件。但是因為國內對谷歌的封鎖，所以谷歌學術無法成功實現搜索，真是一大遺憾。

4. 文獻引用

Papers並不是通過Word插件的方式來引用文獻，而是通過彈出窗口的方式添加文獻。在添加文獻之前請在papers的屬性中設置好引用格式。寫作過程中，需要插入引用文獻時雙擊鍵盤control鍵，會彈出小窗口，搜索所需要文獻插入即可。對於Papers引用格式的全面性，小編我還沒有認真考察過，求大神指點。

B. Papers中如何實現多終端的互聯

互聯網的移動化正在逐漸成為主流，眾多文獻管理軟體也紛紛開發互聯功能。最早期是實現瀏覽器和軟體的互聯，後發展為與智能移動設備的互聯，最近又發展出與各種雲服務的互聯。本期內容分享在Papers中如何實現多終端的互聯。

1. Papers與瀏覽器互聯

雖然多數文獻管理軟體都具有在線文獻搜索功能，但是主流的文獻搜索和瀏覽方式依舊是通過瀏覽器（個人觀點，沒有統計）。兩者常通過插件的方式相關聯。以Chrome瀏覽器為例，在「 Chrome網上應用店」中搜索Papers即可找到相關插件，如圖1所示：

圖 1

按照步驟安裝，瀏覽器右上角會出現Papers插件圖標，如圖2所示。

圖 2

瀏覽到感興趣的文獻時，點擊Papers插件、並添加到Reading list（初次使用時，需要登錄），如圖3所示。

圖 3

添加完成後，在Papers軟體的Reading list里就能找到相應的文獻，如圖4所示：

圖 4

這一功能非常實用。平時可以用熟悉的瀏覽器來閱讀和搜索文獻，發現感興趣的文獻導入到Papers軟體中以方便管理和再次閱讀。

2. Papers與iPad、iPone互聯

隨著智能移動設備的迅猛發展，越來越多的人開始在移動設備，如iPad，上瀏覽文獻。本人就很喜歡在公交車上用iPad看文獻。Papers已經推出iPad版和iPhone版。通過雲盤即可實現文獻的多終端閱讀。Papers官方推薦的雲盤是Dropbox，但是很遺憾國內Dropbox無法使用。此外，Papers還支持以下六大雲盤：

Box
Google Drive
iCloud
OneDrive
SugarSync
Network file shared

同步的步驟如下：

a. 在雲盤文件夾下創建Papers Library，如圖5。

圖 5

b. 按照要求輸入相關信息並登錄，圖6。

圖 6

在該資料庫中的文獻都可以通過雲盤導入iPad（前提是iPad上也安裝有Papers和相關雲盤）。

3. 創建Shared Collection與朋友們分享文獻。

a、在Papers軟體中創建共享文件夾（File - New Collection - Shared Collection）。

b、將需要共享的文獻拖到該欄中。

c、右擊Shared Collection，有多種分享方式。如圖7所示：

圖 7

每個Shared Collection都對應一個URL。只需發送該鏈接給朋友。他們通過這個URL即可下載文獻，如圖8。

圖 8

為什麼是半個贊？雖然這些功能的出發點好。但是國內的朋友用起來不是很方便。國內Chrome瀏覽器無法打開網上應用商店，Dropbox也不好用。這些方面有待加強。

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C. Papers如何實現參考文獻的插入？

從參考文獻插入角度分析，Papers與Endnote的最大不同之處在於其與Word的結合方式（這裡默認使用Word作為編輯工具）。Endnote是在Word中直接生成一個模塊，成為Word的一部分。這樣做的優點是兩個的結合更緊密，更一體化。缺點是導致Word更加臃腫、且很有可能導致Word運行緩慢。而Papers是通過彈出窗口的模式實現與Word的結合。顯然這種方式對Word自身的運行影響很小、但同時協同性就沒有Endnote好。插入文獻的具體操作方式如下：

1. 打開Papers Citation功能（在第一篇Papers內容里已經介紹）。

2. 設置參考文獻統一格式，雙擊鍵盤Ctrol鍵，在對話框中選擇Select Type。如下圖所示。目前Papers中提供8000多種文獻格式模板（來源於CSL）。

3. 在Word中找到指定文獻引用處，雙擊Ctrol，出現如下圖所示對話框。

4. 在對話框中輸入關鍵詞搜索所需文獻。（簡潔明了）

5. 雙擊相關文獻，出現下圖所示對話框。

6. 選擇Insert Citation，即可插入文獻。如果需要同時插入多篇文獻，則點擊Search Other Papers，然後在搜索欄繼續搜索，找到目的文獻，雙擊。以此類推。找出多篇文獻後，點擊Insert Citatation。如下圖所示。

7. 全部文獻插入完成後，雙擊Control。點擊Format Manuscript，在文末生成參考文獻。如下圖所示：

Papers插入文獻的一大特點是在插入文獻並不立即在文末生成相應的參考文獻。修改時同樣。只有手動選擇Format Manuscipt才能更新參考文獻。就如同Endnote中的Update Bibliography。

在介紹Endnote時我們已經介紹過，因為軟體的智能程度不夠，所以常常需要手動修改參考文獻的格式。比如期刊名縮寫。在Papers中同樣可以修改。方法如下：

打開Papers，找到相關文獻，在右側信息區找到文獻名，左擊出現如下圖所示對話框。其中即可添加和修改縮寫模式。

總結：

從功能性來考慮，Papers確實可以勝任文章中參考文獻的插入與管理工作。但不得不承認其與Endnote比，仍有一定差距。比如我在Papers中沒有找到分節插入文獻的功能，而這一功能在寫畢業論文是必不可少的（如果有哪位發現有這項功能，請在評論區指正，謝謝）。對於參考文獻細節格式的設置，Endnote要詳盡的多：如作者名的顯示方式、標點的設置。Papers中創建新的文獻格式也更加複雜。

