如何保證轉基因作物的新基因片段的啟動轉錄表達及與宿主其他基因蛋白等交互作用不會產生非預期的物質和變化？
基因編碼產生蛋白質，蛋白質是基因功能的實施者，科學發展到現在已明確基因表達產生蛋白質不是簡單的「一對一」，如何保證轉基因作物的「新基因片段」的啟動、轉錄、表達以及在宿主新的「環境」下與其他基因、蛋白等交互作用不會產生非預期的物質和變化？這些物質可能根本無法運用現有手段檢測，又如何判斷對人體是否有潛在危害？如果僅對預設的目標物質成份進行檢測又如何保證轉基因新物種一定安全呢？ 轉基因技術會導致基因互作嗎？
可算看到一個比較有深度的轉基因方面的問題了。利益相關：分子生物學專業人員
從目前人類對於轉基因的研究，絕大多數情況下都是安全的。像有些人說的，吃轉基因會改變人體的基因、導致不育什麼的是根本不可能的。不過，轉基因的確有隱患，但是這個隱患和公眾所擔心的隱患完全不同。題主說的問題值得考慮，導入基因後，會不會對蛋白表達產生影響，會不會和其他基因作用產生不知道的結果。
但是這個隱患並非是不能解決的，只要完善技術，進行詳細一點的檢測，就完全可以排除這個隱患。
關於新蛋白會不會影響原來的基因、蛋白，這個完全可以做一個蛋白質組學（proteomics）實驗和基因表達譜來驗證。蛋白質組實驗就是針對生物體的所有蛋白，逐一鑒定其結構、功能、表達量 蛋白質組學_百度百科。這樣，如果轉入的新基因對原有的蛋白表達產生了影響，那麼，蛋白質組實驗便可以將影響檢測出來。而基因表達譜，則可以看到新基因是否對原有基因的表達產生影響 基因表達譜_百度百科。所以，只需在轉基因產品上市以前，進行蛋白質組學和基因表達譜學鑒定，如果發現導入的基因不影響其他蛋白和基因的表達，那麼就說明是安全的。
這種檢測現在的確有人在做，而且已經發表論文了：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25766830這篇論文就是用蛋白質組的方法，研究轉基因玉米和非轉基因玉米的蛋白質表達有什麼區別，結論是，轉基因玉米體內沒有發現有毒的蛋白。類似的論文還有很多。這是本人根據自己現有的知識給出的答案，現在我的研究方向主要是醫學方面，所以更具體的回答就需要研究植物方向的人來解答了。我覺得這種檢測方法是靠得住的。題主主要提到三個問題，一是新基因對原有基因表達的影響，二是新蛋白對原有蛋白的相互作用，三是新蛋白對人體的影響。以及這些影響會不會不可預期。
前兩個問題其實是不能保證的。蛋白組學還沒有到那麼精確的程度，分離鑒定都有很大問題。回答第三個，新蛋白對人體的影響。
以前課本都說，轉基因作物吃了在消化道分解為氨基酸才被人體吸收，無論吃了什麼蛋白質最後都是那二十種氨基酸，所以轉基因沒有問題。然後反轉們就抓住寡肽小肽朊病毒這樣的例子當成救命稻草一樣反駁。甚至還有人說朊病毒作用機理未明，蛋白質吸收的主要方式是小肽而不是單個氨基酸。
但事實上課本錯了嗎？沒有的，課本講的是大多數情況而不是特例，腸道吸收蛋白質的主要方式是小肽，但小肽吸收進入腸黏膜細胞後，還要在腸黏膜細胞內分解為單個氨基酸才進入血液。真正進入血液的小肽少之又少。事實上血液中的二肽Val-Leu只有5-10nmol/L，而總氨基酸含量是3-5mmol/L。nmol和mmol差了百萬個數量級。（數據來源Comparison of Different Sources and Degrees of Hydrolysis of Dietary Protein: Effect on Plasma Amino Acids, Dipeptides, and Insulin Responses in Human Subjects）
當然我知道，數量少還是不能解決反轉們顧慮的，但事實上小肽進入血液並不是腸道系統出了什麼問題，而是有特殊的細胞通路，通過載體才能通過腸道黏膜屏障，二肽有400多種，不是什麼二肽都能通過細胞通路的，只有特殊結構的二肽才可以。這些細胞通路的發現是目前最熱門的研究之一。
