如何判斷一個基因在一個物種中有幾個拷貝？

01-12

玉米中ZmDREB基因為例

一般問這種問題的，基因組和注釋質量都不會太高。

對於編碼基因，可以try一些專為AA序列比對DNA序列優化的比對工具試試看。即對AA序列要求全局優化，而對DNA序列要求局部優化。這個考慮的出發點是AA序列一般會更保守些，而多拷貝基因之間序列保守性會差一些。如果是多拷貝的小RNA基因查找，可以考慮專為RNA二級結構保守性優化的比對工具。

當然，這類比對結果都需要審慎地對待。

另，說道玉米檢測基因拷貝，這裡安利一下PacBio：

PNAS: Copy Number Analysis in Maize Sheds Light on Tolerance for Acidic Soil

大意就是blablabla有個基因很重要，實際序列如上方那條，有多個拷貝，但因為兩側都有大量重複序列，所以用NGS方法拼只能得到最底下那個結果，但用了新一代神油以後，因為讀長關係就可以正確地檢出順序排列地多拷貝了。當然，這種屬於需要花錢才能治的富貴病，和一開始提的窮棍方案應對的是不同的情況。

先來點詭辯的：

都有人能多出一條染色體，個別的個體多個把基因算什麼？

最好不要把群體中的概念與個體的概念混起來討論——三條腿的蛤蟆不好找，也是有的……

題主的問題再細分一下：

1）我有一個基因組序列（比如玉米的），想知道有幾個拷貝。

建議用blast之類的序列比對工具進行初步確認。

2）我有一個DNA材料，想知道有幾個拷貝。

建議使用定量PCR之類的手段來進行確認，同時還需要知道一個參考。

唯一準確的方法：搞出基因組完成圖。

或者你非常非常確認那個基因不在洞里。

為什麼沒有人提最簡單的southrn雜交呢。。

用這個基因的CDS做探針，提玉米基因組DNA做酶切跑膠轉模雜交就好了啊，再不放心還可以多用幾個內切酶試試啊

查下CNV array。

三代測序或者qPCR之類的吧。。。

實驗的方法的話，就是基於taqman的數字PCR／dPCR 可以精確的測出拷貝數，這個行業Bio-rad 是老大