三、Endnote的使用與特點:

A. 個人文獻管理與文獻檢索

在文獻管理和文獻引用管理領域，Endnote一直霸佔著老大的位置。能成為老大，必有過人之處。小編將分兩至三期內容向各位介紹Endnote。Endnote有三大功能：1. 寫文章和論文時，管理參考文獻（很強大）；2. 個人文獻管理； 3. 文獻檢索。本期內容介紹後兩項；下期內容專門介紹第一項。

資料庫的創建與分組的建立

打開Endnote界面如圖1所示。

圖1

對於初次使用者，你需要新建一個Library：依次選擇File - New，在彈出對話框中選擇一個文件夾存放資料庫。新建Library完成後會在該文件夾中生成兩個子文件，如圖2所示，一個是資料庫文件，另一個是附加文件夾。附加文件夾的作用是存放每篇文獻所對應的附加文件（如果有的話）。

圖2

資料庫建立完成後，返回主界面，如圖3所示。主界面大致分為三個部分：左側區域為分組和搜索區；中間顯示文獻詳細信息；右側為摘要、全文以及附加文件顯示區。

圖3

作為一個科研工作者，文獻閱讀量在與日俱增。幾年下來，個人文獻庫中文獻數量達到幾千篇，甚至上萬篇，所以文獻分組必不可少。選中主界面左側My Group標籤，右擊創建子Group。也可以通過軟體頂部Group選項卡來設置分組。本例中設置分組名為Quantum Dots（一直沒有發現如何在一級分組下再創建二級分組，比如在Quantum Dots分組中創建一個子分組CdSe，請高手指教！）。

如果想改變主界面的排布方式，比如將右側的摘要、全文等信息放到下部，請點擊主界面有下方的Lay out圖標，如圖3所示。

文獻的導入

Endnote中文獻的導入方式也可以大致分為三類：直接輸入、PDF導入、網頁導入。

&<1&> 直接輸入：依次選擇Reference - New Reference （或者「單擊New Reference 圖標」再或「Control + N快捷鍵」）。出現如圖4所示對話框，

圖4

根據對話框中要求填寫信息即可，不用填寫全部信息，能夠區分辨別就好。注意：在輸入作者姓名時，每位作者要佔一行，如圖4所示。

顯然，手動編輯很麻煩。一般也只有在萬不得已的時候才手動直接輸入。較為常用的是後兩種方式：PDF導入和網頁導入。

&<2&> PDF導入：依次選擇File - Import。在Import目錄下有File...和Folder...兩種方式，分別表示導入單個PDF文件和PDF文件夾。本例中選擇File...，出現如圖5所示對話框。

圖5

注意：如果要導入PDF文件，記住要把第二行的Import Option欄改成PDF。

導入PDF後，Endnote能夠自動獲取文獻信息並排版好，非常方便。但是也有部分文件無法識別，需要手動添加這些信息。

通過PDF方式導入的文獻，其全文都呈現在主界面右側附件文件欄。如果想要添加附加文件，請點擊右側全文PDF旁的回形針形狀按鈕添加附件，如圖6所示。

圖6

&<3&> 網頁導入

網頁導入也是常用的導入方式之一，在各大資料庫和期刊主頁都能夠看到Download Citation之類的標誌。點擊該標誌，並選擇Endnote格式下載。再通過File - Import即可導入。現在許多期刊能夠能夠直接將引用信息導入到Endnote，免去了下載再導入的過程。下面以從知網導入參考文獻為例（圖7 - 9 ）：

圖7

圖8

圖9

文獻檢索

Endnote已經內嵌多種資料庫，在軟體內就可以進行搜索和查找文獻。首先在主界面左側搜索區選擇所需資料庫，然後展開搜索窗口，根據要求搜索即可，如圖10所示。

圖10

現在各大數據管理軟體都內嵌各種資料庫，可以實現搜索，並下載全文。但是個人感覺這一功能有點雞肋。在搜索文獻的時候，我還是會選擇通過瀏覽器到某一資料庫或者某期刊主頁去搜索。首先，因為平時我的瀏覽器基本上都是打開狀態，通過標籤進入常用資料庫和期刊主頁很方便，所以懶的去打開Endnote搜索。其次，國內的各種封鎖和限制，這些文獻管理軟體與資料庫的鏈接並不流暢，檢索起來常常不如人意。比如谷歌學術，需要各種代理才能瀏覽， Web of Science需要登錄等等（好像我扯的有點遠了）。

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B. 參考文獻的插入

Endnote雖然是一款文獻管理軟體，但其文獻引用功能卻最為常用。本期內容從實例出發，介紹如何插入引用文獻。

如果電腦安裝了Word和Endnote，Word中會自動添加Endnote插件，如圖1所示：

圖 1

建議在文章主體部分完成後再開始一一插入文獻。步驟如下：

1. 選擇投稿論文格式，鎖定插入位置：

圖 2

2. 選擇文獻，並插入。（注意：點擊下圖中Insert Citation圖標的下角標可以實現多種類型的導入，比如Insert Selected Citation等）

