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學習生物信息學,需要怎樣配置的電腦?


謝謝邀請。

不知道你所說的生物信息學,是什麼範疇?其實配電腦這個事情還是要看你自己的需求。比如你有做高通量測序數據的需求,而且又沒有伺服器,可能就會要求電腦配置高一些。

比如你是想要便捷性,而且同時保證一定的性能,那麼MAC就不錯。

如果你只是想寫寫代碼,那麼什麼電腦都可以。

電腦的配置就這樣,我倒是覺得你應該用linux操作系統。


從PLOB( Public Library of Bioinformatics)看到的,放在這裡供你參考:

NGS分析入門:設置運行環境

首先的問題的是,我們需要什麼樣的計算機。

關於硬體:

  1. 需要至少4G內存,最好可以達到16G以上內存;
  2. 至少500G硬碟空間。通常一個RNA-seq的數據量為20G左右,如果再加上分析之後的結果,可能達到50G,所以即使你有500G的空間,也分析不了幾組數據。所以硬碟空間越多越好,比如說2TB或者使用高速網路存貯界質。
  3. CPU,至少2核。因為你在運行程序時,通常100%佔到CPU,如果沒有2核,計算機多半會假死在那裡。如果有8核,或者以上更好。
  4. GPU,很多程序開始使用GPU運算,如果能有好的GPU顯卡,也是推薦的,但不是必須的。

為了達到以上的條件,入門極的比如說Mac Pro。進階級的就是獨立server,高級的是supercomputer clusters,支持qsub之類的。或者可以購買雲計算服務。

對於操作系統,在工作站方面,推薦Mac OS。它運行穩定,與LINUX同源。需要下載安裝Xcode和wget就可以了。當然你還可以很方便的安裝office辦公軟體,以及photoshop,AI等工具。最後安裝好R/Bioconductor,就可以開始工作了。如果買了兼容機,可以安裝上Linux/UNIX系統。它在安裝上R/Bioconductor之後基本上就可以了。它的缺點是辦公軟體,繪圖軟體的安裝。最差的就是Windows了。需要安裝比如GCC編譯器,make工具,mingw64, perl, zip/unzip, tar, wget, ghostscript等等。

有了軟體及硬體,接下來的工作就是了解一些常識以武裝你的大腦,這是整個運行環境中最重要的一環。首先,你需要學習了掌握UNIX常用命令,並且不反感字元界面。其次學會安裝,設置及構建網路服務,比如apache的websever,以及mysql的資料庫服務。第三安裝及設置一個Galaxy。當然,第二步及第三步可能會有難度,可以先使用Galaxy本身的服務,但是它有很多限制,所以最好還是自己安裝一個比較好。第四步,學習一門計算機語言,比如c, python, ruby, java等,還有一門腳本式語言工具,比如perl。第五步,學習使用R/Bioconductor。第六步,統計學。

至此,你的NGS分析環境就設置完成了。如果快的話,你可以兩三個月就設置完成,達到起步的階段,之後就是漫長的學習過程。慢的話,四年本科也不一定學到多少。

個人目前沒用過Mac,在thinkpad上裝了bio-linux,用著也覺得不錯,題主可以考慮。


謝謝邀請。

隨便一個差不多的電腦就可以。


如果在一個lab或者院所連伺服器都沒有,那就換個地方做生信?

能買Mac就買mac吧,屏幕清晰,拿來直接開始干,不需要配置太多環境


生信專業學生不請自來回答|?ω?`)

如果是考慮編程語言方面的話,無論Python或Perl,還是統計用的R,再者C或C++,其實這些對電腦配置要求都不會太高,市面上能買到的電腦絕大部分都能適配(如果這些東西都適配不了那這台電腦產出來何用(?˙ー˙?))

如果是搞研究要用Deep Learning或者是要用計算機圖形學啥的做效果,會對電腦硬體要求會高些,CPU,GPU啥的

最後再提下操作系統,個人首推linux,其他回答的Mac我表示沒試過_(:з」∠)_其實我自用的是windows系統作日常用,裝了vmware的linux鏡像,用linux系統是因為linux用於處理數據會比較方便,btw,linux有一個發行版biolinux可以說是專為生信的研究開發的,可以試試(??????) ?

第一次回答,歡迎指正(? ???ω??? ?)


普通mac pro或者linux即可

因為處理這麼大的數據 你都是用vm 就是虛擬機來跑

連著超級電腦 所以一般配置就好

我就用著mac air跑打算賭博換太pro 屏幕好 護眼睛


建議蘋果吧,畢竟linux用著比較順手。反正任務都是在伺服器跑,不會用自己電腦跑。


不死機的就行 run什麼都在server上


Mac Pro……後來用的不爽,又裝了一個gentoo


最低自己普通的電腦就可以,跑程序的話截一小點驗證一下就行了,處理一百條序列和一百萬條序列本質上一模一樣,大了就用工作站或者伺服器跑。至於學編程的話,隨便一個電腦都可以。


XPS13


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