hg19，GRCH37,ensembl75各種基因組版本對應關係是什麼?_?

01-12

看到各種表示方式很多次了，有時候感覺他們很亂！各種版本的基因組，各種版本的注釋信息，各種下載地址，有一個綜合性的說明嗎？

這是三種國際生物信息學資料庫資源收集存儲單位，即NCBI，UCSC,ENSEMBL，各自發布的基因組信息！

hg系列，hg18/19/38，是UCSC的，也是使用頻率最高的！從我出道就只看過hg19了，但是建議大家都轉為hg38，是目前最新版！

我的博客提過這些基因組不同版本對應關係以及下載地址：基因組各種版本對應關係

綜合起來看，就是~

GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52.
GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75.
GRCh38 (hg38): ENSEMBL release_76/77/78/80/81/82.

hg18以前更早的版本我就不提了，沒意思了，那是我估計還沒玩過電腦！更別說什麼基因組了!

ENSEMBL的版本特別複雜！！！很容易搞混！

但是UCSC的版本就簡單了，就hg18,19,38, 常用的是hg19，但是我推薦大家都轉為hg38

看起來NCBI也是很簡單，就GRCh36,37,38，但是裡面水也很深！

Feb 13 2014 00:00 Directory April_14_2003 Apr 06 2006 00:00 Directory BUILD.33 Apr 06 2006 00:00 Directory BUILD.34.1 Apr 06 2006 00:00 Directory BUILD.34.2 Apr 06 2006 00:00 Directory BUILD.34.3 Apr 06 2006 00:00 Directory BUILD.35.1 Aug 03 2009 00:00 Directory BUILD.36.1 Aug 03 2009 00:00 Directory BUILD.36.2 Sep 04 2012 00:00 Directory BUILD.36.3 Jun 30 2011 00:00 Directory BUILD.37.1 Sep 07 2011 00:00 Directory BUILD.37.2 Dec 12 2012 00:00 Directory BUILD.37.3

可以看到，有37.1, 37.2， 37.3 等等，不過這種版本一般指的是注釋在更新，基因組序列一般不會更新！！！

反正你記住hg19基因組大小是3G，壓縮後八九百兆即可！！！

如果要下載GTF注釋文件，基因組版本尤為重要！！！

對NCBI：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/GFF/ ##最新版（hg38）

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/ ## 其它版本

對於ensembl：

ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz

變幻中間的release就可以拿到所有版本信息：ftp://ftp.ensembl.org/pub/

對於UCSC，那就有點麻煩了：
如果是基因組，直接去goldenPath即可！！！
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr${i}.fa.gz;
你仔細看域名，就明白了，很簡單的！
for i in $(seq 1 22) X Y M;

do echo $i;
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr${i}.fa.gz;
done
gunzip *.gz
for i in $(seq 1 22) X Y M;
do cat chr${i}.fa &>&> hg19.fasta;
done
rm -fr chr*.fasta

需要選擇一系列參數：

Table Browser

1. Navigate to Table Browser
2. Select the following options:

clade: Mammal

genome: Human

assembly: Feb. 2009 (GRCh37/hg19)

group: Genes and Gene Predictions

track: UCSC Genes

table: knownGene

region: Select 「genome」 for the entire genome.

output format: GTF – gene transfer format

output file: enter a file name to save your results to a file, or leave blank to display results in the browser
3. Click 『get output』.

本文固定鏈接: http://www.bio-info-trainee.com/1469.html | 生信菜鳥團

請問Hg18和Hg19版本有什麼本質區別嗎？急，在線等

我只用過hg19 不過另外那個答主說的對最新的確是38.

在用ensembl版本的時候記得把&>1 等染色體標籤換成&>chr1 省去很多麻煩