圖 3

3. 依據相同的方法依次插入文獻。插入完成後如圖4所示。

圖 4

這種導入文獻的方法比較簡單。當然，也可以先選擇插入位置，然後點擊」Go to Endnote「鍵回到Endnote界面。找到參考文獻直接導入。如下圖5所示：

圖 5

Endnote中的基本文獻導入方法就是這麼簡單。但是，因為Endnote還不夠智能，而各期刊對投稿論文的格式要求又非常高，所以需要逐條檢查參考文獻並修改格式。舉例如下：

上文中，我們以JACs的格式排版了參考文獻。但是很多參考文獻的格式不滿足JACs的要求。比如JACs中參考文獻的期刊名要縮寫，但上圖4中參考文獻9顯示的卻是期刊全名（這是由於在下載這篇文獻的時候沒能下載相應信息，此處為期刊名稱縮寫）。修改方式如下：

1. 回到Endnote，找到指定參考文獻及其文獻名，右擊、依次選擇「 Open Term Lists 」 — 「Journals Term List」，如圖6所示。

圖 6

2. 打開對話框之後，選中期刊名，點擊Edit Term..., 在縮寫框內填入相應縮寫，如圖7所示：

圖7

2. 修改完成後，點擊「Update Citations and Bibliography」。如圖8所示。

圖8

期刊名的修改只是眾多細節的一個方面。還有期刊頁碼的顯示方式、作者名縮寫方式等。建議先仔細閱讀投稿期刊的細節要求，再逐條檢查。

有些期刊要求將參考文獻放到腳註中。方法很簡單：首先在Word中添加腳註，然後按照同樣的方法來插入文獻。如圖9所示。

圖9

PS：本文分析實例來自浙江大學范傑老師課題組的文章：J. Am. Chem. Soc. (2010) 132, 9596-9507.

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相比於投稿文章，畢業論文參考文獻則更加複雜。本期內容介紹如何利用Endnote來管理畢業論文參考文獻。主要分為兩大部分：1.如何分章節插入參考文獻？2.如何新建或修改參考文獻導出格式？

如何分章節插入參考文獻？

畢業論文分為多個章節，每一章節的參考文獻位於該章的末尾，而並未位於整篇論文的末尾。具體設置步驟如下：

a. 圖1中所有參考文獻位於整篇論文末尾處。

圖 1

b. 在第一章的末尾處設置分隔符，如圖2。

圖 2

c. 切換到Endnote軟體，在Edit – Output Styles 欄中選中相應的Style，然後在Section選項中選擇分章節顯示參考文獻目錄，如圖3所示。

圖 3

d. 設置完成後，在Word中更新參考文獻即可，如圖4所示。

圖 4

如何設置參考文獻的導出格式？

Endnote中內置了絕大多數期刊的參考文獻格式模板。對於畢業論文，因為沒有固定的模板和格式，所以我們不得不手動設置參考文獻格式。請在寫畢業論文之前，到學校相應網站下載詳細的畢業論文排版要求。根據格式要求可以在Endnote中建立相應的參考文獻輸出格式。輸出格式的設置方式有兩種：一是直接建立新的排版格式（Edit – Output Style – New Style）。二是在已有的某種導出格式基礎上修改。建議選擇第二種方式（簡單，省力）。具體設置步驟見下圖：

圖 5

圖 6 （通過Edit - Output Style - 打開該圖所示對話框）

圖 7

圖 8

圖 9

圖 10

圖 11

圖 12

圖 13

圖 14

圖 15

圖 16

圖 17

圖 18

四、Zotero的使用與特點

A. Zotero的文獻管理能力

在文獻管理板塊，小編陸續向各位介紹了Endnote和Papers。兩者有諸多相同之處，但又各具特色。Endnote如經驗老道的霸道總裁；Papers是充滿藝術氣息的文藝小清新。

今天，小編將向大家介紹另外一款軟體「 Zotero 」。相比於霸道總裁和小清新，Zotero好比無微不至的貼心暖男。我們將分三到四期內容介紹Zotero這位暖男。為什麼「暖男」？待小編慢慢道來。

首先，Zotero是「羅伊茨歷史與新媒體中心」開發的一款免費、開源的「知識」管理軟體。它的管理能力不僅僅是對於文獻，而是涉及書籍、專利、百科以及新聞。好用還免費，你說暖不暖。

在介紹Endnote時，我們就介紹過文獻管理軟體的文獻搜索功能略顯雞肋。日常的文獻閱讀和檢索還是離不開瀏覽器。最初，Zotero的開發者們就直接從火狐瀏覽器出發，開發出了Zotero插件。很多發燒友為了能夠使用Zotero，特意下載火狐瀏覽器。但是火狐無法在瀏覽器領域一家獨大，所以Zotero又推出了桌面版。小編提醒，使用桌面版Zotero時一定要同步安裝瀏覽器插件。只有這樣才能最大限度發揮Zotero的優勢。

其次，Zotero的網頁端「文獻」信息抓取功能灰常好用！貼心到無法想像。無圖無真相，下面上圖舉例：

1. 當你打開Google學術搜索頁面（如圖 1 ）。瀏覽器的Zotero插件就變成文件夾狀，點擊進入就可以選擇要保存的文獻信息（圖 2 ）。當然這樣功能很多軟體都有, Endnote也可以批量導入。Zotero的強大之處在於它能夠盡最大可能在Google中找到PDF全文，並自動下載。好貼心，有木有！