下面就是一個數學問題，我們從概率上說，轉入新基因編碼（通常只有十幾個二十幾個外顯子）的蛋白，即使有少部分只分解為兩三個氨基酸，這些肽鏈的組成，也不會和我們傳統吃的食物分解的肽鏈有什麼不同，因為三肽一共可能的排列組合也就是8000種左右。
當然，還有人說，會不會有肽鏈通過了但沒有檢測到？首先目前檢測到最長的肽鏈我還沒有看到準確文獻。但這個可能理論上是不存在的，因為如果要穿過腸道黏膜屏障進入血液，腸道黏膜細胞上必然要有這樣的細胞通路，而現代檢測技術已經發展到pmol（1000pmol等於1nmol)，無法想像如果有細胞通路的情況下，進入血液數量會低於pmol級，所以不存在有肽鏈檢測不出來的情況。所以動物實驗的前後對比還是很容易的。
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------然後講一下朊病毒這類大分子蛋白質進入人體的擔憂。首先是朊病毒通過腸道黏膜屏障進入人體的具體方式，其實早在2004年JN發表的一篇論文Protease-Resistant Human Prion Protein and Ferritin Are Cotransported across Caco-2 Epithelial Cells: Implications for Species Barrier in Prion Uptake from the Intestine就已經說明了是因為鐵蛋白幫助運輸朊病毒
大分子蛋白進入人體，首先還是要逃過各種消化酶的分解。這個論文首先用病人的腦組織做了一個實驗，就是用各種口腔胃腸道的消化酶去分解腦組織中的蛋白質，最後只有兩種逃脫了分解，就是鐵蛋白和朊病毒
然後這兩種蛋白互相結合，才能通過屏障。如果沒有鐵蛋白，鐵蛋白出現一些問題，朊病毒就很難通過。所以像朊病毒這樣有160多個氨基酸的大分子蛋白進入人體的難度是很高很高的。而且這是拿動物的腦組織做實驗。轉基因作物都要做胃腸道消化穩定性試驗的，如果轉入基因的蛋白沒有分解，如果有大分子蛋白通過了模擬腸道環境，根本就不會允許上市。
總而言之，不是隨便什麼大分子蛋白隨便什麼肽鏈都能進入人體的，因為數量少，所以容易檢測發現，容易控制，出現問題的，就不會上市。現在的技術不能保證每個人都長命百歲，但比傳統作物安全還是很容易做到的。----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------知乎上的轉基因質疑這幾天看挺多了，目前還沒有看到不能反駁的質疑。普通人有懷疑恐懼本來非常正常，但事實上以你們的知識水平本來根本不足以提出質疑，你們這些質疑是通過看一些半桶水的「專業人士」寫的「科普文章」得來的。這些質疑早在學術上十幾年前就已經提出過，並在最近十年的分子生物學大發展中已經一一解決。我也是借這個地方來總結一下。人們經常說科學有局限，但在檢測技術已經到pmol級，分子生物學已經深入到原子結構的今天，在食品安全的方面我不認為還有什麼局限。在我看來，專業人士反轉純粹就是讀書太少想的太多還不願意查文獻。我覺得這沒什麼好怕被問候的，所以我就不匿名了。
我先回答你的問題，但我希望你能看看最後一段。
（1）如何保證轉基因作物的「新基因片段」的啟動、轉錄、表達以及在宿主新的「環境」下與其他基因、蛋白等交互作用不會產生非預期的物質和變化？
答案：不能保證啊，都能保證了現在哪還有那麼多崔粉講話的地方？（2）這些物質可能根本無法運用現有手段檢測，又如何判斷對人體是否有潛在危害？
答：你都說了可能無法檢測，又哪來的判斷呢? 我們能做的當然是儘可能想出更好的這些檢測手段。（3）如果僅對預設的目標物質成份進行檢測又如何保證轉基因新物種一定安全呢？
