實驗室里想搭建生物信息學平台,請問是買塔式伺服器好還是刀片式的好?
01-12
實驗室里想搭建生物信息學平台做DNA序列分析,請問是買塔式伺服器好還是刀片式,預算5-10萬,linux系統(例如bio-linux8),可以跑Qiita,QIIME, Parallel-META等生物信息分析軟體,可以在系統上安裝資料庫,保存一些DNA,蛋白序列信息,以供比對和分析的。對這塊完全不了解,剛進入課題,無法預測計算量的規模,所以只能提供實驗室能承擔的預算的大致範圍,請有組建生物信息學實驗室平台的專家,有經驗的人士幫忙回答,提供下購買的建議,非常感謝!
另,補充一個問題,有人說可以使用linux集群,購買多台pc,連接起來組成機群,認為比購買單一的伺服器在同性能下價格更划算,情況是否如此,實施起來是否困難?
我自己搭建了一個工作站。塔式。花費9萬多,具體數字不記得了。戴爾。24個核心,256G內存,25T硬碟。看題主的要求,我上述的配置應該可以遠遠滿足需求,可以考慮降低配置,節約經費。
塔式的好處是:噪音小,可以像大台式機一樣放辦公室,有問題隨時檢查。而刀片機需要放在機架上;雜訊大,需要放在專門的機房。但刀片機升級擴展容易,配置可以升到很高,而塔式機,我上述配置幾乎到了上限。
題主剛開始搭平台,建議塔式。依賴少,上手快,夠用。宏基因組分析的話,高端點的個人PC可以搞定的,當然樣本多的話可能得數天時間(其實也就是比對花時間,比對完就是筆記本也是分分鐘搞定的)。刀片的優勢是方便擴展,可以組建大規模集群。如果只是專註於宏基因組研究的實驗室的話,我覺得考慮配個32核的塔式足夠了。價格自行聯繫廠商。你提的某個軟體是支持nvidia的粗大的,不過沒必要去買個通用計算顯卡,意義不大。預算充裕的話,把內存儘可能加大點。現在RNA-Seq能完全用個人筆記本分析以後,這配置大約也就DNA-Seq里大基因組的de-novo和resequencing比較吃力了。
不要買集群,10W塊還買什麼集群?網線要不要錢,交換機要不要錢,登錄/管理/IO節點要不要錢? 不要買刀片,10W塊買什麼刀片?伺候大爺啊? 塔式伺服器與工作站是不一樣的, 雖然外形一樣,塔式伺服器雜訊大,如果你辦公地點離電腦很近,噪音是必須考慮的問題。 工作站靜音,不過性價比較低。
少年,你聽說過雲計算嗎
搭過很多生物信息學的平台,5-10萬建議上塔式伺服器,雙路E5-2650處理器(intel每一代E5-2650都是性價比最高的),15T左右的硬碟,多的錢全買內存。沒7、80萬不要想刀片……
以後要擴展就用刀片反之你博士畢業了就不管了就用塔式雲計算才是未來的方向 投資多了感覺划不來
真心建議阿里雲!
還是雲計算比較好。 10萬塊只能買一片刀片,還沒刀框拿來放刀片。塔式不清楚,不過也要搭網路裝系統做集群,維護工作也夠喝一壺了。
集群的硬體成本低但是管理成本很高,如果團隊裡面沒有計算機的大牛最好別用。樓上說的RAID1非常有必要,畢竟這種一算起來就幾個小時或者幾天的東西萬一磁碟跪了那真是欲哭無淚。。。建議先在自己或者找台高性能的PC試下,然後貼出配置和執行時間,這樣大家才好幫你進行預估,可能計算量沒有你想像的那麼大。
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