圖 1

圖 2

2. 很多文獻管理軟體都是國外公司開發，其對中文資料庫和文獻的讀取能力比較弱。Zotero則漢化的很好。下圖三為國內常用的知網。搜索並找到相關文獻，通過插件可以直接單獨或者批量保存。這還不算厲害。Zotero的厲害之處在於其可以識別期刊、論文還是圖書。並可以通過網頁直接讀取相關信息。比如：如果你打開的文獻是一篇博士論文，Zotero插件圖標會變成一個博士帽（有沒有感覺一股暖意！！），輕輕點擊就可以將博士論文的全部信息導入Zotero軟體。

圖 3

圖 4

3. 很難想像Zotero竟然能夠辨識豆瓣網。當你在豆瓣看到一本好書的時候，點擊插件圖標，與該書有關的所有信息都導入到Zotero中（如圖5）。至於如何找到全文，等小編下次再介紹了。對於國外的很多與圖書相關的網站，Zotero也都能很好的識別。

圖 5

圖 6

4. Zotero對維基百科有識別能力，當你通過維基查詢相關詞條信息，可以通過插件可以很和諧的導入Zotero。

5. 對於各類新聞網站，比如Newyork Times等。Zotero統統識別。

對於網頁信息的提取，Zotero已經接近完美。同樣Zotero也可以對本地PDF文件進行識別和信息提取（這一功能和papers差不多）。至於Zotero如何安裝，請見下文：

1. 首先到Zotero官網，註冊帳號。不過國內無法有效註冊。只有翻牆才能出現驗證碼（不得不吐槽一下）。見圖7，圖8。

圖 7

圖 8

2. 下載插件版或者桌面版。因為我不愛火狐，所以不得不選擇桌面版+chrome插件（安裝chrome插件也要翻牆）。見圖9。

圖 9

3. 安裝Zotero並打開。打開首選項，設置相關參數。見圖10，圖11。

圖 10

圖 11

如果需要同步或者共享，可以將根目錄保存到網盤裡。Zotero支持絕大多數網盤。

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B. 利用Zotero來管理投稿論文的參考文獻

上期內容我們簡單概括的介紹了Zotero這款軟體。內容包括：如何安裝Zotero、Zotero強大的網頁抓取能力、Zotero與網盤的結合以及Zotero的簡單發展歷程。不得不再次強調Zotero在網頁和文獻信息提取方面的能力極強。Zotero可以名副其實的稱為一款文獻，更準確的說是，知識管理軟體。我們後期還會就這方面的內容進行更深入的分享。其實，Zotero不僅是文獻的管理方面能手、同時也是管理論文參考文獻的老司機。本期內容將從實戰出發，分三個部分，介紹如何利用Zotero來管理投稿論文的參考文獻。

1. Zotero和Word的結合方式：

在已有Word的前提下，正確安裝Zotero，Word中就會出現相應的插件或圖標。根據不同的Word版本和計算機操作系統（PC/MAC），Zotero在Word中的呈現方式略有不同。請見下圖1：

圖 1a

圖 1b

圖1a為MAC系統下Word2016以前版本下的情況。圖1b為Windows系統下Word中的Zotero插件，具體圖標的功能介紹如下圖2，具體用法我們將在下文一一介紹：

圖 2

2. 根據要求插入參考文獻

圖 3

圖3為一篇待插入參考文獻的論文。先將滑鼠放置於文中待插入文獻處。在Word中Zotero欄下選擇Add Bibliography，彈出如圖4所示窗口，選擇投稿期刊和相關格式（比如期刊名自動縮寫）。

圖 4

選擇完成後點擊OK，出現如圖5所示窗口（與Papers的方式很類似）。

圖 5

在圖5所示對話框中輸入相關詞條即可搜索文獻。選中目標文獻，點擊確認鍵，完成文獻引用。如果論文中同一處需要插入多篇文獻，可以在彈出對話框中依次搜索多篇文獻，然後一起插入，如圖6所示。

圖 6

以上這種通過「搜索窗口」來插入參考文獻的優點是方便、簡潔、免於在Word和文獻管理軟體之間的來回切換（來回切換太多次確實會導致眼花，也很容易導致錯誤）。但這種方式的缺點也很明顯。一旦對文獻信息（作者名、題名、期刊名等）的記憶不準確，就無法、或者多次嘗試才能找到目標文獻。為了解決這一問題， Zotero同時推出了經典引用模式窗口。點擊圖5或者圖6中彈出窗口左側Z字圖標，選擇經典視圖模式，彈出如圖7所示對話框，可以單篇輸入、也可以多篇輸入（從這一點來看Zotero比Papers想的周到）。

圖 7

如果需要修改文中某處的引用，首先將游標移至指定應用位置，然後選擇Edit Citation，出現同圖5所示對話框，即可繼續修改和編輯。

3. 參考文獻引用格式的修改

判斷一個文獻管理軟體在引用管理方面的強大與否，關鍵在於文獻引用的智能化程度。因為你所下載的引用文獻（比如RIS格式文件）、輸出格式以及所投稿期刊的要求格式這三者之間有一定的差異，所以當你導入參考文獻後你會發現，雖然你選擇了正確的輸入格式，但導入的參考文獻中還有很多錯誤，如作者名的縮寫方式、文題首字母大寫與否、標點形式、期刊名縮寫方式等等。需要手動修改的地方越少，說明這款軟體越智能。而Zotero在這方面做的很出色，比如期刊名稱自動根據要求縮寫。實例如下：