答：這些預設的目標物質是根據無數基礎研究得出的marker，我們期望它們可以作為安全性的指標，但是我們不會說這就是一定安全的。寫在最後：知道這種崔永元式的思考為何在你看來戰無不勝，但是在科研人員看來是無稽之談么？科研是一個嚴謹的工作，在這個領域，很少有「一定」和「絕對」的概念，因為未來是否會有新的研究，我們都不知道。我們所做出的所有結論，都是建立在目前全世界科研工作者所做出的研究結果的基礎上。你問我如果有一天有人真的研究發現轉基因存在一個沒有被任何人發現但是非常巨大的隱患，我們會怎麼做？我們會首先重複這個人的研究，看看他的研究是否具有重複性和說服力。
如果最後大部分科研者都承認他是對的，我們接下來會試圖解決這個隱患，同時呼籲全世界暫時停止推廣轉基因（沒錯，當年的基因治療，DDT，都是這麼被叫停的）然後，直到這個隱患被解決之前，我們這些你們眼中正在欺騙全世界的科研工作者，會暫時成為堅定的轉基因反對者。明白區別了么？我們的支持與反對，出發點都是以中立的角度，通過邏輯思考與論證來得出我們的結論，但同時我們不否認未來存在的所有可能性。而如果一個思考，從出發點就是「反對」，那麼從一開始它就輸了，懂了么？答案是impossible！
至少，在我們目前可以了解的技術範圍和可以預期的未來里，我們無法解決這個問題。說明：大部分內容，把轉基因三個字去掉或者換成其他的，如輻射，誘導等，都成立我們從以下角度來解讀第一部分，我們的食品攝入的不確定性第二部分：我們的現有技術手段
首先是第一部分
我們的食品攝入的不確定性以植物轉基因為例
從轉基因到進入我們體內，大體上有以下三步如圖
每一個過程，都充滿了大量的不確定性，事實上，這個不確定性，從生物學角度，所有我們吃的喝的，甚至是呼吸的，活動的，都會影響整個過程的不確定性，因為，太複雜了，而我們現在還處在生物學起步階段。
下面我們一一來分析
第一，轉基因本身的不確定性
（一）基因來源問題目前轉基因來源都是非宿主本身，來自於其他物種，諸如病毒、細菌或真菌等的基因。這是轉基因和雜交育種及誘變育種最大的區別，包括我們目前了解的cas9技術，事實上都屬於後者，即編輯已有基因和導入外源基因的差別。這個差別，需要較長的周期來確認。（二）基因插入位置的問題（這絕對是最新的問題，也是我們傳統轉基因從業者從未意識到的，因為這些進展是這兩年才出現的）如下圖所示，傳統意義上，我們認為動植物的基因組組成如下大部分為垃圾區域（90%以上），很長，而我們有效的部分，也就是基因，只是極少的一部分。所以，我們把我們的轉基因擦入到圖示的垃圾區域，這樣就安全了。所有的轉基因，不管通過什麼方法，都是插入到了如圖的垃圾區域。
（二）植物的果實採摘
主要包括採摘時間及相應的儲存方式的影響。（三）食品加工方法這一點是非常關鍵的各種加工方法，事實上對食品的影響非常大比如我們的食品加工方法：燉、燜、煨、蒸、煮、熬、炒、鹵、炸、燒，每一種處理後，其獲得的產品都是有影響和差別的，特別提出的是腌制類食品，由於高鹽等原因，容易對心血管有影響，甚至致癌。三、人體對食品的處理
不同人，對食品的處理結果也不一樣（一）人食用差異包括喜歡的口味、生熟的水平等，還有人吃隔夜食品（二）人體差異不同人對不同食品攝入的影響，特別典型的是牛奶攝入以及酒精攝入的問題，不同人體質差異太大。第二部分，我們目前擁有的技術
食品化學技術我不是專業人士，常見的分析，包括毒性、營養成分含量分析，這些基本上已經形成了國家標準生物學角度基因組學：在植物食品方面，個人認為影響不大，一般是用於植物分子生物學分析，在食品方面個人覺得應用不大轉錄組學：這一套技術是應用最多最廣的，包括那張熱圖，主要是通過對RNA的捕獲來獲取植物體內所有基因的表達，這樣就可以尋找到差異表達基因蛋白組學：其實，原則上，我們最直接攝入的是蛋白，因此，如果能夠詳細的鑒定出蛋白的表達情況，自然是最好不過了。然而，囿於技術問題，我們目前的蛋白組學還不盡人意。因為蛋白組學最大的問題一是蛋白質分離問題（蛋白種類太多而且彼此結合以及活性結構），二是蛋白鑒定問題（測序難）綜上，以我們目前掌握的技術和能力，我們無法給出一個確切的答案，甚至，你這一會兒和下一會兒，你喝了口水和沒喝水，都很難區分，如果從這麼多指標去分析，那簡直是個天文數字，至少一台天河計算機都不夠用。所以，就不要愁了，該咋樣就咋樣。如果你們認為這是小崔說的，那這將會是崔永元在知乎被抬升得最高的一次
