瓊脂糖凝膠電泳跑的DNA為什麼會拖尾?
01-12
看百度里的答案里提到
PCR產物自身原因:
往往由於酶量過多或酶的質量差,dNTP濃度過高,Mg2+濃度過高,退火溫度過低,循環次數過多,而造成PCR的非特異性產物 過多。但我有疑問是,
1、為何dNTP濃度過高會造成非特異性產物,為何會拖尾
2、為何循環次數多會導致特異性擴增
3、高電壓為何會導致跑出的條帶不夠好看補充:我的意思就是在問,為何會非特異擴增呢?原理是什麼呢?就是在這種情況下造成的非特異性特徵是如何產生的呢?我非常好奇。
在PCR擴增的時候,dntp的濃度是會影響特異性的。(例如在做易錯PCR時,一種方法就是改變dntp的濃度,具體原理好像是和分子動力學有關係)
另外如果跑條帶的時候出現彗星狀尾巴,還有可能是樣品被酶切了。。(跑RNA的時候尤其容易出現這種情況)
針對問題:1.已經回答過啦,就不贅述了。2.是因為PCR次數太多後,引物的特異性結合率會下降,非特異產物就會變多。3.是因為高壓電會損害瓊脂糖凝膠的孔徑大小,因為跑條帶是為了良好的分開不同分子量的DNA(為了分開不同大小的DNA,使用瓊脂糖的的濃度是不一樣),電壓一高,瓊脂糖分子形成的孔徑被破壞,自然跑的膠就不好看啦。而且電壓過高,甚至會使瓊脂糖凝膠融化,效果自然不會好。
1,2都是非特異性擴增啊!非特異性擴增會產生很多小的片段,所以就拖尾啦
3高電壓導致高電流,高電流使膠融化,就不好看了樣品溶解不好。
可以參考 PCR問題總結和提高PCR擴增特異性的方法,有不少內容,可以看看
我覺得是電壓高了
酶過量,dNTP過量,鎂離子濃度不適,都會引起錯配,錯配就是非特異性產物增多。這個道理就好像是人如果營養過勝,身體也會出問題一樣。無論是什麼 適量最好,少或多都不好
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