如果打算使用生物信息學軟體處理數據，是裝個linux系統方便，還是直接使用mac os方便? ?

01-12

Linux可以裝在大部分機器上，Mac OS X必須要蘋果自己的機器。黑蘋果非常難配。
我感覺Linux各個桌面的命令行終端都比蘋果自帶的那個要好用。
儘管理論上Linux只是POSIX-like的，但其實Linux的根目錄文件夾布局更類似傳統的Unix，而Mac OS X的比較奇怪。

不知道題主說的「生物信息學軟體」到底是哪些軟體，如果是一些Windows平台專有的軟體的話，無論是Linux還是OS X你都不能選，只會給自己添麻煩。操作系統不重要，它只是個讓你舒適的使用應用軟體的媒介，如果你的專業對Windows平台上的軟體有很強的依賴性的話，無論Linux和OS X多好，都不適合你。

看題主的意思是手邊已經有Mac的，那麼可以直接使用Mac OS。大部分程序Linux和Mac都可以用，命令行有一些不同。先通過一個個項目學起來，慢慢哪個更適合你就有自己的判斷。

我在PC上搗鼓過ubuntu fedora centOS等幾個發行版Linux，最終穩定在Mac上了，所以既然你都已經有Mac，那麼建議是，別糾結，直接開干吧

mac os要花錢買蘋果，linux可以裝載任何電腦上。而且linux不要錢，所以還是裝linux吧。

自己買機器，就直接買 Mac

設計演算法的時候，可以先在自己的電腦上用較小數據量驗證。Mac 的命令行環境跟 Linux 的高度兼容的，Python 和 Perl 之類的也都是兼容的。設計完成之後把程序和數據放在伺服器上跑，伺服器一般是硬體性能較好的 Linux 環境，可以無縫直接運行。

第一，大部分工具貌似都是linux專有的或者在linux下開發的，在linux上運行有很多優勢。另外，你確定你不需要上伺服器？你確定現在動輒幾十上百G的數據量用你本地能搞得定？一旦上了伺服器你認為你還有選擇嗎？你要是實在吃不準就VM各裝一個試一下。

第二，為什麼一定要糾結於工具？工具只是一個讓你愉快的在其中工作的平台罷了。我和同志們聊天的時候最經常聽到的是某某好牛逼啊，又會用這個又會用那個，又會這種語言又會那種語言。但很少聽人談論某人有啥牛叉的想法，提出了一個有意思的問題等等。似乎生物信息的人都在修自己的工具。但我認為秀工具是最Low的，畢竟搞的是生物，總扯些和生物無關的東西實在沒啥意思。

呃，抱歉扯遠了，就醬吧。

首先，小弟的立場是利用Mac OS X 做生物信息分析十分合適。

我們先了解一下生物信息分析所用到的軟體：

幾乎所有的生物信息分析軟體都是針對linux系統進行開發的。這是因為生物數據較大，對處理性能要求遠遠大於UI操作需求。目前超級計算機排行榜中絕大多數是安裝linux系統（請參考http://top500.org）。
目前生物軟體可以分為兩類：一類基於C／C++／D語言開發的高性能處理軟體，如比對，組裝；另一類是基於java開發的對性能要求不是很迫切的通用處理工具，如call 變異和QC。第一類軟體如BWA，bowtie，tophat，SOAP系列，blast／blat等等，「必須」安裝在＊nix系統下，裝在window下純粹找虐。第二類軟體如GATK，picard，各種viewer等等，天生跨平台因此不必考慮系統的影響。
其餘基於perl，python等腳本開發處理程序多是簡單的文本查找和數據條目匹配，像這些高級語言一般對系統要求不多，盡量可以滿足在不同操作環境下的兼容。但是腳本語言的包含著大量的擴展包，如bioperl,biopython,bioconductor等則對系統存在要求，主要體現在文件管理系統和動態庫調用方面。