不知道提問者是否還對這個問題有興趣，也不知道是否已經深入了解有關文獻，得到了一個答案。畢竟已經過去了將近一年的時間。鑒於時間精力十分有限，我只簡單就我所知回答這個問題，希望對你繼續思考這個問題有所幫助。首先先說這是不是一個值得考慮的問題。曾經有人（還自詡從事過科研工作）把這個問題評論為虛無縹緲的想像……怎麼說呢，在沒有相關知識背景和邏輯思維的評判環境下，迴避問題的方式非常多，所以似乎還沒看到有人正面回答這個問題，回答方式都是不可能了解，再強調並不重要。但事實上，科學界早就有人問過這樣的問題。參見：Secondary metabolism and the risks of GMOs : Article : Nature這是1999年的一篇通訊。兩位科學家提出了自己的疑問。都與轉基因作物的次級代謝物變化相關。還舉了兩個例子。他們提出的機制主要有兩個（雖然列了三條），都和你的設想不太一樣（等下解釋），一是由於酶對底物的非特異性，導致產生意外或多於期待代謝物以外的產物；二是隨機插入導致其它基因受到破壞。這裡的第二個考慮隨著技術的進步，已經很容易解決，開發者一般掌握隨機插入的位置（雖然會作為商業秘密不予公開），所以可以說已經被解釋了。第一個考慮時至今日仍然值得每株轉基因作物仔細地評估。對於這篇通訊，聲明兩點：一、這是一篇表達想法的通訊，不是研究型論文，沒有實驗和證據，因此只是與編輯溝通，而不是一般意義上同行評議的水平；二、這篇通訊並沒有受到什麼重視，十幾快二十年過去引用寥寥。當然，一般的研究也不會閑得難受引用這種通訊文章，但也說明這個問題沒有得到任何重視。回到原作的問題。通過上面的討論，我想可以適當擴展一下最初的問題。無論是蛋白質的相互作用也好，還是酶的非特異性也好，最終的問題都集中在是否會影響到代謝物上（我想就這個討論本身的水平而言，就不用再贅述DNA、RNA和蛋白質的影響，雖然可能還會有很多問題）。目標代謝物一般是被充分研究的。問題一般集中在非目標，或者說非預期的代謝物上。所以我想把問題擴展為有多少非預期的代謝物會在引入了外源酶的基礎上產生。下面的分析中會涵蓋原作的問題。由於這個論述是從問題開始，所以在回答上面這個問題之前，還有一個問題要回答，就是轉基因作物是否會轉入影響代謝物的酶。雖然大部分人應該了解，但還是贅述一句，除了常說的bt基因，絕大多數轉基因作物引入的外源基因都是酶。部分轉基因作物採用RNAi技術來降低目標基因的表達量，但我還沒看到過單一RNAi的案例，多是轉入一組基因，並降低某些目標基因。而這些基因多是酶。那麼，下面一個問題就是是否可能存在導致非預期代謝物產生的機制。單純從生化的可能性上分析，有以下幾種方式有可能導致非預期代謝物的產生，或先前存在代謝物的非預期變化：一、如1999年那篇通訊所述的酶非特異性結合底物的問題二、如原問題所述的蛋白質相互作用的問題，擴展到代謝通路互作的問題三、不同物種中，外源酶經歷非預期修飾，導致構象改變上述四點考慮都是單純基於細胞內的生化水平的考量。在機體水平上對吸收吸附、元素富集等其它生理水平的作用這裡不加以討論。上面三種方式各有例證。這裡我也只是簡述了，可能某些地方敘述不到，歡迎指正。第一種模式，非特異性結合底物的問題。酶對底物是有選擇性的。這種選擇性或稱為特異性一般是由蛋白質的結構決定的。而這就意味著具有相似結構的物質也有可能成為酶的底物，有些被催化形成產物，有些不能被催化，形成抑製劑。當外源酶被表達的時候，這個酶存在與一個與來源作物不同的底物池中，是否有新的底物，是否產生新的產物，是否改變某些產物的水平都是無法預料，需要檢測才能結論的。鑒於時間和精力的限制，無法檢索最確切的研究作為參考，這裡只提供兩個可能不甚相關的話題供參考。