生物信息學入門書籍推薦？

01-07

本人本科學計算機，今年考研考上了，導師搞生物信息學，以前沒接觸過，希望學長學姐推薦基本書看看，我現在在看R語言

理直氣壯地推薦下我們的http://genek.tv 生物信息學習視頻網站

先給你推薦兩本書：

1. Algorithms on Strings, Trees and Sequences

（算是生物信息領域聖經級別的書籍了）

2. Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids

（Richard M. Durbin寫的，他們實驗室出了四位Benjamin Franklin award 獲得者， Benjamin Franklin award 算是生物信息領域頂級獎項了）

很奇怪上面這兩本書還沒人提到

看著我的眼睛：什麼生物知識都不用補，因為根本用不到！

計算機系的生物信息是什麼：

1. 信息檢索，information retrieval

給你GB（reference human genome）或者TB和PB級別的字元串資料庫（基因組或者轉錄組數據），不要問reference human genome或者基因組或者轉錄組是什麼，就是字元串。請問怎樣用更快的速度和更少的內存檢索一條信息是否在這裡面，以及它的位置(mapping)。咦，等等，字元數據，數據量大，檢索，是不是很面熟，是啊，這就TM是搜索引擎啊。

所以你要學的就是字元串相關演算法，搜索引擎的相關演算法；TB或者PB夠不夠大啊，你要學的是大數據的相關演算法；一個節點上單核能夠處理嗎，你需要學習多核並行的相關演算法。綜合一點，你要學：數據結構和演算法，非入門的那種。

2. 機器學習，machine learning

給你個東西（基因或者蛋白質）和他的特徵（序列，結構），預測它的屬性（功能等）。

所以你要學：概率論，貝葉斯，線性代數和微積分（求最優解）

所以題主，綜合一下，你未來需要用到的：

1. 數據結構和演算法，圖論

2. 數學和統計，機器學習

3. 並行計算和分散式計算

下面認真答題，給你推薦幾本書：

1. Algorithms on Strings, Trees and Sequences

2. Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids *

3. Algorithm Design *

4. Introduction to Algorithms *

5. All of statistics

6. Probability and Computing: Randomized Algorithms *

7. C++ Concurrency in Action

8. Intel Threading Building Blocks

你先看看生物學知識吧，按照你研究的方向。至少也得看本生化與分子生物，對基本生物過程有個概念。

感覺缺乏生物學背景的，搞生物信息容易抓不到重點。

作為一名生物信息專業的學生，四年下來學會多少不敢說，但是起碼有個大概的輪廓。就簡單說下生物信息學方向的相關經典書籍吧。（相關書籍都是課堂上老師推薦的，多少有點參考性）

教材與參考書（中文）：

導論

生物信息學陳銘主編，科學出版社
Fundamental Concepts of Bioinformatics (USA) Dan E. Krane Michael L. Raymer (2003) Pearson Education有中文版孫嘯等譯清華大學出版社
Post-genome Informatics Minoru Kanehisa （金久時）(2001) Oxford University Press 有中文版
孫之榮等譯清華大學出版社
Introduction to Bioinformatics Teresa K. Attwood etc. (1999 ) Prentice Hall 有中文版羅靜初譯北京大學出版社
教材與參考書（英文）：
專著
Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (USA) David W. Mount
有中文版鍾揚等譯高教出版社（譯文質量較差）

Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach, Pavel A. Pevzner (2000) MIT Press 有中文版王翼飛等譯化學工業出版社
Statistical Analysis of Gene Expression Microarray Data Terry Speed (2003) Chapman Hall/CRC

授之以魚，不如授之以漁。

給樓主一個網站：Library Genesis，樓主是計算機的，翻牆肯定是easy的，你可以根據你們導師的方向在上面檢索自己想要的外文書籍。

對於非生物學背景出生的，基礎的生物學知識還是需要的，不然會看不懂很多注釋上的縮寫，gene X是很不錯啦。

樓主也可以上coursera網站檢索bioinformatics的課程，可以更快的知道生信專業的都在幹些什麼事情，不過樓主這麼好的計算機背景，適合去研究演算法，開發新軟體什麼的，這還是要看你們導師的安排。

事實上，樓主也可以多和導師交流，讓他知道你會什麼，不會什麼，喜歡什麼，有什麼目標等等。他也會告訴你，他的lab在做什麼，你缺什麼，可以從哪方面去加強。這樣你才能很好的enjoy你的實驗室。

祝福樓主掉入生物信息的大坑。

恭喜入坑，這個要看導師的方向，生物信息太大了，無從建議。但我覺得你這學計算機的，Linux和編程應該沒問題了吧，針對你們導師的研究方向，補點生物學的知識也是必要的。

理解生物信息學