我們在看看mac系統的一些特點：

界面精美，屏幕一流。無論是看文獻還是看代碼，都甩其他品牌幾條街。做生物信息就是看文獻＋寫代碼。你看看retina屏幕，再看看街機的屏幕就知道差別在哪裡了。哪怕是同樣的java軟體，在mac下面的界面也遠遠好看過在其他系統上的表現（偏主觀？）。
相對於windows系統，mac系統更簡單高效。不用安裝殺毒軟體，搞一堆配置，出了問題就束手無策，動不動就重裝系統什麼亂七八糟的。相對於linux系統，配置簡單，高質量的程序特別多。舉幾個簡單的例子，mac系統的office、PDF閱讀器以及國人最常用的QQ軟體是linux系統用戶痛。當然liunx系統非常優秀，如果沒有條件上mac的建議儘早換裝linux。做生物信息除了天天搞大數據外，零散的小數據，excel表格什麼的也會經常遇到，如醫生提供的樣品信息表型等等。不要說linux下面的什麼libreoffice/openoffice多優秀什麼的，你用用mac下的office吧（當然linux下的wps也是不錯的）。
性價比高。雖然我們討論的是系統，但平心而論，與相同價格mac機相同配置的其他品牌電腦價格都多少會高於mac。不信去看看thinkpad W系列或者配固態硬碟的T系列。
眾所周知，linux的精髓在於Gnu軟體＋高穩定性。Mac OSX 下的brew等軟體管理系統可以使你的mac安裝gnu的所有軟體。而高穩定性的秘訣就是少往系統文件裡面寫東西，這一點上mac和linux是一致的。所以可以這麼「武斷」地說，mac os x ＝ linux ＋ mac的高質量軟體。而剛剛提到的生物信息分析需要用到的軟體，在linux下可以用的，在mac osx下也都可以用！mac osx的文件系統和linux幾乎一致。
續航能力。個人認為這是最重要的一點。想像一下當你正在跟領導開會時，領導突然有個idea，你打算實現時，電腦沒電了。然後灰溜溜的對領導說，「等我下去試試看先」。當你坐在機場了等待飛機時，打開你的macbook pro，寫了幾百行代碼，隔壁的美女做到你的旁邊投來好奇的目光時，是種什麼感受。。。

綜上所述，對於應對像生物信息系這種高度綜合的工作，必須有一台像macbook pro這樣的優秀生產力工具才能夠屹立不倒，力挽狂瀾！

當然是Linux方便，mac（曾經花了一周時間改裝上一小時就刪了）不了解，Linux下面很多工具可以處理生物信息，awk sed這兩個是常用的，還有一些命令，比如grep之類，然後是文本處理語言使用非常頻繁而且用處很大，比如perl之類，shell腳本是必須精通的，還有正則表達式必須當一門學科來學習，當然還有Linux的高效和穩定性，生物信息隨隨便便就以g計算的文檔，命令行處理非常穩定，相比之下Windows簡直弱爆了，各種軟體配置起來很啰嗦，而且打開個文件不死機就萬幸了。

另外成本上和實用上考量，老古董的個人電腦，幾千的新機器，還是幾十萬上百萬的伺服器，Linux都支持，mac應該做不到吧

感覺都一樣，把項目放虛擬機里，一個項目一個虛擬機，免得各種環境配置搞亂了。虛擬機里推薦linux，mac太大了

主機系統無所謂，mac的話鍵位略蛋疼

都挺方便的

先看軟體對系統的要求，不支持mac就沒辦法。

都支持的話：最方便的當然是linux，但是看你要分析的數據量，小的話直接在mac上處理。linux不太適合平時辦公使用。

輕活本地各種Macbook跑跑沒問題，重活還是扔給linux伺服器吧，遠程桌面+dropbox。

當然壕的話上MacPro也沒問題，用到的各種環境基本OSX下都可以滿足。