一是研究酶對底物特異性選擇的例子，其中由於草甘膦也屬於該酶底物的結構類似物，因此測試了是否存在抑制作用，結論是不存在。Analogs of oxalacetate as potential substrates for phosphoenolpyruvate carboxykinase二是一個酵母遺傳學中常用的方法。酵母中的URA基因編碼尿嘧啶合成通路中一個必要的酶。有一種剔除URA基因的方法是在培養基中加入無毒物質5"-FOA，這種物質不存在於酵母中，也不是URA本來的底物，但URA可以催化5"-FOA形成有毒代謝物，因增加URA的選擇壓力進行負篩。具體不展開了，感興趣的朋友自己搜索。第二種模式，代謝通路互作的問題。蛋白質直接的相互作用範圍比較小，代謝通路的互作包括蛋白質的直接互作和通過改變代謝的平衡導致代謝物積累水平的改變。通訊中的兩個例子適用。另外參考KEGG做出的代謝通路及網路圖，直觀感受一下代謝通路的交互有多少，改變一個關鍵節點後會有多少改變。感興趣的自己搜索，不展開了。第三種模式，修飾和構象的問題。有一個非直接的例子，是轉基因作物中的外源蛋白經過修飾產生了新的構象，導致免疫原性的改變。這個例子是澳洲開發的一株轉基因豌豆，轉入的是另一種豆子的alpha-AI。研究發現嚙齒類對其產生免疫反應，原因是修飾導致構象改變。pubmed可以搜索到一系列文章，這裡不展開了。這個故事非常有趣和狗血。這個開發者和辛辛那提兒童醫院合作發現這個過敏反應，發了PNAS，是我見過至今為止研究轉基因作物非生態類文章發到的最高水平雜誌。然後接下來的很多年裡，這個開發者又找了很多合作者，試圖解釋這個過敏性來自什麼，從各個方面，發了數篇文章。最後又在一個奧地利合作者的配合下試圖翻盤之前的發現，認為不存在過敏反應……看看笑笑吧。但放在這裡的原因是想說不同物種中存在不同的修飾和構象是正常現象，不同構象下酶的特異性和活性需要具體研究，無法籠統預測。說完可能存在非預期代謝物的機制，既然存在這樣的可能性，是否如其它回答中的說法，是無法檢測的呢？很遺憾，不是的。雖然很繁瑣，但可以檢測。這樣的檢測目前還不成熟，應用不多。請自行pubmed搜索metabolomics相關研究。有幾篇在轉基因作物上的應用。到這裡就回答完了。回答完了嗎？我想相對客觀的部分回答完了。後面的敘述可能立場偏向比較大，慎入。首先，要再論述一個在最開始應該回答的問題，即是否需要考慮這麼複雜的情況。答案其實很複雜。最合理的回答是不需要。因為代謝組的分析太過繁複，不易結論。繞過代謝組，直接上毒理和動物實驗比較容易結論。這裡的爭議離我們的問題太遠，不展開。但開發者給的答案也是不需要。或者說無視這樣的要求，就不考慮。我曾經向某些頂著科學家光環的轉基因支持者提過相關問題。這是回答的原話「對於任何物質，1能被檢測出來，就有辦法來應對，以此降低風險；2低於目前儀器檢測限而檢測不到的，那麼這麼低的濃度不會有害。另外，3我不認為對於任何植物次代產物能在現代儀器檢測限濃度下表現出生理毒性。 」對於這些動輒「談毒性不談劑量就是耍流氓」的科學家而言，似乎談無毒是不需要劑量的。於是我追問怎麼確定檢測項目時（我們的討論沒有涉及代謝組，仍停留在分析物質的層面上），另一個科學家表示開發商肯定做了，只不過因為結果都是陰性（即轉基因與非轉無差異），因此沒有發表，都自己存檔了。對此我一直存疑，直到最近在知乎與一位也是自稱從事轉基因研究的人聊天，他的原話是」第一，你說的問題偏向於轉基因工程菌製藥（說好聽點生物技術製藥），該領域高、大、上。我是做轉基因育種的，我前面回答的問題是針對討論的題目，即轉基因食品方向，在該方向上，因為社會價值問題，無論國外還是國內投入很少，因此，轉基因食品涉及代謝迴路等燒錢的檢測研究，據我所知，很少，就那點錢，只能做點簡單的東西，更別提有什麼標準。 第二，開發者考慮那些該做，那些不用做。說到底，還是花錢和收益的問題，涉及 安全問題，其實也非常簡單，最終形成的藥品、食品做毒理檢測就可以了，即便是產生不利健康的代謝物質，想辦法過濾掉即可，這不是什麼大問題，成不了科學研究的重點方向，不是開發者考慮的重點方向。