本文以JACs作為輸出文獻格式，而JACs要求參考文獻的期刊名為縮寫格式。如果使用Endnote和Papers直接導入，本例中參考文獻2和參考文獻9則無法實現期刊名稱縮寫（這是因為2，9的原始Ris不完整導致）。但在Zotero中可以自動實現縮寫，如圖8所示（請對比如何搞定投稿文章的參考文獻？和用Papers管理Papers中參考文獻2和9的初始格式）。

圖 8

雖然Zotero在文獻的智能化導入方面做了很多工作，但還是需要手動更改一些格式參數。下期內容小編將和各位分享Zotero修改參考文獻格式的幾種常見方法。

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C. Zotero修改參考文獻格式的幾種常見方法

接著上期Zotero內容（Zotero 可能是唯一讓你拋棄Endnote的理由），本期將介紹具體如何根據要求修改參考文獻格式。

1. 插入與修改參考文獻

一篇論文從起初動筆到最終發表，必然需要反覆修改。這些修改可能是邏輯結構的大調整，也可能是語句、詞語的小修改。無論是大改還是小修，參考文獻不得不隨之變動。如果是整句或者整段的刪除，請無視參考文獻，直接粗暴的刪除，最後在Word中用Zotero插件Refresh一下即可。如果需要修改某一處的參考文獻或者在文中某處添加參考文獻，直接將滑鼠放置到指定位置，點擊Edit Citation，再根據要求增加或減少參考文獻個數。

2. 在Zotero中更正參考文獻信息

在導入參考文獻時，雖然選擇了正確的期刊輸出格式，但是生成的參考文獻卻常差強人意。比如沒有終止頁碼，作者縮寫名格式不對，題名大寫問題等等。這些問題多需要手動來修改（上期內容已經提及，Zotero已經能夠實現期刊名稱的自動縮寫）。在下例中（圖1），參考文獻按照Nature格式排版。但是參考文獻4因為沒有出現終止頁（這是因為參考文獻4的原始文件中就缺少終止頁碼）。

圖 1

修改方法：首先在網上找到該文獻的終止頁碼。然後返回Zotero，找到並選中指定文獻，在Zotero右側的信息欄中找到頁碼欄，將終止頁碼輸入其中。如圖2所示。

圖 2

信息補全後，返回Word，點擊Refresh即可。如圖3所示：

圖 3

3. 在Word中修改參考文獻格式

參考文獻信息通過Zotero信息欄修改後，結果自動保存，之後可以隨時調用。但是有時只需要一次性改動，並不想影響後期引用。比如在某一篇投稿論文中需要將其中某一篇參考文獻的格式進行變化。這種情況下，可以通過Zotero中的格式編輯器完成。步驟如下：在Word界面下，點擊Zotero中的Edit Citation ，並展開編輯器。如下圖4：

圖 4

4. 選擇和創建參考文獻格式

在創建參考文獻前，Zotero會提示讓你選擇所投稿期刊。如果在默認的目錄內沒能找到你所要期刊，可以去Zotero Style Repository下載。步驟如下：在Zotero窗口下依次選擇「文件」 - 「首選項」 - 「引用」 - 「格式」 - 「獲取其他樣式」，如圖5、圖6所示。在圖6中搜索你所需要的期刊即可。

圖 5

圖 6

Zotero所包含的期刊數目已經十分龐大，完全可以滿足日常投稿需求。萬一還是沒有你所需要的期刊格式，可以去Zotero論壇搜索（https://forums.zotero.org/）。

如果你想要創建自己的期刊格式，可以去CSL官網（http://citationstyles.org）創建。不過很麻煩，還需要有一點編程基礎（這一點沒有Endnote智能）。

關於參考文獻格式的修改，小編只能幫你到這了。下期內容，小編將介紹Zotero和各種插件的聯合運用。

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D. 「Zotfile插件」 — 讓Zotero插上翅膀！

之前有說過，Zotero一大好處就是開源，免費。而軟體開源的好處是，會有很多技術大拿一起再GitHub上面給軟體寫各種各樣強大的插件。Zotero就是如此，藉助於插件， Zotero戰鬥能力倍增，可以讓大家更為輕鬆自如地學習與管理文獻。

今天，小編就為大家帶來Zotfile這個插件，感受下開源軟體的人性化設計。

2. Zotfile 插件的使用

2.1 安裝

直接進入Zotfile的官網進行下載，得到一個zotfile-4.2.6-fx.xpi的文件。

然後打開Zotero軟體的主界面==&>工具==》插件，將會彈出如下的對話框：

我們選擇Extenstions選項卡，找到齒輪按鈕，點擊出現如上圖5所示的插件安裝命令。此時在彈出的插件安裝中選擇剛下載的zotfile.xpi文件，即可成功安裝插件。

安裝成功後，我們重啟Zotero，在導航欄菜單可以發現多出了一個Zotfile Preferences的

設置項，即可說明安裝成功：

2.2. 自動添加附件

小編必須要吐槽Endnote的地方有兩點：一個是需要下載題錄文件，每次都要在網上下載一個Citation的文件，然後用endnote打開，添加到文獻庫中，另外一個就是手動添加附件，當我們沒有許可權下載全文，比如只能從小木蟲或者偉大的Sci-hub網站上面下載全文時，手動添加附件的重複機械都讓小編抓狂。Endnote必須要在所選題錄上面，單擊右鍵，從長長的下拉菜單中，找到file attachment菜單，然後找到我剛才下載的全文，添加上去，如果有支撐材料，不好意思，請再來一遍。。。文獻下載多的情形下，這幾個機械的步驟重複簡直是對寶貴科研精力與耐心的巨大浪費。然而Zotero+Zotfile徹底解放了我們的雙手，讚歎偉大的碼農工程師的巨大奉獻。

