自學生物信息學，感覺學的很零散，無法形成完整的體系，應該怎麼辦？

由於研一的瑣事比較多，實驗技能並不是很完備，且對於要研究的課題沒有系統的認知，所以就跟著師兄邊學習實驗技能，邊自學生物信息學，期望著日後能給我paper提提檔次～

和大多數人一樣，都是先拜讀了知乎各路大神寫的建議，買了一堆編程書籍，什麼R語言實戰，perl的小駱駝呀等等，還有鳥哥的linux私房菜，還參加了知乎的live，但感覺學的零里零碎，無法形成對整體的把控和認知。 無奈師門單薄，這方面沒有師兄師姐可以倚仗，也不想輕言放棄，(編程實在是太貴了，捨不得讓它在書架上落灰)希望各路大神可以指點迷津～

---

我把學生信分成三個階段：

第一階段，掌握基礎知識。

基礎知識包括測序原理、Linux、Python、R等，對自己要求不要太高。比如

Linux：會登錄、能複製粘貼、會用編輯器、壓縮解壓，就行了；不要被鳥哥帶跑偏了，他的書是給IT專業寫的。

Python：掌握基本數據類型、流程式控制制、輸入輸出，了解幾個常用的包就行了，甚至子函數怎麼寫都暫且不用關心。

R：R主要是在完成基本分析後用，可以暫時不管。

第二階段，做任務。

做幾個任務，鞏固以下第一階段的知識。比如：

1. 在 Linux 下做個blast，練習一下軟體的安裝、運行、監控，鍛煉下自己看幫助文檔的能力
2. 寫個 python 小程序，統計下 fasta 序列的總長、平均長度，鍛煉python 開發能力。

第三階段，做項目。

將任務連起來就是項目。像 @s Kaelthas 所說的，找一片文章，下些原始數據，重複一遍。裡面用到的軟體方法文檔都找出來學習一下。

遇到問題可以到：Biostarts 搜一搜，通常都能找到答案；有一些比低級的問題可以加我們的QQ群：495105464。

---

趕緊實踐上手，不然都是紙上談兵

---

實踐出真知。

pubmed上搜一篇兩年到一年前的生信文獻，五分以下的就行，文末有SRA鏈接的，下載他的數據照著文章做一遍。

---

看幾篇文章，然後看需要的圖，然後然後看這些圖需要分析的數據，然後看需要的哪些分析，然後看用哪些軟體可以得到這些數據，然後開始裝軟體，然後開始跑軟體，然後開始運行。表示之前大量的時間放在了r出圖。一篇文章搞完了，就有套路了。

建議看一下i-sanger里，多樣性流程，涉及了多樣性分析需要的統計學和軟體。

多樣性: 質控，雙端拼接，代表序列，注釋，biom丰度表，稀釋曲線，物種組成，排序分析(也就是樣本比較，nmds,pca,rda,cca),物種差異比較(各種統計one-way anova, wilconx,k-w秩和，lda判別),畫圖畫圖(graphlan, lefse,gephi,SEM，figtree)

宏基因:質控，組裝，構建基因集，注釋(各種資料庫kegg, cog, cazy, ardb,phi……),差異比較，binning組裝。。。

微生物基因組:質控，組裝，酶切位點，完成圖，...沒做過，不了解

轉錄組:和宏基因組差不多，多了個表達差異基因的查找

蛋白的:也沒做過，以後有機會接觸了再補充

---

在生信技能樹論壇，跟著大神們實戰，

---

omictools網站收集了非常多生信軟體，不需要自己編程，學會怎麼用就可以，注意參數設定有生物學意義，最多寫些代碼建立pipeline自動化處理。

coursera上有很多名校課程，我記得有北大生信課，還不錯，入門值得一看。

其他和別人說得差不多，複製別人的分析，多練習。

---

推薦閱讀：