但是，1E錢花下去了，目標性狀沒有，這就是大問題了。「（不知匿名使用原話是否會被追究責任，如有疑問請聯繫我）不以偏概全。不評論就是了。自己心裡分了。繼續回答是否需要的問題，就需要問為什麼。原因就是所謂的實質等同。開發者（也許）為了繞開動物實驗的成本，發展了一個實質等同的概念，認為如果轉基因作物與有安全食用歷史的非轉同源作物的成分相同，可以判定轉基因作物為安全。這是一個操作性很強的定義。問題在於怎麼判定成分相同。現行的做法是劃定一個範圍，包括營養物質和抗營養因子（可以理解為不好的東西，將就吧），然後比對。如果無差異，即認為安全。如果看FDA公布的轉基因作物目錄，其中都附有相關安全報告的簡述（FDA不提供原文和數據）。中國農業部也有部分安全報告，而且是全文，雖然比較早，但比較閱讀可以發現這個物質的範圍是什麼。這裡截一部分以前寫的東西的內容，不展開，感興趣的話我有更詳細的材料供大家參考。
」首先來看一下抗營養因子。在大豆中（報告ABDG）中，抗營養因子的分析均包括植酸、棉籽糖、水蘇糖、凝集素和胰蛋白酶抑製劑（報告AB中還包括異黃酮即植物雌激素，報告D中還包括脲酶（註：異黃酮列入營養成分檢測），報告G中還包括3種植物雌激素）。玉米的報告中（報告C）抗營養因子包括植酸、棉籽糖、糠醛、阿魏酸和P-香豆酸。土豆的報告中（報告H）抗營養因子包括兩種茄科植物中的有毒生物鹼茄鹼和卡茄鹼。大米的報告中（報告I）抗營養因子包括植酸、胰蛋白酶抑製劑和凝集素。
所謂抗營養因子，可以理解為兩類物質，一類會影響營養的吸收（即減益），一類會影響使用者的健康（即有害）。對於檢測抗營養因子的選取，孟山都的報告（報告ABC）提出以經合組織的指導文件（參見附註4）為參考。其中大豆（報告AB）的指導文件中列出的抗營養因子包括植酸、棉籽糖、水蘇糖、凝集素、胰蛋白酶抑製劑和植物雌激素，玉米的指導文件中列出的抗營養因子包括植酸、棉籽糖和DIMBOA。其它報告（報告DEFGHI）中均未列出參考資料。
應該指出，在物種中含有高致毒性物質時（報告H），該物質已包含在報告的檢測範圍之內。
從成分選取來看，各報告中選取的成分種類均包括粗成分（總蛋白、脂肪、水分、纖維、碳水化合物、灰分）、總氨基酸（區別於遊離氨基酸）、脂肪酸。抗營養因子前面已有涉及。礦物質和維生素也多有涵蓋，但測定的項目則因報告而異。總體來說，測定成分不超越上述成分的範圍。「這是從八份報告中匯總的信息。篇幅有限，不評價，不展開，大家自己判斷吧。最後說一句，轉基因安全性的問題不是用嘴胡說可以解釋的，也不是高中生物課本就能弄清的。想了解就要深入閱讀材料和文獻。其實用不了太多時間就會發現這些研究的水平，但要得出一些確實的結論就要花大量的時間，這也是我越來越負擔不起的。我想也是反轉基因的一個難點。而且越讀就會越發現相關的質疑不但存在而且由來已久。很多我們現在提出的問題很早以前就被提過，而且詳細論述，只是沒人有去回答。雖然誅心，但我越讀越心寒的地方就在於慢慢發現開發者的精力並沒有用來完善相關研究，而是攻關科學公信力。而科學界的人對此是漠視的。我的朋友看到我做這些事都嘲笑我閑的沒事做。花了很多力氣做的事，就算不期待回報，但沒有回應，還是會灰心的。更為花費的時間不值。今天又花時間寫這些廢話，就當給知乎存檔吧。不說了……最後貼幾篇文章大家讀著玩吧對「實質等同」的批評
http://www.nature.com/nature/journal/v401/n6753/full/401525a0.html
對非預期效應的論述和可以監測方法
Unintended effects and their detection in genetically modified crops
代謝組研究的綜述
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4227254/