下面就介紹下，利用Zotfile的監視文件夾如何方便地實現手動添加附件。

1. 打開Zotfile的preferences，設置如下圖2中所示的監視文件夾，建議設置為瀏覽器默認下載位置。此處小編的監視目錄為D盤的pdfs文件夾：

2. 設置數據儲存目錄，即你所有的Zotero的附件的總目錄，此處小編用了一個同步網盤的目錄，這個目錄需要注意一下，最好設置為Zotero設置下的鏈接附件的根目錄：

這裡，可能有小夥伴表示被各種目錄的名稱搞暈了。但是只需保證，上兩圖中的數字標號3所指的目錄是一致的，就OK。

注意：安裝完的Zotero是絕對路徑的，需要設置成附件是相對路徑，點擊Zotero軟體的設置即可更改，見上圖中4箭頭所示。

3. 設置好之後，我們就可以享受Zotfile插件帶來的方便了。我們以一篇沒有附件的Zotero條目為例，單擊需要添加的條目，使其處於選中狀態，

然後在到偉大的sci-hub網站上面去下載附件，另存為附件為，上述步驟1.中設置的監視目錄：D:PDFs.

再在完成之後Zotfifle即可監測到新文件，然後在屏幕的右下方，會出現如下所示的對話框：

輕輕地點一下，這個對話框，文件即成功地添加到所選條目的附件了。

2.3 歸類附件PDF與重命名

利用Zotfile插件，我們還可以輕鬆地歸類附件PDF。

而重命名也可以從Zotfile的設置選項卡中找到，如上圖的5.重命名的格式也有很大的自由性，愛乾淨整潔的小夥伴可以自行摸索。

值得說明的是，在所有歸類，重命名規則設置好之後，下載附件後，Zotfile都在點擊右下角的對話框時，勤勞的完成所有工作！！

所以，見識到了Zotero自動抓取文獻信息的方便，以及Zotfile的強大，小編便直接把鑽研學習了五年多的endnote棄了。

2.4 自動提取注釋文本

有些閱讀仔細認真的童鞋們，喜歡在PDF上面做各種高亮，下劃線等注釋，但是有沒有遇到像將重要結論或者寫得很贊的英文語句保存下來的衝動？Zotfile插件也能完美地解決這個問題。

注釋提取支持多種主流的PDF閱讀器，下面以小編用的國產PDF軟體--Foxit reader為例，演示一下注釋的提取功能。

我們從Zotero中，直接打開PDF文件，然後在上面實現下劃線和高亮的標註，

然後，在Zotero軟體界面，對應條目上，單擊右鍵，在彈出對話框選擇「Extract Annotations」：

此時條目下面就會自動新建一個名稱為「 Extracted Annotations 」的筆記文件，如下右圖所示：

很貼心的是，在提取注釋的同時，Zotfile在每條注釋下還創建了超鏈接(見下右圖)，點開注釋文本後面的藍色超鏈接，就可以順利定位到你的筆記位置，大家試想，在讀一篇長達數百頁的綜述，如Chemical Review以及書籍時，可以先做高亮筆記，導出注釋，然後想查閱的時候，直接點擊超鏈接，直達目的頁面，非常方便！

註：目前Zotfile支持的注釋格式為高亮，下劃線以及相應的彈出式注釋。如果有文本框或者波浪線等形式的似乎暫時不支持。舉例如下：

可以看出，彈出式注釋，高亮，下劃線所在的文本均成功地導出，是不是很方便？

貼了這麼多內容，休息下，等有時間再來補充Mendeley和Noteexpress的相關使用方法

備註：本文首發於微信公眾號研之成理（rationalscience）以及知乎專欄：研之成理寫作實驗室，歡迎大家關注！

EndNote Mendeley NoteExpress Papers

這四個都嘗試過，其中endnote是用過一段時間後放棄了，noteexpress和papers都是好奇安裝了後沒多久就卸載了。

papers是看到有人在mac下使用，覺得挺漂亮，找到了linux版本完全不是那麼回事，印象中還有點卡。

noteexpress則是太丑了太丑了……沒錯我就是外貌黨……還有就是那種類資料庫的用法很不習慣。

mendeley是大愛，對pdf的管理相當好，除了有時候自動識別doi出錯需要手動輸入和同步功能有點無法讓人理解，好像有次通過網頁版把文獻刪了一部分（考慮佔用空間），然後聯了網後電腦上的這部分也消失了= =

現在在linux下面用mendeley，把文獻按雜誌分類到不同文件夾並重命名，各種分類啊高亮啊功能都很好用。偶爾切換回windows用word和ppt時，就只用文件瀏覽器的搜索功能，因為看過的文獻基本都有印象，按作者啊期刊啊題目啊翻出來並不麻煩。

文獻管理這個東西，我去聽過幾次課，各種軟體吹的天花亂墜，好像依賴了它就科研能做好似的。自己折騰了這麼久，才發現，適合自己的就是好的，哪怕只是自己整理分類都行。n個師兄不用這些，文獻照念，科研成果照樣亮閃閃。

