如何評價sequel？

01-12

Pacbio新推出的一款新測序儀，結合現在的三代測序儀發展，不知道大家對這款新推出的測序儀有什麼看法呢？
http://www.pacb.com/products-and-services/pacbio-systems/sequel/

---------------------------------------------2016.1.5------------------------------------------

Sequel的革新主要在SMRT Cell上，與RS II最大的不同是，整個光路系統集成在了SMRT Cell耗材里(有相關專利技術)。原先RS II的升級方式是不能動耗材型號，只能升級酶與試劑提升通量，現在Sequel上，可以通過升級耗材來提升通量，即直接通過升級SMRT Cell耗材版本提升zmw密度。目前PacBio對外畫的餅是在2016～2017年間，將人基因組de novo成本控制到3000$。

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提問還邀請我地人，良心大大地壞亞。。。囧

評價的話：意料之中。要說有啥技術上革新么，沒有。當然對用戶，好處大大地，把耗材由原先15W ZMW/cell，提升到100W ZMW/cell(這個提升是有規律的，原先一次樣本建庫的DNA量大約夠上8個cell，咳，現在提了快7倍，我估計是根據這個來的，建庫上保證和原先沒太大變化)，也就是數據量上會提升7倍。體積縮減的原因，不清楚。硬體售價會降，耗材目前還不清楚。有些敏感信息不方便目前透露。

至於分析上，沒變化。PacBio的官方分析流程原理沒有變，在軟體架構上會有一些變化，底層用C/C++重寫，數據格式轉移到SAM/BAM，廢除原先的HDF文件格式(h5)。目前得到一些演算法方面的好消息是ccs生成會比現在準確不少(數據分析上的一些進步，PacBio RS II一樣可以享受到)。想嘗鮮的可以try: PacificBiosciences/pbccs · GitHub

這裡值得八卦的是：目前為止Nano pore相關數據分析演算法與思路，很多都是搭著PB的順風車。現在PB放的改進，恰恰是針對Nano Pore無法改進的死穴來強化。個人有些懷疑是否有意or下意識的為之。。。

再補充些應用上，這個改進機型可能帶來的改變。很顯然，受益最大的是兩塊（因為對於通量和ccs準確率最為敏感）：

1. 基於PacBio的宏基因組分析。目前，PacBio做宏基因組的優勢在於可以測16s rDNA全長，做到區分到種，二代這種只能測某些可變區的，只能區分到屬。PacBio目前的缺點，一是成本，二是一個Cell的通量大約只能檢出最低0.1%的OTU（這是個比較保守的估計值）。升級通量以後，應該能上0.01%。

2. ISO-Seq。ISO-Seq可能會取代目前外顯子組的一部分市場。它的優點是測的是RNA，也就是當前活動的Gene，除了call這部分的SNP以外，還可以直接讀出可變剪切與融合基因。當然缺點也是因為RNA，會受到丰度的影響（測到的大部分是高丰度、轉錄本偏短的基因）。外顯子測序可以低廉地測得所有Gene的SNP，是它的一個優點，對於這塊累積SNP數據也是有價值的。羅氏已經有對於長片段的RNA捕獲產品，但還需要時間，目前缺少可以鼓吹的成功故事。

對於測序這塊的進展，我覺得保持平常心看待比較好，不需要被媒體文章搞的一驚一乍的，再炫的技術離生活都很遠，我個人只認可測序作為數據積累階段的工具，而並非最終的產品所必須的手段。當然了如果做老闆的話，不妨把媒體里叫的最響、最不要臉的那幾個把名字記下來，比如動不動就萬億市場什麼的，說不定日後有用呢？

關於三代在宏基因組與二代相比的特點，可以參考一篇最近的文獻：

Improved OTU-picking using long-read 16S rRNA gene amplicon sequencing and generic hierarchical clustering