蛋白質組學在醫療和健康方面有什麼應用？

01-12

蛋白質組學在醫療和健康方面有什麼重要應用？一個普通人，做一次血液全蛋白質組的質譜檢測，能獲得哪些有意義或有趣的信息？結合基因組數據以後呢？誰會成為蛋白組領域的 23andMe?

答案是木有

能獲得很多信息，關鍵是哪些是「有用的」，那些事「有趣的」，很難知道

理論上，已經有一些是嫌疑很大的腫瘤標記物，但是置信程度距離臨床還甚是遙遠

個人來說，不看好蛋白組學

我覺得既不如基因研究一般宏觀有方向指導作用，也不夠像代謝組學那麼基本且有現實意義

指望全血蛋白組不如指望細胞分離以後做imaging，現在ms這個sensitivity盯著幾個biomarker還可以，想全知道太難了。你只可以知道所有蛋白的一點點信息，或者一點點蛋白的很多信息。

Wily 剛發了一篇，全文：

伴隨著暮光，我們繼續著我們的旅程。從選擇性剪接，我們走到了翻譯後修飾，蛋白複合物的形成，大到多核酸和肽，小到分子來調節活性。有些組學（『ome）是有名字的，但是我們知道還會有更多源源不斷的出現，所以我們就叫他們「其他組學（otheromes）」。

蛋白質間的「相互作用組（interactome）」是我見過的最複雜的現象。代謝，以及代謝組學的學科，可以說是破朔迷離的蛋白質組學的主戰場，從小分子，到以生物能量的角度洞察生命的真諦。生命的定義，隨著我們認知的越多，是通過非平衡能量通量和熵減少的方式排列物質，結合遺傳物質的複製——DNA（或RNA）。基因密碼的演變很大程度要歸功於代謝以及蛋白質裝置。在蛋白質裝置和生命遺傳的臨界區域發生了許多有趣的變化，這在癌症臨床學方面有著重大意義，舉個例子，癌症的遺傳學背景需要和掌控細胞增殖的蛋白質進行整合。但是癌症的特徵在於它是一種蛋白質複合物的失調和功能障礙。很難想像還有比蛋白質組學更適合的學科，可以將生命原理和疾病整合在一起。從這個角度看，蛋白質組學將是科學界最令人興奮的領域之一，我們也會將PROTEOMICS和PROTEOMICS——Clinical Applications這兩本期刊推向別的非蛋白質組學的領馭中，但同時也和這一學科保持一定的聯繫。技術上所面臨的挑戰也比比皆是：通過質譜快速鑒定蛋白質已成為家常便飯，它在很大程度上解決了難題的同時也創造了挑戰：計算生物學需要快速發展來趕上蛋白質組學的數據潮，這樣才能產生有意義的發現。這一步驟可以最終簡化到標準化，共享，分析和整合。

在科學發現的最初有基因組，隨後出現了蛋白質組。但是前者是如何與後者聯繫起來的呢？在早些時候，基因組被認為是一維的，這也引出"一對多"的問題：一維的，單一的基因序列映射到多維蛋白質組中的多個蛋白質。同時，基因組自身也佔據多個維度，所以使得在特性和時序方面(identity and temporal dynamics)將基因映射到蛋白質組成為一個更大的難題。問題是，在很多情況下，基因組的ORF(open reading frame)和人類的「蛋白質輸出」沒有一個簡單的聯繫。這個問題是由其他的組學複雜化的，而這需要我們繼續來發現。我有幸擁有一個出色的執行顧問委員會，由Andrew J.主持的編委會，副主編LucieKalvodova，總編輯Matthew Lock和顧問編輯Achim Kraus。希望您在閱讀這篇文章之後有所收穫。

出處：

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5NTAxNzIzMg==mid=401447295idx=1sn=62f7c34537c0060c612c04f989fa0095scene=0#wechat_redirect

to cure sometimes, to relieve often, to comfort always

感覺最有趣的信息是檢測血液內有沒有blabla抗體，這基本上是血液這種高丰度白蛋白樣品類型最impressive的東西了。。

至於其他的～，一次HPLC-MS做人血液單緯度的全蛋白檢測目前預計也就500～700個protein groups左右。

600個能幹嘛。即便去高丰度以後的單針，常規MS流程頂天也就800吧～如果是科研，做mudpit，二維也1000？（好久不看文獻請專家指正）。

HPLC-MS-PRM檢測個血葯濃度還能作為第二方案。biomarker什麼的感覺現在大部分都是在耍流氓。

隔壁吳老二能忽悠瘸不？

不過每次看講席上專家教授類似的ppt，我都會在台下熱烈鼓掌，因為我院領導最喜歡這些東西了。

太貴，用不起。類似基因晶元，有誰用，都是挑幾個指標做做就好了。

對診斷會有用，就像氣味啊，脂肪啊，放在一起肯定比分開單獨看信息多，可能現在計量學還沒到這個程度吧

Proteome PhD怒碼一記我覺得我做的東西除了我和我老闆別人並不會看

我這邊用的是Maldi系統一般都用單向電泳分離後再做

理論推測：

全血蛋白組並沒有太大意義血液中有含量穩定的蛋白類Marker么？血液成分變異太大尤其是全血里血紅蛋白白蛋白球蛋白之類的壓倒性優勢會不會導致其他蛋白不太好做出來？光Haemoglobin含量就有 100g/L左右了

蛋白組學的研究很難，而且具有不確定性，實際應用的範圍也有限，目前研究並沒有非常大的進展。很多轉向轉錄組學，意義更大。