用Papers有一個月了，正好這個月寫了幾篇文章，把搜索、閱讀、批註和引用的功能都用到了，特地來黑這個軟體。

1. 最嚴重的問題：文獻的元數據導入錯誤。Google學術上導入endnote或者bibtex都可以看到元數據，而在Papers裡面從Google學術上導入同一篇文獻，元數據是錯的。比如一篇文獻在Google學術上的類型是conference，在Papers裡面選擇從Google學術導入，類型是book，而這篇文獻才4頁，請問怎麼會是book呢？Google都已經提供完整的元數據，為什麼Papers連粘貼都能出錯？而元數據出錯，在文獻列表裡面的格式也會跟著出問題，所以這個問題不能忍受。

2. 不能下載文獻。Google學術上提供了幾個PDF鏈接，但是在Papers裡面用Google學術引擎搜索，基本上都無法下載PDF，只會提供一個鏈接讓你購買或者登陸。我目前找了50多篇，只有一篇是能在Papers內直接下載PDF的。

3. 注釋出錯。在文獻內高亮部分文本，然後查看注釋列表，發現列表的內容根本不是我注釋的部分，而是大片大片無關的文字（文獻內其他內容），無法理解。

以上問題我都寫郵件和在論壇提交issue給開發團隊，等了兩周，至今沒有任何回復（除了自動回復說已經收到問題）。在App Store上看看iOS版本的評論數量和評論內容就知道這軟體有多坑爹了。

因為我用LaTeX寫作，所以目前用BibDesk。至少Google學術的「引用」功能只提供endnote和bibtex，就知道哪些軟體是主流了。

我用Mendeley，在同事推薦下用過Zotero。這兩個應該是北美學術圈用的最多的文獻管理軟體了。Zotero感覺沒有Mendeley順手，估計還是自己不習慣。下面的比較很自然的有Mendeley偏向。

對比Mendeley和Zotero：

都免費，Mendeley不開源，已被邪惡出版帝國Elsevier收購。
都支持多平台，Mendeley還有IOS客戶端，通勤或者等人的時候很方便。
都有雲平台同步，有些學校送Mendeley的7G premium account, Mendeley有小組共享雲空間，可以建一個實驗室的文獻庫。
都支持瀏覽器一鍵導入，pdf文件直接導入，DOI識別，都可以自動pdf改名。
都支持bibtex導出，也都支持word和latex。
都支持全文搜索，Mendeley有內置PDF瀏覽器，雖然可以做批註，比較雞肋。
都有些不靠譜的自動文獻關聯，用的很少
Mendely還有些亂七八糟的社交功能，用的很少。
Mendeley以前可以從pdf中提取reference，現在這個功能沒有了，但是很多期刊網站本身有這個功能，所以可以和瀏覽器結合使用，也不是太麻煩。

基本上常用功能兩個都差不多，主要看個人習慣。對我來說Mendeley的最大優勢是iOS客戶端。兩個都沒有可視化bibliography network，據說Mendeley在開發，希望快點看到。

從技術層面來講，做一個文獻管理軟體應該是毫無難度的事情，

然而，在我看來，目前所有的文獻管理軟體都做的很爛，具體我就不吐槽了

迫不得已在一堆爛軟體裡面選一個的話我用EndNote

期待儘快有真正用心做的文獻管理軟體出現，徹底將現在一群歪瓜裂棗趕出歷史舞台

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2017年2月補充一下：

發現國產的NoteExpress也還可以。整體功能沒有EndNote多，但也有一些特色。

EndNote最近發布了X8，但比較令人失望，沒有什麼實質性的進步，都是一些小修小補。

有這個技術基礎的朋友真的可以考慮涉足這一領域，可以和我聯繫，哈哈。

Comprehensive Comparison of Reference Managers: Mendeley vs. Zotero vs. Docear ? Docear

雖然這個網站是其中一家之言

我也算用過不少文獻管理軟體了，EndNote、Mendeley、Zotero、NoteExpress、NoteFirst……經典的和新出的都用過，各有特色，但沒有一個是真正能滿足要求的。

比如對付CNKI資料庫，外國軟體的確不大好使……

由於我的大多數文章是用LaTeX寫，現在感覺還是用BibTeX題錄格式搭配Zotero方便點（Zotero的網頁插件真心強大），另外偶爾用NoteExpress批量整理CNKI的題錄（前提是有教育網，一定程度上，NoteFirst與NoteExpress可以形成互補）。

Mendely的PDF自動識別很強大，可是說實話文獻還得一篇一篇整理，才有收穫，另外它的識別也不完全正確，後期還得自己校對，怪麻煩的，而且被收購後越來越偏向社交功能，已經不是單純的工具，於是就不用了。

至於PDF文檔的存放與管理，一開始我是用軟體的自動歸檔，後來發現還是自己建立文件夾，分門別類，這樣實際用著最順手。

總之，工具只是輔助，不要被工具牽著走。

首先我先說一下我的答案，你如果是主要管理中文文獻，還是用noteexpress吧，但是如果是管理英文文獻，建議使用其他管理工具，還有就是如果是不差錢,推薦readcube，你如果是個屌絲理工男，我推薦還是用mendeley吧