代謝組研究的具體案例（還有一篇與之相關的勘誤頗堪玩味，請自行搜索）
Assessment of Genetically Modified Soybean in Relation to Natural Variation in the Soybean Seed Metabolome : Scientific Reports
【基因編碼產生蛋白質，蛋白質是基因功能的實施者，科學發展到現在已明確基因表達產生蛋白質不是簡單的「一對一」，如何保證轉基因作物的「新基因片段」的啟動、轉錄、表達以及在宿主新的「環境」下與其他基因、蛋白等交互作用不會產生非預期的物質和變化？】
會啊，當然會啊。
【這些物質可能根本無法運用現有手段檢測，又如何判斷對人體是否有潛在危害？】
不能判斷啊
【如果僅對預設的目標物質成份進行檢測又如何保證轉基因新物種一定安全呢？】
不能保證啊
【轉基因技術最讓人恐懼的是基因互作，現階段確實無法查明轉基因進去人體之後會產生怎樣的影響。】
食物的DNA片段進入消化道就被消化了，你都不擔心豬肉里的豬DNA把你變成豬你為什麼擔心轉基因DNA對你有影響？
我是支持轉基因技術的發展，但是反對在現有轉基因技術水平下應用到主糧上，支持經濟作物的轉基因技術，【等到相關技術能完全掌握了基因間的互作性狀後】
這是不可能做到的
，再考慮逐步推廣到糧食作物，而不是像現在轉基因可以實現防病蟲害減少人力提高產出，【為了利益就迫不及待的應用開來】
這不僅是為了利益，比如轉基因技術增加了產量，就有更多飢餓的人能夠倖存
，【對一項有可能的潛在危害的新興技術，我覺得警惕和防範是必要的】
是必要的，但是該應用的時候還是要應用。總會有第一個吃螃蟹的人，一項新的技術總會有人去嘗試才會普及。
，【不要等到類似含鉛汽油的發明已經有非常大的危害後再補救】
犯錯誤是不可避免的，因噎廢食是不可取的
以上即是觀點。終於看到有專業知識的人提出理性的反對或者說質疑了。先為你的問題點贊。
作為一個本科生我還沒有能力系統解答你的疑問，不過我可以肯定地說，在我們研究某種轉基因產品時，肯定要進行表達水平的檢測，即蛋白組學的檢測。如果有什麼預期之外的表達產物，或者所表達的產物表現了與預期不一致的特性，那麼一定會被檢測出來的。至少不會在有不明確的蛋白存在的情況下就投入市場的，這點大可放心。
你提到的不可控的概念是不太可能的。表達產物都可以檢測，只能說與預期不符，沒有什麼不可控一說。畢竟不是科幻片。還是想說，這麼久了終於看到有專業知識的人理性地對轉基因提出質疑，我特別感動。這題是非答不可，為了對題主表達感謝。含鉛汽油出來的時候還有比它更好的燃料么？有了最新的產品我們就使用難道不是最好的選擇么？雖然我知道這句話不嚴謹但是我想表達的意思就是這樣的。現在轉基因雖然存在爭議但是無疑它是我們最好的選擇。如果你患有可治好的但卻不能保證百分之百能治好的病，你是治還是不治？不能保證難道就不治了？凡事都不能絕對更何況是非常嚴謹的科學呢？我知道我說的話肯定有很多漏洞，畢竟我現在專業既不是理工科也不是醫學類只是很常見的會計。。。但是就以我高中學的知識我就非常支持轉基因，為什麼我們就不能勇敢一點去嘗試呢？
s/轉基因/誘變/g：
絕望了！對顧頭不顧腚的人類絕望了！如何保證誘變作物的新基因片段的啟動轉錄表達及與宿主其他基因蛋白等交互作用不會產生非預期的物質和變化？
基因編碼產生蛋白質，蛋白質是基因功能的實施者，科學發展到現在已明確基因表達產生蛋白質不是簡單的「一對一」，如何保證誘變作物的「新基因片段」的啟動、轉錄、表達以及在宿主新的「環境」下與其他基因、蛋白等交互作用不會產生非預期的物質和變化？這些物質可能根本無法運用現有手段檢測，又如何判斷對人體是否有潛在危害？如果僅對預設的目標物質成份進行檢測又如何保證轉基因新物種一定安全呢？ 誘變技術會導致基因互作嗎？
當然不能保證，如果能保證的話還要驗證幹啥？只是大部分的性狀可控，較為精準而已，最起碼，比雜交技術來的精準。簡而言之，不可控性誰都有，轉基因的問題雜交都有，雜交的問題轉基因未必有，作為一種育種手段，夠了。
