「中、日、朝」存在遺傳學上的人種差異嗎？

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存在。分子人類學對各種群的Y染色體單倍群已經有了很多研究，發現O-M175單倍群是東亞黃種人普遍的類型，但O-M175的子類型在各個種群中並不一致。可以看下這三個種群中O-M175主要差異：

漢人（華北）：O3佔66%
漢人（華南）：O3佔33%，O2a佔30%
朝鮮人：O3佔38%，O2b*佔36%
日本人：O2b1佔25%，O3佔15%

其中O3被認為是古代華夏族基因，可以看到，O3在北方漢人中占多數，在南方漢人、朝鮮人、日本人中也不少。但漢人中缺少O2b，這是和朝鮮人、日本人明顯的區別。而朝鮮人和日本人的差異則在於日本人O2b1為多，朝鮮人O2b*為多。

另外，日本人中還有不少D2（佔37%），而漢人和朝鮮人則缺少D2，這應該和日本的原住民阿伊努人（Ainu）有關（阿伊努人中D2佔90%）。

可參考：https://en.wikipedia.org/wiki/Haplogroup_O_(Y-DNA)

數據來源：https://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%97%A5%E6%9C%AC%E4%BA%BA#Y.E6.9F.93.E8.89.B2.E4.BD.93.E3.81.AB.E3.82.88.E3.82.8B.E7.B3.BB.E7.B5.B1.E5.88.86.E6.9E.90

stevenliuyi兄已經給了很細緻量化的說明，補充一些民族語言學方面的了解：

朝鮮、日本屬於通古斯族群，與蒙古、滿族同屬，在血緣較為接近。

值得一提的是，日本人種中含有較多的小矮黑人的基因，同樣的基因分布在菲律賓、馬來、泰國和安達曼以及南太平洋諸島，被認為是東南亞的原住民（中國部分南方少數民族也有同樣基因，但該基因在漢族中極少）。

似乎可以理解為，在人類向東亞遷徙的進程中，日本作為東北亞的端頭，其先民接受了來自南北兩個方向的種群融合，即由對馬海峽東渡的通古斯族群，和沿菲律賓-台灣-琉球北上的南方族群，但又以前者為主。

語言上蒙滿日朝同屬阿爾泰語系。關於日本語，屬於僅借用漢字字元，不借用語法，但在發音上又受到吳越的影響。

而漢語屬於漢藏語系。