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剛接觸生物信息二代測序數據分析,看文獻學軟體學語言,如何不著急?


那不簡單,是騾子是馬拉出來溜溜不就完啦。

我有一招,學測序分析一星期就上手,做五遍就熟練,做十遍不保你精通,也能保你專業。

首先,你得有一台好一點的電腦,不是筆記本哦,最好是伺服器。然後找十篇二代測序和後續分析的文章,一篇講理論的綜述,一篇講方法的綜述。好啦,這就是全部的前期準備,之後你要做的就是去 NCBI ,把上述十篇二代測序的論文用的測序結果找到,在 SRA 那一項里。然後再把對應的組裝結果下下來。文件很大,組裝的結果更大,所以你要有一個超大的硬碟,大概1-2T 左右吧。

然後,拿那十篇里的任何一篇,完完全全按照論文的設置把他們的文件組裝一邊,設置要完完全全的一致,用的軟體都要自己裝,自己設置。當你做完一邊之後,跟他們發布的組裝結果比較,看是不是一樣,做到一樣了就下一篇,不一樣就重來。

這期間遇到的任何問題,不準查百度,可以問老師問 google,問 biostar,但是就是不能問百度,因為度娘是個婊,除非你出錢嫖她,否則就備胎到死,永遠不會進步。同時,查任何中文文獻都是不允許的,你要是忍不住,那我就勸你不要看了,該玩玩該鬧鬧,哪裡來哪裡去。

頭一個星期,應該能做出第一個基因組,後面就會快起來。當你能重複出三個的時候,估計火候就差不多了,做到第五個的時候應該能追平測序公司的正職員工,重複完十個妥妥的完爆大多數國內在職人員。

騷年,方法已經告訴你了,能不能成全看你自己了,老衲去也。


作為一個學渣,敢來回答問題也是需要勇氣的。

我也是接觸生物信息學不久的菜鳥,生物信息學這個詞總感覺很高大上,我都不好意思說我是在學生物信息學,只是學著用一些軟體和網上資源來分析自己的數據,根據分析的結果給出合理的解釋。這應該算是學習的最開始階段,大牛們說的我感覺都對,但說實話,作為新手,了解這些內涵和基調是需要的,但最實用的,還是怎麼解決一個實際的問題。大多數人雖然都是從菜鳥晉陞上來的,但一旦脫離了菜鳥的級別,也就忘了菜鳥的難處。所以好的有耐心的老師實在是難得,因此更重要的還是加強自己自學的能力。

我知道的最多的例子,比如,我知道一個物種的什麼基因,怎麼做它的進化樹啊?

在你會做了以後,會覺得這簡直就是小兒科一樣的事情,但如果你就是沒做過,那還真的會折騰你一會兒。

已經完成進階的人都說,你自己去看文檔啊,軟體都有說明文檔,都有help什麼的,好好鑽研一下就會了,挺簡單的。但對你而言,你就感覺高深莫測,死活折騰不出來,這還真是讓人受挫,會的人一兩分鐘搞定的事,你糾結了好幾天,最後還是得請教,最後恍然大悟,趕緊膜拜。

學習的事不是容易的事,沒有什麼好辦法,有一個有耐心肯幫忙的領路人真是太幸運了,如果沒有,唯一的辦法就是投入時間了,把他當做一個項目,而時間就是投入,投入進去,積累,慢慢進步,我覺的任何一個人,只要真的想學好一個東西,只要肯花時間,一定會學得好,最後有所回報的。



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