如果每個反轉都是你這樣反的話，那就能省很多事了
我覺得很多人都沒搞清什麼是轉基因技術?你都沒透析其本質，如何能正確的評論！你們只知道基因表達蛋白，這個基因會在我們體內表達，可是你們有知道基因是怎麼表達的么？DNA片段被轉入特定生物中，與其本身的基因組進行重組。那片段又是怎麼轉入的？自己可以轉入么？那還要研究人員研究核顯微注射法、基因槍法這麼久幹嘛，才發現原來它自己也可以進入細胞，與本體基因進行重組。再者，我們吃了這麼多年東西怎麼沒見長出來什麼。真正懂的人是不會像我們一樣出來爭議，吃與不吃，在於你的選擇。
沒幾個人在正經回答提問，相當多人都在繞圈子，抖機靈、扯皮，甚至謾罵。
當然我這個回答也不是正經回答。我呼籲大家，認真答題，少抖機靈，知乎是分享知識的地方，不是互相扯皮吵架的地方，每次看到幾家互相噴的狀況，都會煩，好多次都想把知乎的標籤從收藏夾里去掉。知乎風氣每況愈下，相信不是我一個人的感受。
都別吵了，認真答題認真討論不行么？千萬別這麼下去，等到把知乎的風氣、人氣敗光了，你想在網上找人認認真真討論點東西得多難！！！我多麼想@ 那些整天一被反駁就罵科學神教的人來看看這個問題下面的回答是多麼友好，題主提的問題有意義，而不是一味「我也不懂轉基因，但是你不能保證這種東西完全沒有危害」的無理取鬧，自然有人認真回答，你咄咄逼人的問一個無腦的質疑問題指望別人靜心去回答？
不能保證，然而輻射育種和「航天育種」更不能保證。麻煩小崔聯繫一下航天局，下次神舟別帶種子了。
樓上有提到蛋白質組學檢測 確實可以極大回答潛在危害性 而實際上通過了組學篩查的產品安全性甚至比其他育種更高但實際上如果真的發生變異蛋白或毒性蛋白 在動物實驗這步就會大概率被發現了
其實人類對基因的了解還停留在黑盒階段，對某段DNA的作用科學家做出一些猜測，但是修改基因後會產生什麼影響科學家只能通過實踐來檢驗。就好比是比爾蓋茨把WIN10的源碼拿去給學過幾天編程的計算機系新生去改，他們能看懂一小部分代碼的含義，但是改動這些代碼會不會引起系統崩潰，是否會導致程序漏洞，是否影響其他模塊的運行，根本保證不了。
現階段也無法查明非轉基因食物進去人體之後會產生怎樣的影響，難道就不吃東西了？
借題主這個問題格式，再提兩個類似的：Q1: 如何保證天然微生物與天然食品其他基因蛋白等交互作用不會產生非預期的物質和變化？A1: 自製食品原材料純天然，沒有添加劑，吃了多健康！Reality bites: 危險的自製食品Q2: 如何保證農藥與人體其他基因蛋白等交互作用不會產生非預期的物質和變化？A2: 傳統農業經過多少年的經驗，肯定沒問題！Reality bites:
說到土壤的污染問題，最深有體會的就是農民。「近幾年，糧食產量是提高了，可施用的化肥種類在不斷增加，但土壤的肥力卻在下降，各種農藥在大量使用，然而各種病蟲害還在發生，以前沒有用那麼多種類的農藥，也沒見這麼多病蟲害的發生，真是奇了怪了，用的農藥多了，我們都不願意吃自己地里種出來的東西」。
Source: 糧食增產背后土壤污染隱憂：65%農藥排入環境中
二化螟發生情況是歷年的十幾倍，農民不得不提前和大量使用殺蟲劑。而這次致毒的農藥名為「天無蟲」。
Source: 湖南湘鄉發生集體農藥中毒事件 32名中毒農民脫險
劉玉泉的家人在報請有關部門後，將其在劉國清處購買的阿維·三唑磷乳油送往農業部農藥質量監督檢驗測試中心（成都）進行檢測。經檢測，該農藥為不合格產品。
Source: 瀘州一老農噴洒農藥卻把自己噴暈了 傷殘度達10級
別的不說，轉基因技術如果合理使用：可以抵禦有害微生物侵染，降低可能出現的微生物毒素中毒；可以減少如是化肥農藥的濫用，減少土壤水質污染減少農藥殘留。造福農民和消費者。看不到這些優點盲目反轉，祝肝好腎好胃口好。推薦閱讀：
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