Endnote破解版，各種不靠譜出錯，收費的不清楚了。。。

Mendeley一直在更新，watch folder很好用，操作簡單，上手容易。

readcube很好，很強大，但是免費版沒有watch folder。

Papers蘋果用戶有錢極客，用papers還是不錯的

目前用endnote。。。畢竟對於我來說僅僅是插入參考文獻而已，。，，

推薦使用新版的cnki e-study

docear一直持續使用了下來，說說吧，沒有比較沒有鑒別

docear似乎可以看做兩個軟體的深度集成。freeplane和jabref

我理解核心在於思維導圖，利於整理思路、整理文獻。有了這個圖，找文獻就是在圖中找節點，而不是列表中找某一行，似乎更直觀方便。更重要的是一些自己的想法點子、文章的主要思路、章節結構、關鍵的公式、圖標圖形等等，也能在圖中直觀體現，甚至某個程序源文件，也能實現文獻的「快捷方式」。

docear和XchangePDFviwer配合不錯（主要是因為，後者是我知道的功能最豐富的免費軟體），自動導入書籤、從節點跳轉到瀏覽pdf對應段落等等，但是高亮批註等等會在導圖裡造成干擾，還得刪除。docear節點上編輯似乎還能向pdf書籤同步，不過兩個軟體之間還是缺乏「協調」，若是同時打開，docear直接向pdf寫入的操作會被拒絕，而不是docear假手pdf閱讀器實現

別的軟體僅限於excel一樣的文獻管理，就和思維導圖沒門了。當然還有很多獨立的思維導圖軟體，可是這些軟體和文獻管理也沒關係。有沒有什麼別的思維導圖軟體和什麼文獻管理軟體之間能夠實現協同鏈接、跳轉呢？沒聽說

不過只能實現樹結構，額外的連接看起來容易顯得很亂。

雲節點我使用的比較少，似乎想像不出有多大價值。

而且我懷疑，別的工具下文獻的分組、關鍵字也幾乎可以同樣有效的實現思維導圖對於文獻的分類，docear的價值僅限於「直觀』了，當然是各種直觀

我使用的也僅僅是docear功能的一部分。例如一些圖標就沒有用過。

可惜docear自己引用的bib引擎似乎不支持漢字，顯示全是方框。曾經試圖使用別的支持unicode的bib引擎自己替換，結果原理不清楚沒有成功。不過，docear4word使用的時候能夠正確顯示、插入。編輯latex公式的時候，編輯器不能顯示漢字，但是調用的latex引擎能正確渲染並在節點輸出顯示。

這個……不會是我字體庫的問題吧

再者，docear4word這個小工具配合下，windows平台的使用相當便利

另外docear最不與時俱進的一點，是網路化不夠。別的在網頁上點擊bib信息就能納入文獻庫，docear需要一步步手工添加。

docear最大的腦殘設計是管理pdf以及其他資源的時候使用了大量的絕對路徑，我這樣拿著移動硬碟四處流竄的傢伙就很不爽。造成的結果之一，就是這個軟體號稱是win、linux雙平台的（java編寫的），但是絕對路徑就讓你不能在雙平台上使用你的數據、繼續你的研究。官方給出了修改成為絕對路徑的方法，太tmd的hacking了

實際上docear自己包括了一個java的運行時、一個基於java的超輕量tex公式引擎。而純粹的Jabref、freeplane則是小很多的

另外，docear號稱能作為編輯工具，將思維導圖輸出成為多種文檔，包括word的doc、openoffice的odt、以及tex。不過這似乎是個擺設。輸出的doc、odt在內容上竟然不同，有多有少；輸出tex，稍微複雜的圖就會語法非法。然後就是煩躁的編輯格式、檢查……

docear的bib文件似乎有方言的嫌疑，別的軟體導入總有問題。現在我看待docear是too big to fall，docear的吸引力已經在減弱，可是完全轉換平台付出的代價也不願意接受。不願意搞半天就是為使用一個工具

我之前也在用endnote但是為什麼，我過了幾天用的時候，插入文獻到Word中，總是崩潰了Word啊

Zotero, 實驗室的Linux和家裡的Mac上都在用, 配合dropbox, 強推

Endnote長期使用用戶，有Ctrl+s強迫症，Endnote我最不喜歡的就是一個pdf建一個文件夾，文件夾名同pdf文件名一致，以前沒有注意這個問題，導致有些超長文件名的pdf其實際存儲地址超長，在備份Endnote資料庫時發生文件丟失的現象，現在下載的pdf,caj都習慣改短文件名，目前在備份方面還沒有問題。至於分類，我習慣自建smart group,根據期刊、作者、關鍵詞進行分類，倒也方便，新版有文獻評分系統，可以給喜歡的paper用進行分級。同時可以根據paper數據進行重複性查找，篩除重複文獻。希望數據管理軟體可以支持Endnote的資料庫，速度快些，有Android客戶端。

用過noteexpress，endnote還有mendeley。最後還是選擇mendeley。

因為其功能精鍊實用不複雜，對於文獻數量不是超大規模的情況很好用。

用doi格式化題錄挺方便的。

重命名功能和同步功能很贊。

而且支持linux這一點很重要。

特色就是簡潔!簡潔!簡潔!

怎麼就沒見人說知網的CNKI E-study,

我覺得挺不錯的能識別CAJ格式的，並且能網上存儲5G大小的文獻

寫論文用latex所以只用支持bibtex的

以前在pc上直接用jabref 換了mac後jabref一直自動關閉所以開始用bibdesk和mendely

mendely導入文獻很方便而且有瀏覽器插件，沒有doi的時候自動識別有時不準還是需要手動輸入，youtube上有很多tutorial，好像還支持word。

google scholar的代碼我直接複製用bibdesk從粘貼板導入。我在收集資料的時候一直是兩個一起用，最後整理成一個bib文件，後來開始寫的時候就兩個都不用了。想找什麼直接用Spotlight，新文獻的話直接複製粘貼代碼到latex。。。